五世达赖喇嘛坐床后，格鲁派在蒙古土默特部的支持下，度过了十来年的平稳时光！
当时整个中国的政治形势正经历改朝换代的大变动。
明朝在农民起义的打击下摇摇欲坠，满族在努尔哈赤及其儿子皇太极的领导下兴起，建立了后金。
蒙古察哈尔部的林丹汗打垮了土默特部，随即又被后金打败。
公元1632年，喀尔喀蒙古部的却图汗在喀尔喀部的一场动乱中被驱逐，率部南下青海，征服了在青海的土默特部。
却图汗在宗教上支持噶玛噶举派，受政治同盟者察哈尔部的林丹汗的影响，对格鲁派采取敌视的态度，监禁和杀害在青海的格鲁派僧人。
与此同时，康区的白利土司顿月多吉，占领了康区的德格等地方，
顿月多吉是苯教信徒，反对佛教，
尤其是打击萨迦、格鲁、宁玛三派的寺院，把僧人们逮捕监禁。
在噶玛噶举派红帽系活佛的撮合下，
第悉藏巴和却图汗、白利土司，三家结成了针对格鲁派的联盟，立誓要彻底摧毁格鲁派的势力。
却图汗还与原来倾向于格鲁派，但后来改信噶玛噶举派的察哈尔部的林丹汗结成更大的政治军事联盟，
计划合兵控制青海、西藏，共同支持噶玛噶举派，在青海建立根据地。
公元1634年，林丹汗率领部众前来青海，
但因病卒于途中的大草滩，却图汗与林丹汗会盟的目的，未能实现。
公元1635年，却图汗派他的儿子阿尔斯兰带兵一万从青海进藏，
准备联合藏区的第悉藏巴消灭格鲁派，
这举给格鲁派造成极大的恐慌和危机。
只是由于阿尔斯兰进藏后改变了其父的方针，想要先打垮第悉藏巴，再对付格鲁派，建立自己在西藏的统治，
从而打乱了其父却图汗原先的计划，才使格鲁派幸存下来。
在这种情况下，格鲁派由五世达赖喇嘛身边的侍从官—索南饶丹主持，
派人到新疆去请当时信奉格鲁派的蒙古漠西卫拉特四部的首领固始汗发兵援救。
公元1636年年底，卫拉特的和硕特部首领固始汗，带兵进入青海，
并在次年消灭了占据青海的却图汗，接着又出兵攻灭了康区的白利土司，
从而使格鲁派黄教，转危为安。
公元1642年，五世达赖喇嘛二十六岁之时，
格鲁派又请固始汗带兵进藏，
以双方联合的力量攻灭了第悉藏巴，取得了藏区地方的政教大权，建立了政教合一的甘丹颇章政权，
在这过程之中五世达赖的侍从官索南饶丹，是出了大功的！
由此，格鲁派黄教与和硕特蒙古，开始联合统治藏区，
其中，和硕特固始汗掌握军权，
其儿女亲家，五世达赖的侍从官——索南饶丹，为新政府的第悉藏巴，掌握行政权！
五世达赖和四世班禅，这对师徒两人，则掌握神权和寺庙财政权！
藏区甘丹颇章政权，由此分裂为两股势力，
分别为：
掌握军权和行政权的，和硕特固始汗和其儿女亲家第悉藏巴索南饶丹！
掌握神权和寺庙财政权的四世班禅和五世达赖这对师徒！
为了控制整个藏区的甘丹颇章政权，
没有军权支持的四世班禅和五世达赖这对师徒，此刻急需寻找外来军方势力，以摆脱吉祥物，成为真正的藏区甘丹颇章政权的政府首脑，
正是基于如此考量，四世班禅大师才会亲自来到大明，并答应隆武帝的十七条协议，还给徒弟五世达赖去信！
五世达赖喇嘛，虽然被尊奉为甘丹颇章政权的最高领袖，
并在公元1644年，开始动工兴建布达拉宫，作为其住所，
同时扩大了麾下侍从机构和人员，
表面上看，确实使五世达赖喇嘛高居于藏传佛教各教派的各个活佛之上，成为藏传佛教中一个特殊的活佛。
同时，固始汗还赠给四世班禅“班禅博克多”的称号，
使班禅成为格鲁派的另一个重要的领袖，
但具体的行政事务，则由固始汗任命的第巴索南饶丹所掌握！
因为在五世达赖阿旺罗桑嘉措成年之前，
黄教格鲁派的大权一直由四世达赖的侍从官索南饶丹掌控，
后来，虽然五世达赖阿旺罗桑嘉措成年后，拥有了一定的权力，
但核心决策权，始终还在索南饶丹手中！
刚开始黄教格鲁派，引和硕特固始汗大军入藏之前，五世达赖阿旺罗桑嘉措就非常反对，
毕竟藏区之前的活佛转世制度的确立和发展，是由中央政府决定的，始终坚持政权大于教权的原则。
而活佛转世制度始于噶玛噶举派，这一制度的形成与中央政府的权威密切关联。
公元1288年，攘琼多吉被认定为楚布寺高僧噶玛拔希的转世，
由此开创了活佛转世制度。
攘琼多吉于公元1332年应召到元大都（今北京）拜见大元顺帝并传法，
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