在切断城市物资供应的同时，反抗军在根据地大力推广 “生产合作社” 模式，彻底摆脱了对城市的依赖。农民们以村落为单位，组成农业合作社，集体耕作灵能粮，共享农具与灵能灌溉设备，收成按劳动贡献分配；矿工们联合成立矿业合作社，统一开采、加工灵晶，所得收益除用于根据地建设外，其余均分给矿工；手工业者则组建工坊合作社，制作农具、简易灵能武器与日常生活用品，满足根据地的物资需求。
“以前种的灵能粮全被贵族强征，一年忙到头连肚子都填不饱。” 一名老农捧着饱满的灵能粮，眼中满是感慨，“现在加入合作社，不仅能吃饱饭，还能让孩子去根据地的学校学习灵能，这样的日子我们必须守住！” 合作社模式实现了根据地的物资自给自足，还储备了大量战略物资，为后续的扩张与抗争奠定了坚实的物质基础。
帝国的清剿行动不出所料地陷入困境。凯撒十九世下令第一集团军与贵族私军联合清剿农村根据地，雷蒙德将军多次要求卡尔滕布伦纳提供灵能补给，却遭到无情拒绝：“私军的灵晶仅够守护矿场，如需支援，皇室需支付三倍灵晶作为代价，否则免谈！” 双方为灵能补给争执不休，清剿计划足足延误了半月。
待第一集团军勉强凑齐部分灵能，踏上清剿之路时，反抗军早已通过内线掌握了其行军路线。切尔运用 “敌进我退、敌驻我扰、敌疲我打、敌退我追” 的游击战术，将清剿部队引入山区峡谷。第一集团军的 “帝皇之拳” 机甲因灵能不足，无法在狭窄的峡谷中展开，机动性大打折扣；贵族私军士兵本就贪生怕死，看到反抗军的伏击阵型，纷纷溃散逃窜。
反抗军游击小组则利用地形优势，用灵能抑制器干扰敌方武器，夜间频繁袭扰清剿部队的营地，截断其粮道与通讯线路。清剿部队在山区中疲于奔命，士兵们士气低落，怨声载道，最终只能草草撤退，此次清剿不仅未能打通物资通道，反而损失了大量兵力与装备。
盖世太保试图潜入根据地，刺杀切尔与卡洛斯，却因根据地民众的严密监视屡屡受挫。反抗军早已教会民众识别帝国特工的灵能波动与伪装手法，任何陌生人员进入村落，都会被村民密切关注。一名盖世太保特工伪装成逃难的农民混入村落，刚拿出隐藏的灵能通讯器，便被警惕的村民识破，当场被擒。在民心凝聚的根据地，盖世太保的高压统治彻底失效，他们的阴谋如同石沉大海，毫无波澜。
随着经济绞杀的推进，根据地的建设也在不断深化，制度优势愈发凸显。反抗军在核心根据地建立起标准化的医疗站、学校与行政机构。医疗站配备了了尘师太提供的东方制式急救设备，由专业的医护人员坐诊，免费为民众与战士诊治伤病；学校由废弃的教堂改造而成，孩子们在这里学习灵能基础、文化知识与革命理念，指尖凝聚的赤色灵能，成为根据地最亮眼的光芒；行政机构实行 “民众代表制”，每个村落推选两名民众代表，参与根据地的重大决策，彻底打破了贵族垄断权力的格局。
红色思想的传播也愈发广泛。切尔亲自编写《灵能平等普及读本》，用农民能听懂的通俗语言，解释 “灵能公有、权力民享” 的核心理念。他通过灵能广播、村头宣讲、田间交流等多种方式，让红色思想深入人心。不少城市底层民众冒着生命危险，逃离拜占庭城，逃往农村根据地。其中，两名来自灵能秩序局的寒门官员，带来了帝国的核心情报：“拜占庭大桥的下层动力控制层因长期灵能短缺，防御已形同虚设，部分灵能线路甚至出现老化断裂的情况。” 这一情报，为反抗军后续的行动提供了关键支撑。
灵能技术的自主研发也取得了突破性进展。反抗军整合根据地的灵能技术人才，在小型灵晶矿场旁建立了简易实验室。技术人员们克服设备简陋、资料匮乏的困难，成功研发出成本低廉、适配底层民众的简易灵能武器与灵能滋养包。这些设备虽不如帝国装备精良，却实用性极强，不仅提升了根据地的战力，还改善了民众的生活质量，让更多人看到了革命胜利的希望。
然而，危机始终潜伏在暗处。被卡洛斯收留的前贵族仆役马蒂亚斯，实则是潜伏在根据地的眼线。他利用负责根据地物资登记的便利，暗中记录核心情报 —— 切尔的日常巡查路线、合作社的物资储备情况、灵晶矿场的防御部署，通过隐蔽的灵能通讯器，源源不断地传递给盖世太保。
切尔在巡查各根据地时，敏锐地发现了异常。他注意到物资登记册上存在细微的漏洞，部分关键物资的数量记录与实际库存不符，且马蒂亚斯频繁出现在灵晶矿场、医疗站等敏感区域，行为可疑。切尔心中愈发警惕，他没有当场揭穿马蒂亚斯的伪装，而是决定将计就计。他故意在公开场合宣布：“三日后，我将前往西部灵晶矿场视察，检查灵能武器的研发进度。” 同时，他暗中布置人手，在西部灵晶矿场周边设下埋伏，准备揪出叛徒背后的联络网。
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