考证这些内容，错误确实很多。有些本应区分却混淆了的，例如葳蕤与女葳是两种植物却被归为一条；有些本应合并却拆开了的，例如南星与虎掌本是同一种却被分为两类。生姜与薯蓣属于菜类，却列在草部；槟榔和龙眼属于果类，却归入木部。八谷关乎民生根本，却没有清晰辨别具体品种；三菘本是日常蔬菜，尚且不能准确判定名称。黑豆与红豆体型悬殊却被列为同条；硝石与芒硝特性水火竟混杂注释。将兰草说成兰花，把卷丹当作百合，这是寇宗奭《本草衍义》的谬误；声称黄精等同于钩吻，旋花等同于山姜，则是陶弘景《名医别录》的讹传。酸浆与苦耽在草部和菜部重复收录，是掌禹锡考据的疏忽；天花粉与栝蒌分作两处记载，暴露出苏敬着书的粗疏。五倍子是虫子筑的壳巢，却误认为树木果实；大蓣草本是四叶田字草，却被错指作浮萍。此类谬误不胜枚举，仅略举数例可见一斑。
若不能系统划分品目类别，如何能澄清众人疑惑？我冒昧不自量力，擅自进行修订删述，重复的内容予以删除，遗漏的部分加以补充。例如磨刀水、潦水、桑柴火、艾火、锁阳、山柰、土茯苓、番木鳖、金柑、樟脑、蝎虎、狗蝇、白蜡、水蛇、狗宝、秋虫等药物，皆为当今医方所用而古代文献未载；又如三七、地罗、九仙子、蜘蛛香、猪腰子、勾金皮等药材，本是各地出产却未被野史笔记记录。本次新增药材总计三百七十四种，通过对原书重新分类整合为十六部类。虽未臻完善，却也大体完备。对于同种药材有多个称谓而散见于不同篇章的情况，统一标注正名为总纲其余别名作附注列于条目，以此确立规范体例。随后编撰[集解][辨疑][正误]诸栏，详述药材产地形态；继而列出[气味][主治][附方]栏目，阐明药物属性及临床效用。
上溯三坟五典之经典，下及稗官野史之杂录，只要与医药相关的内容，无不广泛搜集整理。此书虽名为医典，实则蕴含世间万物之理。
太祖皇帝开创基业时，率先设立国家医馆，重视医学传承，将仁德医道传播于九州大地；世宗皇帝承续文治，既主持编印《医方选要》，又刊行《卫生易简》，使仁政美名浸润四海疆域。臣恳请陛下承继先辈宏愿，恪守治国之道，秉承帝王治世之责，执掌教化万民之权。望圣心体察百姓疾苦，重修济世救人之典籍；特召天下贤能之士，编纂彰显盛世之医典。借修养身心之理以治国安邦，此书必将光耀千秋；凭延年益寿之法以福泽万民，臣等亦将青史留名。
臣怀赤诚之心将多年心血呈献御前，恭请圣主审阅批示。若蒙恩准将本草典籍交礼部审核，或令太医院重新编修，臣全家上下世代感恩，生者逝者皆沐圣德。臣谨怀敬畏天威之心，伏拜恭候圣命裁决。
万历二十四年十一月某日将此书呈进，于当月十八日接到圣旨批示：所呈书籍留于宫中阅览，命礼部记录存档，此令。
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