和历史上的太平天国南京大决战一样，太平军十分重视南京北大门九洑洲的战略地位，李秀成还没有回师南京之前，洪秀全和蒙得恩就已经派遣南京城中最会打水战的敛天义梁凤超率领一万多精锐驻守九洑洲，数量不多的南京太平军战船和大量强征来的民船也全部转移到了狭窄的九洑洲北航道中，以此确保南京太平军和长江北岸的联络。
梁凤超也没让洪秀全等人失望，那怕是在吴军水师徐来部屯兵大胜关期间，由梁凤超负责指挥的太平军水师仍然还是没有让南京太平军和江北太平军失去联系，还多次冒险护送运兵运粮船只横渡长江，在吴军水师的眼皮子底下给南京战场送来了不少的江北粮食。吴军冯三保部一度北上佯攻江浦时，梁凤超所部也以严密的防守让吴军水师知难而退，没敢乘势向九洑洲发起进攻。
当然，这些也和当时的吴军战略目的有关，当时吴军最大的目的是向南京太平军施压，逼着李秀成尽快回师南京为上海吴军分担压力，没兴趣也没精力时间去收拾九洑洲太平军，不然的话，以吴军当时的水陆实力，一定要拿下九洑洲也不是绝对做不到。
不过吴军的暂时忍让又造成了一个后果，就是让梁凤超认为自己有足够的把握可以守得住九洑洲，用不着再让人来插手九洑洲重地，所以李秀成派遣部将桂天义傅正纲率军来九洑洲给梁凤超帮忙时，梁凤超不但没有感激，相反还觉得李秀成是多此一举，给自己添麻烦。——因为傅正纲带着两万江浙太平军登上九洑洲后，九洑洲上的太平军不但要面临重新调整营地布防等等烦琐问题，还出现了一岛二军两个老大的麻烦问题，梁凤超和傅正纲互不统属，互相谁也无法指挥谁，也互相之间都有些对对方不服气。
“一群旱鸭子，不会打水战跑来九洑洲，能起什么作用？”
这是梁凤超在傅正纲军登岛时悄悄发出的抱怨，但还好，梁凤超的性格也不算太固执，又知道李秀成也是一片好意，所以梁凤超还是满面笑容的欢迎了傅正纲军的到来，调整营地腾出空间让傅正纲立营，又和傅正纲约定遇事商议而行。然后到了确认吴军水师已经从芜湖出发东进后，梁凤超也和傅正纲在第一时间商定，决定由梁凤超军负责打水战和守炮台，由傅正纲军负责阻击吴军水师登陆，还有负责保护九洑洲北航道上的十条浮桥。
水上行军当然远比陆上为快，那怕吴军水师没有连夜赶路，到了吴军曹炎忠部大战秣陵关的当天上午时，吴军水师还是从容开抵到了九洑洲上游，自东征以来首次以最强阵容出现在太平军面前，也马上先声夺人，让太平军上下未战先怯，心惊胆战。
厚积薄发的吴军水师已经强过了太平军水师太多太多，光蒸汽明轮炮船就有八条之多，其中两条还是目前世界上最先进的铁壳蒸汽炮船，又有六条形同水上炮台的风帆战船和十六条红单船助阵，舷炮超过八百门，又有四百多条军用舢板保护近舷，浩浩荡荡连绵数里，实力足以碾压最鼎盛时期的太平军水师。所以在望远镜中看到了吴军水师的庞大舰队之后，不要说首当其冲的梁凤超脸色发白，就连只负责打陆战的傅正纲也失声惊叫，“天！妖兵的水师怎么有这么多炮船？这仗怎么打？”
再怎么心惊胆战也得打，乘着吴军水师还在调整队形准备发起进攻，负责炮台和水师的梁凤超赶紧命令军队准备作战，炮台守军全部就位并且提前安排好轮换军队，水师大船和没有武装的渡船货船全部转移到九洑洲的北航道出水口躲藏，小船则尽数布置在九洑洲北航道的入水口，帮助傅正纲军保护浮桥。同时匆匆联络江浦和浦口的太平军，让他们做好随时出兵增援的准备。
在此期间，梁凤超和傅正纲发生了一次争执，梁凤超要求傅正纲的军队提前进入阵地，以便随时阻击吴军登陆，傅正纲却害怕自己的军队过于靠近江岸，被吴军水师的炮火覆盖伤亡惨重，坚持要等吴军开始登陆时再出兵拦截，梁凤超担心这么做会贻误战机和傅正纲争辩，然后直接斗上了口。最后在旁人的劝解下梁傅二人虽然各让一步，傅正纲同意让部分兵力提前进入阻击阵地，但两人的心里都极不痛快，互相觉得对方过于自私，也互相对对方大为不满。
斗嘴的气还没消，吴军的水师就已经开始动手了，六条体积庞大的风帆战船在军用舢板保护下排成纵队，率先向着保护九洑洲北航道入水口的西南炮台杀来，八条蒸汽炮船以菱形阵紧随其后，太平军炮台不敢怠慢，吴军船队才刚进入射程就抢先开炮，率先打响了这场水陆大战的第一枪。
还是吃亏在技术不够，野路子出身的太平军炮手开炮全靠经验，命中率一向不高，打水上移动靶更是一半靠蒙一半靠运气，所以即便太平军在北航道入水口这个险要位置布置了三十多门火炮又一起开火，却仅仅只有四枚炮弹打中吴军的风帆战船——还全都是实心弹，其中三枚还是直接打在吴军风帆战船的船舷装甲上，对吴军战船造成的破坏小得可怜。
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