第二阶段的核心剧情，围绕着一件失踪的军用武器展开，那是一枚经过升级的核武器。
多姆?托雷托的团队受雇去劫持一辆秘密运输武器的卡车，目的是偷走一件不明设备。
结果武器却意外失踪了，康纳?奥布赖恩奉命卧底，潜入多姆的团队，追查武器的下落。
然而，任务最终失败了，多姆的团队成功逃脱，而那枚失踪的武器，从此就像一颗定时炸弹，成了悬在所有人头顶的达摩克利斯之剑。
这可不是一枚普通的核武器。
它是一项只有极少数人知晓的新发明，可不知怎么回事，相关信息竟然泄露了出去，原来中情局里有内鬼，而且这个内鬼还是兄弟会仅存的幸存者之一。
兄弟会已经开始奋起反抗高桌会，慢慢地组建起一个能够与之抗衡的新组织。
这个暗影组织就像一个巨大的犯罪集合体，汇集了众多犯罪派系。
他们都对高桌会和美国怀恨在心，唯一的目标就是制造混乱，让世界陷入一片混乱之中。
他们偷走的这枚核武器可不简单：它没有辐射，雷达根本探测不到，体积小到能轻松放进手提箱里，可威力却足以摧毁一整座繁华的城市。
它不需要复杂的发射装置，只要有人把它放在公园之类的地方，轻轻按下引爆键，一场灾难就会降临。
高桌会作为一个遍布全球的犯罪集团，居然完全找不到这枚武器的下落。
他们只知道有两个人可能帮他们找到线索：前“绊脚石”特工杰森?伯恩，以及背负无数命案的逃犯韦斯利?吉布森。
可中情局根本追踪不到这两个人的踪迹。
不过，他们找到了一个可能联系上伯恩和吉布森的人：雷藏。
这就是《史密斯夫妇2》的剧情主线，一对夫妻特工搭档奉命追捕雷藏，同时还要应对高桌会和新兴暗影组织的双重威胁。
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