英帝国主义甚至悍然对西藏发动了两次侵略战争。
光绪中叶，驻藏大臣文硕主张抗英，支持藏民的民族自卫斗争，领导隆吐山抗英斗争，抵制中央政府的妥协退让。
后遭革职处分。
1904年，英军兵临拉萨城下，以大炮、刺刀直接强迫地方政府签订了非法的《拉萨条约》。
英帝为离间西藏与中央政府的隶属关系，达到长期侵占我国领土的目的，首先在赔款期限上，拒不同意清政府代付250万卢比赔款，要求西藏地方政府每年只偿还10万卢比。
驻藏大臣张荫棠识破其险恶用心，坚决行使中国在藏主权而不许英藏之间一切交往，毫不相让，与英人展开激烈争论，坚持由清政府3年内付清赔款，尽早收回国土。
驻藏大臣在事关国家主权的大是大非面前，坚决维护西藏事务应由中央政府出面作主对外交涉主权的原则，粉碎英帝分裂西藏的阴谋，维护国家主权。
整肃吏治，勘定内乱，维护政治权 维护社会稳定。驻藏大臣负有维护社会治安、勘除内乱等重任。
驻藏大臣在藏王康济鼐被杀、廓尔喀（尼泊尔王国）战争善后、策墨林摄政事件、四川瞻对等事件的处理上，均能秉公执法，悉心办理，及时平定了内乱，确保了政令畅通，维护了驻藏大臣的权 维护西藏社会的稳定。
尤其是廓尔喀战役之后50年间，西藏地方及周边邦国相安无事。
清朝时藏区曾多次发生内乱。
乾隆十一年（1747清朝驻藏大臣令牌年），前藏发生了达赖拉章苏本堪布扎克巴达颜以咒术诅咒郡王颇罗鼐之事，致使郡王与达赖喇嘛产生了矛盾。
驻藏大臣傅清获知后，即命调查该事，弄清事实，将造谣者抓获并予以严惩，平息事端。此后不几年，珠尔默特那木扎勒袭其父颇罗鼐“郡王”之位后，多行不义，乖戾诡谲，“自立名号”，杀其兄侄，荼毒属部，他还与达赖喇嘛构衅，勾结准噶尔部发兵以为声援；竟造谣奏撤驻藏官兵，并广布私探，连驻藏大臣的一举一动都敢侦探，还阻绝驻藏大臣与中央政府塘汛往来，以致军书数日不能送达。
最后，他还调兵运炮，拟杀尽钦差大臣并塘汛官兵的客民，阴谋发动分裂叛乱。在此紧要关头，驻藏大臣傅清、拉布敦临危不惧，不顾乾隆皇帝“你二人孤悬在藏，甚属危险，末可轻举”的劝谕，将叛酋引至驻藏大臣衙门，数其罪恶将其正法。
因寡不敌众，二大臣或自刎或战死。
为表彰二人壮烈，乾隆帝令在驻藏大臣衙署旧址建立了“双忠祠”。
发展经济，赈恤灾民，爱抚庶民。
为整饬西藏吏治，清中央政府赋予了驻藏大臣主管西藏地方经济与财税的大权，包括西藏地方财税管理，达赖喇嘛与班禅额尔德尼的收支用度、对外贸易、地方货币制造等。
按照章程规定，历任驻藏大臣不仅设立了宝藏局，铸造了乾隆宝藏、道光宝藏、宣统宝藏等地方货币，而且及时查核各项税收及开支。
为发展藏区经济，改善与促进民生，驻藏大臣颁令减免百姓租赋和徭役，抚恤救济受灾民众，赢得了藏民的广泛支持。驻藏大臣针对西藏战后大片土地荒芜、牲畜死亡、房屋坍塌、百姓衣不遮体、食不果腹，而地方政府种种苛捐杂税及世家、寺庙和官吏横行霸道，迫使其大量逃亡的实情，采取果断措施，奏请中央政府允许达赖豁免了本年应交粮石计银5万余两，及节年所欠粮银4万余两。
驻藏大臣还携银4万两分三路救济后藏各地灾民，招回逃亡失业者、散给糌粑及青稞种子，修好坍房，为其迅速耕作生息、摆脱穷困境地提供了可能。
时至清末，藏区局势岌岌可危，光绪三十二年（1906年），驻藏大臣张荫棠目睹英帝侵藏暴行，多次上奏中央政府：藏区为川、滇、秦、陇四省屏蔽，设有疏虞，不堪设想。为挽救危局，他认为只有效法欧美变法图强，实行改革，方能安民治藏，他立即着手整顿西藏内部事务，主张优待达赖、班禅，恢复藏王制，并以汉官监督；清查户口、租赋，设西藏行部，会办大臣统治全藏，分理九局事务（外交、督练、财政、学务、盐茶、巡警、农务、工商、路矿）；筹饷、添练新兵、兴办教育、革除苛政、废除差役等。
协调民事、平息讼争和维护司法秩序。《钦定藏内善后章程二十九条》规定，西藏地方无论公诉民诉，驻藏大臣均须秉公办理。他们权衡各方利益，多方协调关系，竭力平息事态，妥善处置各类民事冲突，为维护西藏地方局势稳定和百姓权益，维护司法秩序作出了贡献。
整饬军备，建立较为完备的地方军事系统，守边疆御外侮。
《钦定藏内善后章程二十九条》赋予驻藏大臣对西藏拥有所有军事指挥权。
其规定：西藏地方设立驿站、编练藏军、驻防营伍、统帅绿营、调遣兵马、卡隘防御、军事官员任免、征用和发放粮草与军饷等所有军事指挥权均统归驻藏大臣。
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