从苏州回到镇江的这几天，周士相一直不得闲，不但有大堆的公文需要他处置，还得不断召见部下将领，对他们面授机宜。原本定于四月北上辽东的计划因江南暴乱不得不暂时搁置下来，当前乱后重建和赈灾等事项成了军部的头等大事。
这其中不但需要军队稳定地方，剿灭余匪，恢复地方治安，重建地方统治，更重要的是，军队需要以“救世主”的面貌面对百姓。原先从各地调集到松江、崇明的大批军粮现在也不得不从仓库拉出，用以赈济因为暴乱而家园被毁的百姓。
初步统计，此次暴乱死伤百姓多达十二万人，流离失所，无家可归的有近五十万众。如果能将赈灾安置和镇反运动相结合，使流离失所的百姓能够尽快返乡重建家园，无疑能够极大改变太平军的形象，拉近太平军和江南百姓的距离。
周士相对灾后重建很重视，相继投入四个镇的力量用于赈灾。在太平军之前，明朝军队几乎还从没有过大规模赈灾的经历，也没有这方面的经验。而早在广东时，太平军就从事过风灾救援和灾后重建的相关工作。一定程度上，太平军已经有了后世人民军队的雏形，当然，仅仅是军队机制的雏形，而不是思想和人性方面。本质上，太平军依旧是一支封建军队，只不过因为统帅的缘故，使之具有了后世军队的一些职能。
在忙着部署灾后重建和灾民安置时，周士相抽出空接见了从北京来的传教士南怀仁。
南怀仁从北京南下后，先是在扬州呆了半个月，然后被送到南都。在去镇江之前，南怀仁见过被定武帝接入宫中的朱慈煊。
朱慈煊出生时即受洗成为天主教徒，教名“当丁”，即“君士坦丁”。当时替朱慈煊受洗的西方教士希望借由朱慈煊的受洗与即位，使明朝能如同罗马帝国般开始转天主教为国教。这一策略很成功，因为不但朱慈煊受洗成了天主教徒，永历帝朱由榔本人也成了天主教徒。
不过可惜的是，朱由榔没能恢复明朝，反而死在了四川的丛山峻岭之中。而明朝现在的皇帝对天主教并不感兴趣，而因为朱由榔的缘故，朱慈煊已然失去了大明帝国继承者的身份。据宫中的消息说，朱慈煊很有可能会被皇帝册封为亲王，然后回到他祖父曾经就藩的衡州居住。这个消息是真是假，南怀仁暂时无从分辨。他可以肯定的是，朱慈煊不可能再成为天主教的合作者，天主教现在唯一能够合作的伙伴就是那位并不在南都的齐王，也就是鞑靼人口中的“贼秀才”。
在枯燥等待了两个多月后，南怀仁终于得到通知，他可以面见齐王殿下了。带着些许忐忑的心情，南怀仁从南都前往镇江，路上听到了有关江南正在发生暴乱的消息。这个消息让南怀仁十分苦恼，因为他担心那位齐王殿下可能因为此事而不得不放弃与他的见面。事实也正如南怀仁所想，他到了镇江后，果然没有见到齐王殿下，而是被当地官员安置在一座寺庙中。
半个月后，他方才见到了从外地回来的齐王殿下。让他高兴的是，那位年轻的齐王殿下对于他似乎并不陌生，并且对天主教也没有什么敌意，这和澳门传来的有关这位齐王殿下的情报并不符合。
南怀仁有些激动，认为他来南方是对的，很有可能，天主教在东方的宏伟事业将在他手中开启。只是，南怀仁却怎么也没有想到，这位年轻的齐王殿下虽然对天主教和他都有好感，但却不愿听他多说上帝的福音，而是告诉他，天主教在东方的传教士必须协助他的军队进行有关火器、大炮的改良和生产，并且在他开办的学校中任职，教授他们所会的算术、天文、地理、造船等知识。只有传教士们的工作让他满意，他方可能考虑给予天主教在东方传教的自由。
最后，这位齐王殿下以近乎威胁的口吻告诉南怀仁，如果他不同意，或者他所在的教会不同意他的要求，那么，天主教就会被宣布为邪教，以律法的形式禁止他们在中国的一切活动。
南怀仁不能替教会做决定，于是他写了一封信给北京的汤若望。但是他本人却答应了齐王殿下的要求，愿意协助明朝的军械司研制齐王声称的开花炮弹。
对于宗教的态度，周士相一如继往，那就是所有的宗教都是邪教，只要是宣称有神存在的宗教，都是反文明的存在。只是，他本人不信神，也不信教，可是这个时代的百姓却迷信这些虚构事物的存在。哪怕在他的前世，也有很多愚蠢的人相信有所谓的神灵。
既然无法制止宗教传播，那唯一的办法就是自己创造一个宗教。
镇压弥勒教的同时，周士相秘令军部加大扶持罗教，并着手编修一部新的教义，加入他所认可的理念，并结合弥勒教那种一神教的传教优点，意图将罗教打造成为汉人的唯一宗教或是大教。
其中，侵略性和抱团性是周士相希望罗教能够具备的。因为他不希望自己死后，或者将来有一天，会有外来的宗教蔓延传入中国，导致严重的宗教问题。那么，在官府不作为或没有意识到宗教威胁时，罗教作为汉人的一神教能够战斗在反侵略宗教战斗的最前方，并且同样向外扩张，做到以彼之道还施彼身。
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