舰队用了两天的时间才完全返回了庙岛，开始清点收获，一共俘获敌舰敌船一百三十二艘，其双桅大船有三十五艘，板屋船、龟船等战舰另有四十二艘，其不少载有东虏抢夺来的财货，而俘虏的敌人左右五千余人，其朝鲜军最多，超过两千五百人，汉军二鞑子则有一千余，其余都是东虏从直隶沿海和莱州湾俘虏的渔民水手。
对于渔民水手，李明勋全部交给了登莱水师，若能在俘获的船找到船主，只要肯出赎金，也是一并归还，而汉军旗和朝鲜军，只有军官交给了登莱水师，其余人马一概成为社团的奴隶，现在他们要留在庙岛为舰队和新军营服务，但是后半生终将在金瓜石等矿洞里渡过了。
唯一让双方有些争执的是俘虏的几十个东虏真夷，在登莱水师眼里这可是活生生的军功，虽然官卑职小，却被精挑细选出来，带到登州城下挨个斩首。
对于俘获的船只，所有双桅大船统统属于社团，按照事前的约定，朝鲜水师的战船大部分也属于社团，但是李明勋对这些龟船、板屋船不感兴趣，社团既瞧不朝鲜的战舰标准，也不会『操』控这类船只，而这类与船桨为动力，风帆辅助的船只注定也用不到移民至少。
好在有曾樱和黄蜚在，双方私下了达成协议，那是用登莱水师的大型福船交换这些朝鲜战舰，说起来，大明水师对朝鲜战舰是很看重的，认为其‘用整木建造，坚固异常，尤擅近海『乱』战’，而福船等船只过大，特别在季风不适合的时候，无法迅速出战。
最终，李明勋用所有的朝鲜战舰交换了登莱方面十二艘大号的福船、沙船，当然其有不少是登莱巡抚衙门钉封的商用船只，莱州湾海战之后，东虏大半水师已经被歼灭，倒也不怕再被挑战了。
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