此时的秦王李世民身兼数职，威望势力直逼太子李建成，功高震主难免被猜忌。平定洛阳后，李世民拒绝了奉命前来有非分之请的贵妃等人，秦王部属又多次与后宫亲属产生摩擦。秦府上下对后宫已多有得罪。反之太子齐王与后宫妃嫔时常往来，经常联合在高祖面前谗害李世民。眼见多次在外浴血征战的丈夫与皇帝疏远，又为太子齐王所嫉，秦王妃直接出面缓和矛盾。她常常在宫中出入，孝顺高祖李渊，同后宫妃嫔交往，以弥补丈夫与皇帝的嫌隙，在后宫中为丈夫存留助力。在尚书右仆射萧瑀和太子少保李纲等人的鼎力支持下，高祖李渊最终没忍心对李世民下死手。秦王妃长孙氏等人同心影助为秦府的绝地反击赢得了宝贵的备战时间。正如历史上无数次的皇权斗争一样，兄弟反目终于决裂。
武德二年末因刘文静事件，高祖已冰封过秦王。只因内外战事不断，唐廷必须仰仗秦王武功，不得不在每次战事吃紧时，一次复一次地启用李世民，而事平之后对战功越发显赫的李世民猜忌更重。武德末期，皇帝猜忌日重，太子齐王日渐紧逼，李世民的处境更加艰难。在武德七年六月杨文干事件，秦府与太子齐王两败俱伤之后，双方争斗进入白热化。
同年七月突厥再度寇边，情势危急，太子齐王与多数大臣纷纷赞同迁都，唯独李世民直谏，认为夷狄之患不足为惧，请求出征讨伐突厥。高祖听从了他的请求，但是太子与后宫妃嫔却乘机进谗言诬陷李世民谋掌兵权以篡位。高祖再起疑心。之后高祖在城南狩猎，太子将一烈性胡马授予秦王妄图摔死秦王，秦王驯马后完好无伤答以“死生有命”，太子借机令后宫妃嫔妄言“天命”诬陷秦王。高祖大怒，但碍于边境不宁，缺不了李世民这军事奇才，不得不按下此事。一计不成再生一计，太子于东宫设宴欲用毒酒加害李世民，不成。又和齐王策划在昆明池暗杀李世民，并乘机逼宫。幸得率更丞王晊得知阴谋并将此事告知李世民。
经过一系列的事件，持续加剧着秦王府与东宫间的矛盾。秦王妃长孙氏没有放弃弥缝。然而面对丈夫及其部属遭遇的不公和打击，长孙氏越发警醒地意识到摆脱困境的紧迫感。此时的秦王妃长孙氏没有退缩，义无反顾地站在丈夫身后，和胞兄长孙无忌及房玄龄等秦王府僚共同给予丈夫毫无保留的支持。武德九年六月三日，金星再次白天出现在天空正南方的午位，当高祖将傅奕密奏“秦王当拥有天下”告知李世民，处于生死存亡之际的李世民下定了决心。
六月四日凌晨，李世民率领秦王府八百将士在玄武门设伏。通常站在丈夫身后的长孙氏出人意料地出现在了丈夫身旁，从容勉励将士。将士们无不感激秦王妃的亲自慰勉，因此更奋发无畏。妻子无所畏惧地生死相随不离不弃，更激励着丈夫李世民。玄武门之变以秦王的完胜而告终。三天后的六月七日李世民被立为皇太子，长孙氏随之成为太子妃，八月八日李世民登基为帝，并在登基后十三天册封长孙氏为皇后，从此明君贤后，交相辉映。
长孙皇后喜爱看书籍图传，即便是梳妆打扮时也手不释卷。成为皇后后依然如此。经常与丈夫一起地共执书卷，谈古论今，从容以对，发表独特见解，对丈夫与朝政大有裨益。唐太宗对长孙皇后一向爱重。登基之后，对长孙家族常常恩遇逾制。
长孙皇后深以盈满为诫，说服胞兄让位，在太宗恩准下，长孙无忌得以闲职高薪退避宰执之位。长孙皇后还利用自身对丈夫的影响力来护慰朝廷贤良，匡正丈夫的过失。长孙皇后一方面欣赏“庇护”着魏徵那些敢于直言的忠臣，另一方面也在不断地提醒着李世民要行仁政。她以女性特有的力量在男权至上的封建社会发挥着独特的作用，辅佐皇帝丈夫，使得初唐出现了有利的政治局面。
君明后贤臣直，文治武功，春风和睦，亲切包容。大唐初期迎来了它令后世魂萦梦绕的理想境界“贞观之治”。
贞观八年，长孙皇后陪同太宗在九成宫避暑期间，身染重疾。皇太子请求大赦并度人入道，为妻子健康忧虑的唐太宗立即应允，但遭到长孙皇后的坚决反对，无奈唐太宗只好请普光寺法师昙藏入宫为妻子祈福，或是天子诚意所致，长孙皇后病情旋及康复。
贞观九年，皇太子李承乾纳妃苏氏。然而喜悦之后却连接着悲伤，此后接踵而来的生身母亲赵国太夫人的薨逝以及太上皇李渊的驾崩，给长孙皇后和李世民这对夫妻又一次沉重打击。双重丧期的哀痛，诱发了长孙皇后早年罹患并时常发作的气疾，次年，病势加重，药石皆不见效。
早年，太宗驾幸太原，长孙皇后生病，他曾亲自到石壁寺礼谒禅师，并解众宝名珍，为妻子供养启愿。于是太宗决定再次求助于佛家。贞观十年四月，李世民下诏修复天下名胜古寺三百九十二座为皇后祈福，着名的善寂寺，修定寺便在此列。虽然太宗期待佛家的福祉能够又一次给妻子带来好运，但是，幸运没有再次眷顾。
贞观十年六月己卯，长孙皇后崩逝于太极宫立政殿，终年三十六岁。太宗悲伤不已，遵从皇后遗愿，营山为陵，是为昭陵。纵观长孙皇后的一生，她与太宗从少年结发，一起互相扶持，走过了二十三载。于情伉俪情深，于政相辅相成。“一与之齐，终身不改。”
长孙皇后御下平和，从不无故令人有冤。太宗长年行军打仗，脾气难免急躁。后廷之人常因小事触怒太宗。长孙皇后深谙太宗脾性，总能让在气头上的丈夫熄灭雷霆之怒。
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