有关唯识学的问题还很多，也很复杂，如唯识与因明的关系，法相、唯识之辩，瑜伽与唯识，唯识学与《大乘起信论》的关系，以及唯识学在印度和华夏衰落的原因等等。
唯识学的思想理论，在整个佛法的体系中，可以说是最具有思辩性和严密性的一门学说，它正受到越来越多的佛教学者的重视与喜爱。随着社会、文化的不断发展和佛学研究的不断深入，唯识学必将焕发出新的、强大的生命力。不过，在另一方面，唯识学博大精深的经典，过于繁琐的义理和复杂的名相、概念也让许多学佛者望而生畏。
大乘三系是印度大乘佛教的三大思想体系分类，包含性空唯名论、虚妄唯识论与真常唯心论三类判释框架。
性空唯名论以《般若经》及龙树、提婆学说为本，主张诸法本质空性而假名存在，属中观学派；虚妄唯识论源自弥勒、无着、世亲的瑜伽行派，强调阿赖耶识为现象世界根本，以《解深密经》《唯识三十论》为典据；真常唯心论基于《涅盘经》《楞严经》等，主张众生本具真常心如来藏为诸法根源。
印顺的判释着重分析各体系对“惑业流转”与“菩提修证”的理论逻辑差异，指出其思想根源在于所依“核心事实”不同，相关论述集中于《无诤之辩》。
性空唯名论是依般若等经及龙树、提婆、清辩、月称等论师所作之论而安立，也就是一般说的中观学派。因为中观论者与其他派别相较，除假名有之外，绝不安立
任何自性有或自相有；这是立足于诸法性空，宣说一切但有假名，故称性空唯名论。
虚妄唯识论是指弥勒、无着、世亲一系的思想，亦即一般所说的瑜伽行派。瑜伽行派以阿赖耶识为诸法的根本依，而诸法是阿赖耶识虚妄分别的呈现，所以称此派的思想为虚妄唯识论。
真常唯心论是指《大涅盘经》等宣说如来藏、如来界、常住真心的一部分大乘经而言，也包含《起信论》。这一系的思想以如来藏、自性清净心等真常心作为一切法的究极根源，故称真常唯心论。
凡是圆满的大乘宗派，必有圆满的安立。一、由于惑业而生死流转，到底依于什么而有流转的可能。二、由于修证而得大菩提，到底依于什么而有修证的可能。这二者，有着相关性，不能病在这里，药在那边。着重这一意义去研求时，发见大乘经论宗派的不同说明，有着所宗所依的核心不同。如把握这一基本法则，核心的根本事实，那对于大乘三宗的理解，便能以简驭繁，纲举目张。我，于大乘三系的分别，重心在此。
性空唯名论，依般若等经，龙树、提婆、清辩、月称等论而安立。依这一系说，一切法无自性空，为最根本而最心要的。离却性空，生灭无常，不外是断见。真常，更是神我的别名。惟有从性空中，贯彻常与无常，才能契三法印即一法印，安立佛法，开显佛法的深奥。性空不是什么都没有，反而能善巧安立一切，此为中观学者唯一的特义。性空是不碍缘起的，缘起的即但是假名，这又是中观的特义。染净因果，凡圣迷悟，这一切，惟有世俗名言识所得的假名；如以正理观察而求自性有，自相有法，即都不可得。如以为非假名有，经过智慧的抉择，完全不能成立。
虚妄唯识论，这是弥勒、无着、世亲以来的大流。何以立名为虚妄？这并非抹煞法相唯识，而是从另一角度来说。也不是遵从安慧及《中边论》意，而是唯识学的通义。
唯识学，于三性中，着重依他起性，说依他起是实有唯事。依他起有，等于说内识是有；遍计性空，等于说外境是无。唯识无境与三性有空，是这样的一致。
心心所法中，阿赖耶识是根本依，所知依，这是种现熏生，心境缘起，随染转净的枢纽。而阿赖耶识是有漏有为生灭的妄识；玄奘所传的护法唯识，也确切如此。有有漏的杂染，才能说到无漏的清净。引生无漏清净现行的种子，不论是本有、新熏，虽不是赖耶自性所摄，也还是依附阿赖耶识而转。着重虚妄的依他起性──识而成立一切，岂非是唯识宗的通义。
真常唯心论︰这是依宣说如来藏，如来界，常住真心，大般涅盘等一分大乘经而立；摄得《起信论》。‘如来藏是依，是持，是建立。依如来藏故有生死，依如来藏证得涅盘’。如来藏是真常本净的，但无始以来，为‘若离若脱若异一切烦恼藏’所覆。这是说，有与如来藏不相合的有为杂染熏习，无始来依如来藏而现有杂染生死。所以如来藏‘离有为相’，而‘变现诸趣，犹如伎儿’。如来藏性具无漏非刹那的功德，为无漏功德因，所以是涅盘依。成佛，也只是如来藏出缠，无漏净能的圆满显发而已。
真常论，也可能不唯心。但真常大乘一致的倾向，是‘自性清净心’，‘常住真心’，‘如来藏心’，‘如来藏藏识’等。本净真性，总持于心性；以此真常心为依而有生死、涅盘事，为流转、还灭的主体，所以称之为真常唯心论。
五乘是佛教术语，指运载众生抵达善处的五种修行法门。喻指佛法如舟车，助众生脱离轮回、证悟涅盘，其分类体系因经典诠释而异。
五乘通常包括人乘持三皈五戒、天乘修十善及禅定、声闻乘依四谛、缘觉乘悟十二因缘、菩萨乘行六度。人、天二乘属世间法，侧重脱离恶道；声闻、缘觉二乘追求个体解脱；菩萨乘以大乘思想为本，以自利利他为终极目标。《盂兰盆经疏》详述五乘对应不同修为境界，《楞伽经》按修行层次分为天乘、梵乘等，《华严五教章》则依教法深浅分类。该思想源于佛教对众生根器差异的适应，通过不同法门实现教义传播。
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