十四日，曾国藩撰写《三字箴》。其中“清”字箴言写道：“淡泊名利，清心寡欲。一丝不苟，鬼神钦服。”“慎”字箴言写道：“如履薄冰，死而后已。行事不顺，反求诸己。”“勤”字箴言写道：“亲力亲为，殚精竭虑。知难而进，昼夜不息。”曾国藩表示这十二句话应当终身恪守，遭遇重大忧患挫折之时，或可借此避免过失与悔恨。
十八日，水陆两军联合在金桂关攻击太平军，大获全胜。二十一日再次击败敌军，几乎全歼其战船。金陵的太平军挖掘地道，企图用火药炸毁官军营垒。曾国藩的弟弟曾国荃率军奋力抵抗，成功挫败敌军攻势，并命令士兵在营内挖掘隧道进行反制，使敌军计谋未能得逞。李世忠在九洑洲进攻太平军时，曾请求分兵增援金陵，曾国藩批复予以制止。
二十七日，曾国藩紧急上奏军情折子，汇报金陵、宁国、芜湖、金柱关等地战况概况，并说明对各路军队的调度安排与先前奏报有所出入，是根据各战场形势缓急而调整。同时上奏第十批忠义事迹采访结果。另附奏片称：宿州二郎山团练首领马维敏、乔元功等人据守山寨抵御太平军，寨破后两千余人殉难，请求按阵亡条例予以抚恤并建立祠堂表彰忠节。又上奏请求旌表绩溪县孝烈妇女胡程氏。
这个月，李鸿章率军攻克嘉定县城。太平军再次进犯青浦，李鸿章在四江口大败敌军，上海周边防务彻底肃清。太平军进攻镇江，被冯子材在汤岗击溃。
多隆阿率军进入陕西督战。
十月初五日，曾国藩的弟弟曾国荃率军击败太平军，取得大胜，俘虏斩杀敌军数万人。自闰八月二十日以来，三十余万太平军围攻官军营垒，用尽各种方法猛烈进攻。曾国荃率军苦守四十六天，终于在此战中大获全胜，太平军被迫解围逃往江北。
十一日，唐训方启程前往临淮关驻防，袁甲三则卸任返回原籍。
十二日，曾国藩紧急上奏：水陆官军连续获胜，成功守住芜湖、金柱关等战略要地，敌军战船所剩无几，江西境内已肃清。请求对阵亡副将郭明骜按提督规格给予抚恤，并请抚恤阵亡将弁洪得胜、王明元。另奏报毛有铭部在颍州西路连续攻破捻军据点，摧毁其老巢后仍回防皖豫边境。附片奏称围攻金陵的敌军已撤退，芜湖等地防务稳固。此前奏折中提到的四大隐患，如今三处已缓解，目前主要担忧宁国战线。若能坚守一个月，待新募兵勇陆续集结，或许能有效遏制敌军攻势。
同日，曾国藩又上奏折，为鲍超部连续攻克青阳、石埭等四座城池请功，并附上立功将士名单请求嘉奖。同时为曾国荃部接连攻克太平、芜湖等地城隘的将士请功，也附上名单请求嘉赏。附片奏称，请功名单中有将士在事后病故，未能及时核查剔除，既让逝者获得荣誉以慰其一生，也能激励生者感恩图报。鲍超部驻守宁国府时，因太平军袭扰湾沚导致粮道被断，曾国藩遂派陆军从繁昌、南陵改走陆路运送粮饷接济。
太平军进攻旌德县，曾国藩发函与左宗棠商议，调派左部王文瑞军增援旌德。
十七日，太平军大举进攻九洑洲李世忠军营，随后渡江向北逃窜。
十八日，张运兰离开军营到安庆面见曾国藩。曾国藩命他乘船回乡养病，其统领的老湘营改由总兵易开俊、刘松山分别接管。
朱品隆等部在旌德击败太平军。十九日，太平军撤围退走。
驻守寿州正阳的湘军士兵屡遭苗沛霖部练勇杀害。僧格林沁在河南督军时，曾上奏建议招抚苗沛霖以协助剿灭捻军。苗沛霖致信僧王，极力诋毁湘军过失。曾国藩察觉苗沛霖蓄意挑衅，担心其破坏大局。加之皖北兵力薄弱，而太平军正向北流窜，便调蒋凝学部移营南下，同时令毛有铭、萧庆衍等部移驻庐州一带，既避开苗练势力，又兼顾皖北防务。
二十七日，曾国藩紧急上奏，详细陈述金陵守军苦战四十六天、最终击退敌军解围的经过，并附上道员刘连捷等七十三人立功名单请求嘉奖，同时呈报阵亡副将倪桂等二百零七名将士名单请求抚恤。另附奏片说明：虽然金陵援敌已退，但官兵伤亡惨重；宁国、旌德两城形势危急；从金陵到徽州战线过长，敌军兵力庞大；皖北十余座城池毫无防备，恐战局崩溃导致前功尽弃。因此仍恳请朝廷另派大臣协助军务，分担职责压力。
同日，曾国藩另附奏片称：湘军驻防寿州正阳关，与苗沛霖部练勇驻地过近，双方摩擦不断，冲突难止。目前皖北正苦于无兵可调，计划撤出蒋凝学部，并抽调霍邱守军，改驻庐州、巢县一带，既满足苗练私愿，也配合僧格林沁急于剿灭捻军的战略。
同日，曾国藩又上奏折，为张运兰、朱品隆、唐义训等部在徽州攻防战中立功的将士请功，并附名单请求嘉奖。另附奏片称：张运兰因病返乡，请朝廷正式任命易开俊、刘松山为总兵，以便统辖部队。同时上奏请求暂缓对三省军队的例行检阅。
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