此次江南之变，赵三刀和顾三二人麾下内河舰队除了来自江南分舰队，便是大本营和盟友的支援，但内河舰队也承担了最残酷的作战任务，特别是扬州围城之后，江南的清军已经完全处于疯狂，从南京到崇明数百里的战线上四处出击，内河舰队处于疲于奔命的状态，一度让清军登陆崇明岛。
而且，在旷日持久的战争中，清军对水师的应用更为娴熟，原本，慑于合众国水上力量的强横，清军走入了一个误区，那就是想要战胜合众国海军，就必须要拥有比其更大的船只，这导致清军水师盲目追求船只大小，却不知道水上作战，真正的核心是火力，那些各类船只改造来的战船在加莱赛和加列船面前不堪一击，随着鏖战的继续，清军水师中的大船消耗殆尽，只得以各类划桨船为主，但却发现，划桨船凭借速度和敏捷性，在狭窄的航道上可以轻易绕过内河舰队的火力核心，进行接舷战，虽说在战术和技术上仍然稚嫩，但却取得了远远高于往日的交换比，至少内河舰队越来越难以承受水上战斗的伤亡。
大量的加列船和加莱赛船在战斗中损失，内河舰队已经失去了对长江航道的绝对掌控，这也是洪承畴的计策，如果能够歼灭合众国的内河舰队，那么那支陆军也会被困在大陆，失去机动之后，自然也跑不脱。
十一月底，统帅部下达总撤退命令，内河舰队从各个方向收缩，全力控制扬州到崇明的长江下游航道，第一批撤退的是来自扬州的百姓，扬州之战结束后，城中便是出现了一个可信度极高的谣言，扬州百姓生撕清虏的辅政王，食肉吮血，待清军攻破扬州，一定会屠城，一时间，不要说扬州城中剩余百姓，就连周边百姓都是岌岌可危。
很多百姓要求出海避难，移民局在扬州城中十日便是与近八万人签订了移民合同，这已经是扬州百姓中的绝大部分，要知道，在弘光元年的扬州十日大屠杀中，扬州几乎被屠戮一空，两年时间，也不过恢复了二十万人罢了，围城战中，大量百姓遇难，扬州城几乎被搬空了。
最终，李明勋下令一把火烧掉了扬州城，把这个经历了太多血腥和罪恶的城市付之一炬，烈火覆盖了大半的天空，照亮了运河两岸，合众国军殿后的军队突破清军在运河一侧设置的火力拦阻，进入了长江航道。
黑底金龙旗依旧在船桅顶部飘扬，月光照亮了长江两岸，到处是火焰，耳边是噼里啪啦爆鸣声，江面上覆盖着残骸和尸体，站在船尾看向扬州方向的李明勋说道：“诸位，这是一场伟大的战争，历史会记住这一刻的。”
是的，这是一场伟大的战争，大战以合众国、明国联军的安全撤退为告终，伟大的战争之后拥有一个史诗般的结局。
中华合众国的无敌统帅李明勋，在一场旷日持久的战争中，将凶狠狡诈的满清大军玩弄于鼓掌之中，陆军横扫长江两岸，海军在长江、运河劈波斩浪，公审汉奸、困杀多铎、歼灭敌水师，每一场胜利都是那么的不可思议，惹的清军调集来所有可以机动的力量，仍然没有留下合众国军。
由此，李明勋成为中华共和国、中华民族和所有抗清力量的英雄人物，这个世界上，任何一个人都无法再无视于他，无敌的战绩在这个世界传唱，即便是西方诸国的贵族圈子里也有了李明勋的名字，在诸多宴会和沙龙之中，美丽的贵妇人和小姐们倾听来自遥远东方的故事，那个故事中英雄有权谋，也有血腥，女孩们听完之后，可以装出受惊的可爱模样，来吸引年轻贵族的注意力，从而获得共同的话题。
李明勋没有想到这场战争的结束会带来对自己的神化，但是他乐得看到这一幕，因为稚嫩的中华合众国要走出摇篮，向全世界宣告自己的力量，一场伟大的胜利可以让其事半功倍，这是立国之战，也是中华合众国波澜壮阔的历史中最光彩的瞬间。
从七月下旬内河舰队进入长江航道算起，一直到十二月初，这场战争持续了四个半月，也是合众国、永历政权和鲁监国政权的第一次正式合作，在这场战争中，一共歼灭清军五万余，其中属于合众国的战绩便有四万五，大规模的歼敌发生在扬州围城战，歼灭了近两万清军，其中多数是俘获，而更惨烈的则是长江航道水战。
合众国海陆两军一共战死三千二百余士兵，大半属于海军舰队和海军陆战队，当然，这并不是全部的损失，如果算上重型桨帆船上的奴隶桨手，战损人数已经超过了五千，这是合众国历史上最大伤亡的一次战役，同样也是取得成果最大的。
合众国军先后占领苏州、常州、镇江、扬州、淮安等州府，攻克府城五座，县城二十二座，仅仅是通过清算汉奸士绅官宦，就是得到了一千多万两收入，加上缴获的漕船上的货物，这场战争收益了一千五百万两左右，除此财货，还收获了三十二万移民，其中三分之二属于自由移民，十万余是被强制迁徙、流放的汉奸及其亲属，而最大的收获莫过于把清廷最为倚重的江南赋税之地搅了个天翻地覆。
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