该制度创建之始，驻藏大臣权限为统领驻藏官兵，督导藏王总理西藏事务。乾隆帝登基后，曾密谕该朝首任驻藏大臣纪山说，“伊系驻藏大臣，凡事亦果断”，对于地方“应教导者即为教导，应防范者即为防范，惟视事之。
乾隆十五年（1750年），驻藏大臣为叛酋珠尔墨特那木扎勒所害。
中央政府平息事态后，于次年（1751年）颁行《酌定西藏善后章程十三条》，废王爵，设噶厦（地方政府），任命四噶伦（三俗一僧）以分权，在驻藏大臣以及达赖喇嘛统驭下协办藏务。
乾隆五十八年（1793年）清政府出兵平定廓尔喀入侵西藏后，乾隆帝有鉴于西藏地方各项制度松弛、政治腐败、军备不修、弊端颇多，致使大敌当前，无资抵御等问题，决心大力整顿西藏事务，他颁旨“一切事权，俱归驻藏大臣管理”
正式颁行《钦定西藏善后章程二十九条》，该章程是一个划时代的里程碑，标志着清政府在西藏的施政措施已经达到比较完备的阶段。
它集西藏地方一切权力于驻藏大臣一身，并以法律条款的形式确立了以驻藏大臣为主的西藏行政体制，进一步提高和加强了驻藏大臣的权力和地位，使驻藏大臣成为治理西藏的最高行政长官，从此确立了此后一百年西藏的政治、赋税经济、军事等制度。
为了完善治藏法规，清朝以中央政府的名义颁发了一系列基本法规，除了《钦定西藏善后章程二十九条》，还有《西藏善后章程十三条》《裁禁积弊章程二十八条》。
这些法规赋予驻藏大臣总理西藏一切事务之权，包括行政、人事、宗教、监管、军事、司法、外交、财税等大权。
驻藏大臣牢牢掌握西藏一切大权，深深地影响着清代及其以后中央政府对西藏的施政。
驻藏大臣作为中央政府的全权代表对西藏地方进行行政管辖，充分体现中央政府对西藏主权统辖关系。
历任驻藏大臣对上直接受皇帝指挥，禀承中央政府政令办事。其奏章直陈，不隶属中央部院。
凡涉及与中央主管机构—理藩院有关事项，先由皇帝下部院议，后呈皇帝饬驻藏大臣遵照执行。
在西藏，驻藏大臣主持一切政要。
冉闵说完后，向吴壁华行了一礼。
吴壁华拍了拍手，边叫道：冉闵你确实博学多才。
那你知道咱们大清的治藏五策是什么吗？
冉闵摇了摇头，吴壁华继续开始给大家讲。
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