二十日，刘松山率军抵达清江浦。
二十一日，曾国藩紧急上奏：捻军主力全部聚集于安徽境内，布政使英翰突围求援。寿春镇总兵易开俊眼疾加重，曾国藩拟亲自率领湘军前往临淮驻扎，就近指挥调度，并派刘松山兼统易开俊所部军队。奏折中重申此前规划的作战方案：在四省十三府州范围内，安徽以临淮为基地，河南以周家口为基地，江苏以徐州为基地，山东以济宁为基地。
在各战略要地驻扎重兵，储备充足粮草军械，一处遇敌，三处驰援，形成首尾呼应的态势，避免疲于奔命的困境，或许能以快速反应弥补行动迟缓，逐步取得成效。当前麾下诸将中，刘铭传、潘鼎新均具备独当一面的能力，张树声与周盛波两军联合可担当一面，刘松山与易开俊合兵亦可独当一面。
同时委派郎中李昭庆负责训练骑兵部队，与僧格林沁亲王旧部合编为机动游击部队。另上奏选派浙江运司李榕前往济宁，办理接收国瑞（僧格林沁）所部交接事宜，并调集亲王旧部骑兵赴徐州听候调遣。命令潘鼎新所部移驻济宁，协同李榕处理接管事务。
曾国藩在奏折附片中说明：接到朝廷谕旨，因陈国瑞与刘铭传曾发生械斗事件，命其审慎处理、妥善调派。目前刘铭传正率军赴皖北剿捻，应令陈国瑞暂驻河南境内，避免两军同处一地，以防各军内斗滋长。另在附片中详述总兵陈国瑞的优劣事迹，奏请朝廷下旨将其划归河南巡抚节制调遣。
当日，前次奏折经朝廷批复发回，奉到皇帝谕旨：“曾国藩因节制三省军务，责任重大，再次恳请收回成命，足见谦逊克己之心！但如今贼势猖獗，时局艰难，若事权不专，恐一切调度事宜难以令行禁止。该大臣应当勇担重任，与三省督抚和衷共济，限期剿灭捻匪。待三省军务平定，自可解除其节制之权。既担其实，不必避其名，切不可存有顾虑之心，再行推辞。钦此。”
二十二日，曾国藩从清江浦登船，改乘淮河船只。
二十六日，船队渡过洪泽湖。
二十八日，船停泊在五河县。曾国藩紧急上奏：安徽境内捻军猖獗，必须依靠骑兵才能取胜。请求将朝廷谕令拨交河南的马队共四百九十六人调往皖北协助剿捻。在奏折附片中再次陈述：自己精力衰退，军力薄弱，尚未卸任两江总督，又增加节制三省军务的重任，内心深感不安，如同背负重罪。恳请朝廷收回成命，只需责成其会办剿捻事务，定当全力配合，绝不推诿。若请求未获批准，将继续上奏陈情，甘愿承受朝廷责罚。
二十九日，曾国藩乘船抵达临淮关并在此设立军营驻扎。
当月，安徽雉河集之围解除，捻军逃窜至河南许州境内。湖北蒋凝学所率部队奉命调往甘肃，行进至襄阳时发生哗变溃散。
六月初六日，曾国藩对总兵陈国瑞的呈文作出批示，全文长达两千余字，既肯定其才能，又详细列举其过失。同时颁布四项禁令：一不得扰民，二不得私斗，三不得违抗军令。措辞严厉恳切，但陈国瑞在回复中表示难以完全遵从曾国藩的约束。
初八日，乔松年前来拜见曾国藩。初十日，曾国藩发布告示：“亳州、蒙城、宿州、永城四地民团，须区分良民与匪徒，凡擒获捻匪押送军营者，给予重赏。”并派遣专员会同地方州县，严查匪徒，就地正法。
十二日，曾国藩与乔松年联名上奏，报告援军大捷、雉河集解围之事。另在附片中专门奏报：拟将陈州府库存银二十万两，分别拨给江苏、安徽、河南各五万两充作军饷，其中李鸿章应得军饷部分，就近拨发刘铭传等部使用。
十三日，曾国藩移驻陆上军营。当时淮河水位暴涨，各营大多移驻南岸避水。曾国藩的军营仍驻北岸，修筑堤坝抵御洪水。
曾国藩的弟弟曾国荃奉旨出任山西巡抚。二十四日，朝廷谕旨下达：“曾国荃已授任山西巡抚，曾国藩应督促其尽心报效朝廷，尽快赴任，不得以病推辞。钦此。”
当月，捻军向西流窜至南阳、襄阳、陕西一带。
七月初八日，曾国藩上奏回复朝廷谕旨。奏折中称，雉河集解围后，捻军分两路向西逃窜。已下令调派刘铭传全军赶赴周家口，并增派马队协助作战。山东拨调的两支马队，因在曹南新遭挫败，人马疲惫，必须在徐州进行休整补充。
仔细分析敌情，发现贼寇已成流窜之势。若敌军流窜而我军也跟随流动，则只能尾随追击，处处被动。臣坚持原先策略，以固定驻防的军队，来牵制无固定据点的贼寇。现命令刘铭传驻守周家口，张树声驻守徐州，刘松山驻守临淮，潘鼎新驻守济宁。一旦贼寇来犯，便迎头痛击。
恳请朝廷下旨命令河南、湖北两省总督巡抚，在河南的巩县、洛阳、南阳、邓州，以及湖北的随州、枣阳、黄安、麻城等地，各自驻扎一支精锐部队，重点在于迎头截击，而非尾随追击，如此方能逐步控制局势。况且这股贼寇与一般流寇有所不同，他们在蒙城、亳州的老巢田产房屋尚在，贼众仍存眷恋之情。因此，臣既设法阻截其流窜之势，又准备清查整顿民间圩寨，以断绝其根源。
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