二月初三日，曾国藩核定江宁七府州及扬州、仪征等地盐务章程。
初九日，席宝田率军收复金溪县城。
十二日，曾国藩紧急上奏：金陵官军已攻克太平军盘踞的钟山要塞（伪称“天保城”），至此完成对金陵城的合围。目前城内敌军外援断绝，存粮有限，但我军围城兵力不足五万，需分散防守九十余里战线。而城中尚有数十万敌军，极可能因困兽犹斗而拼死突围，形势仍存隐忧。
随奏附片说明：浙江境内的太平军残部为求生存，正全力向江西流窜，毫无退意，恐将深入江西腹地，威胁抚州、建昌两府。溧阳的太平军老巢刚被江苏官军攻破，余部已退至湖州集结。目前湖州敌军数量庞大，若进犯江西将畅通无阻，而当地防务空虚，形势堪忧。
另附片奏称：臣所辖各部虽不断扩军，但缺乏将才，现有将领多属谨守本分之辈，难当独当一面之任。都兴阿旧部请朝廷另派重臣接管，其麾下水师红单船等部队则由臣暂管，将酌情裁撤以节省军费。
十五日，乔松年前来安庆拜见曾国藩，正式接任巡抚印信，随即率军驻防临淮。
太平军撤出广德州城，全部退入湖州。鲍超率部进军攻打句容。
江西境内的太平军流窜侵扰抚州、建昌等地。十八日，席宝田在建昌城外击败敌军。
十九日，李世忠派遣部将王廷瑞、陈自明到安庆请示，表示愿意交出所占城池，并在三个月内完成部队遣散。曾国藩予以嘉勉后送返二人。
二十七日，曾国藩上奏折陈述江苏、安徽等省绿营兵员情况：经战乱后原有兵额几乎散亡殆尽，已溃散的士兵不准重新归队，体弱兵员立即裁撤，军官职位空缺暂缓补任，待战事完全平定后再恢复旧制，以确保兵员精干、军饷不虚耗。
另奏折称湖北防务吃紧，请求朝廷命令提督江长贵速赴本任履职。
随奏附片说明：金陵城内的太平军为节省粮食，已放出老弱妇女万余人。湖州聚集的太平军残部企图进犯江西寻求生路，而江西抚州、建昌一带的敌军数量众多。请朝廷下令福建、广东、湖南、湖北等地加强防范，避免敌军流窜演变为流寇，增加清剿难度。
另奏：原江忠义所部军队，现交由江忠朝统率。
另附片奏报：已遵旨提审江西知县石昌猷一案，并派刑部郎中孙尚绂参与会审。
又附片举荐道员忠廉暂代两淮盐运使一职，认为其足以胜任。
另附片奏明：李世忠请求限期遣散滁州等地兵勇，仅保留千余人交由总兵陈自明统领。
此外，与沈葆桢联名上奏：经查实后参劾江西厘金委员万永熙，建议革除其职务。
本月，李鸿章分兵攻克溧阳县城，又收复浙江嘉兴府城。程学启在作战中负伤，不久在苏州去世。程公早年曾陷于贼营，投诚后经曾国藩之弟曾国荃提拔立功，在收复苏州的战役中战功卓着。
左宗棠率军攻克杭州省城，余杭县城的残敌退入湖州据守。
都兴阿率领骑兵部队北上。富明阿暂代江宁将军职务，接管扬州防务，并派兵渡江，与冯子材部会合进攻丹阳。
三月初五，鲍超率军攻破太平军的三分关卡。初七，攻克句容县城。初九，攻占宝堰一带的五座敌军堡垒。
周宽世军中营官杨复成因克扣军饷被查实，曾国藩亲自审讯后将其在军前处斩。
江西的太平军势力日益壮大，沈葆桢上奏请求截留江西的厘金税收，专门用于本省军饷开支，户部商议后批准。曾国藩接到户部公文后，对此深感忧虑。
十二日，曾国藩紧急上奏折称：江西的牙税和厘金仍应归其管辖征收，以确保攻克金陵的战事顺利完成。随奏附片报告军情：金陵城内的太平军负隅顽抗，句容收复后，敌军外援几乎断绝；江西的太平军正侵扰南丰、新城、广昌等地。另上奏折了结水师在长江巡逻时误伤人命一案，并呈上第十八批忠义人士的采访记录。
十三日，浙江的太平军继续流窜至徽州，唐义训、毛有铭率军阻击，但遭遇小挫。十四日，太平军进攻徽州城，被官军击退。
十五日，接到皇帝谕旨：“协办大学士、两江总督曾国藩统领军队剿灭贼寇，节制东南数省军务，尽心筹划，使地方叛乱依次平定，举荐贤能，依靠众人之力，着令吏部从优议定嘉奖。钦此。”当年，在地方督抚中受到朝廷优叙嘉奖的共有五人，分别是官文、骆秉章、左宗棠、李鸿章。
十七日，唐义训、毛有铭两军在杨村与太平军交战，官军大败。太平军势力日益强盛，大股部队流窜至婺源，进入江西境内。曾国藩调派朱品隆率军紧急增援徽州，命令鲍超率部返回东坝，并调周宽世、金国琛两军渡江进驻饶州一带。
二十日，鲍超率军收复金坛县城。
曾国藩上奏江西牙厘税收的奏疏后，言辞激烈，沈葆桢也随即上奏请求辞官，但被朝廷下诏慰留。户部最终议定将江西牙厘税收的一半拨给金陵、皖南大营，另一半留作本省军饷。当时金陵尚未攻克，江西流窜的太平军又声势复盛，曾国藩统领的军队众多，军饷需求巨大。他既担心军饷匮乏导致战事崩溃，又因手握兵权、掌管财权而遭人忌惮，于是萌生了功成身退的念头。
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