贞观十七年二月，李世民命将作少监阎立本画长孙无忌、李孝恭、杜如晦等二十四功臣像置入凌烟阁，是为凌烟阁二十四功臣，魏徵位列第四。李世民望着凌烟阁的魏徵画像思绪万千，遂吟诗道：劲条逢霜摧美质，台星失位夭良臣。唯当掩泣云台上，空对余形无复人。
不久之后，太子李承乾谋反案发生。侯君集参与谋反，被处死；中书侍郎杜正伦受牵连被远贬。魏徵曾经向李世民推荐二人，说他们有宰相之才，到这时，李世民开始怀疑他结党营私。魏徵又曾写下自己前后的谏辞，拿给史官褚遂良看。李世民知晓此事后，愈加不满，于是手诏取消衡山公主与魏叔玉的婚约，还下令推倒了魏徵的墓碑。
贞观十九年，李世民亲征高丽，尽管取得胜利，却仍因未能灭高丽而后悔。回师之后，他慨然叹息说：“魏徵若在，不使我有是行也。“于是召魏徵的家人到行营，赏赐、慰劳裴氏，立命驰驿以少牢之礼祭祀魏徵，并重新立起墓碑。
魏徵备经丧乱，仕途坎坷，阅历丰富，因而也造就了他的经国治世之才，他对社会问题有着敏锐的洞察力，而且为人耿直不阿，遇事无所屈挠，深为精勤于治的唐太宗李世民所器重。据《贞观政要》记载统计，魏徵向李世民面陈谏议有五十次，呈送给李世民的奏疏十一件，一生的谏诤多达“数十余万言”。其次数之多，言辞之激切，态度之坚定，都是其他大臣所难以伦比的。总结其政治思想，主要有以下几个部分：极言直谏，剖析得失。魏徵的谏诤涉及面很广，朝廷军国大事的失误自然是他上谏的主要内容。为了医治隋末战乱的创伤，他规谏李世民要与民休养生息，一改隋炀帝奢靡之风，反对营造宫室台榭和对外穷兵黩武；为了社会的安定，他规谏李世民要废除隋的严刑峻法，代之以宽平的刑律；为了政治清明，他规谏李世民用人要“才行俱兼”，对官吏中的贪赃枉法之徒要严惩不贷。在刑赏问题上，他认为刑赏之本在于劝善惩恶，在王法面前，“贵贱亲疏”一律对待；在君主的思想作风上，他规谏李世民要兼听广纳，认为“兼听则明，偏信则暗”，以防止贵臣壅蔽，下情不得上达。他规谏李世民要以“亡隋为戒”，接受历史教训，居安思危，力戒骄奢淫逸。
对这些有关国家治乱、社稷存亡的大问题，魏徵在上谏时一向是坚持原则，据理力争，对唐太宗的失误批评也是尖锐的。他提倡上书言辞激切，无所顾忌。尽管李世民对魏徵的尖锐批评一时难以接受，但他毕竟认识到魏徵是忠心奉国，有利于国家长治久安，因此对其进言多所采纳。当然，李世民的开明政治是魏徵屡次极言直谏的重要原因，因此他回答说：“陛下导之使言，臣所以敢谏，若陛下不受臣谏，岂敢数犯龙鳞？”
魏徵对朝政失误的批评，对贞观政治纠谬补缺，多所裨益。李世民曾把魏徵比作良匠，自己比作金子，金子原在矿石里，它之所以称贵，是由“良冶锻而为器，便为人所宝”。
偃革兴文，与民休息。魏徵鉴于隋末人口流亡、经济凋敝、百废待兴的事实，力劝太宗偃革兴文，实行有利于国计民生的休养生息政策，表现了他政治上的“致化”思想。
李世民即位初，曾与群臣谈及教化百姓之事。李世民认为大乱之后，恐怕难以教化。魏徵则认为：“久安之民骄佚，骄佚则难教；经乱之民愁苦，愁苦则易化。”他举例说，犹如“饥者易为食，渴者易为饮”一样。他还批驳大臣封德彝的“人渐浇讹，故秦任法律、汉杂霸道，盖欲化而不能”的说法，认为商汤灭夏桀，周武王伐纣，“皆能身致太平，岂非承大乱之后邪！”他又进一步说：“若谓古人淳朴，渐至浇讹，则至于今日，当悉化为鬼魅矣，人主安得而治之！”李世民采纳了魏徵等贤臣的建议，制定了经国治世的基本国策，对于贞观之治有着深远的影响。
魏徵还提出了以静为化之本的施政方针。他认为隋朝虽然府库充实，兵戈强盛，但由于“甲兵屡动，徭役不息”，最后虽富强而丧败，其原因就是因为“动”。在大乱之后，百姓疲敝，人心思治，当以安静为本，“静之则安，动之则乱，人皆知之，非隐而难见也，非微而难察也”。
魏徵以静为本的思想，主张社会有个安定的环境，与民休养生息，以恢复和发展社会经济。为此，魏徵曾屡次劝谏太宗停止兵事，提倡轻徭薄赋，布德施惠。为了防止劳役百姓，他还劝谏李世民停止周边诸国的入朝贡献。贞观二年，高昌王麴文泰将入朝，西域诸国也欲遣使贡献。魏徵上谏认为此举劳役使者途经州县，是现在的地方所不能承担的。李世民听后，马上下令追回迎接西域使臣的使者。
魏徵还劝谏太宗停止一些规模较大的活动，以减少费用。如贞观六年，文武百官屡次请求东封泰山，唯独魏徵不同意。他认为尽管李世民功高德厚，国泰民安，四夷宾服，“然承隋末大乱之后，户口未复，仓廪尚虚，而车驾东巡，千乘万骑，其供顿劳费，未易任也”。在魏徵的规谏下，又恰遇河南、河北数州闹水灾，李世民遂停止了东封活动。
魏徵认识到，帝王崇饰宫宇，奢侈无度的结果必然疲劳百姓。在与李世民谈及此事时，曾以“亡隋为鉴”，举其亲眼所见的隋炀帝之例说明，提醒他慎自惕勉，以防重蹈覆辙。李世民在位既久，有时忘记了俭约的作风。贞观十一年，他东巡洛阳，住在显仁宫，因州县官吏供奉不好，大都受到了谴责。
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