再说宋江与关胜、花荣、秦明、朱仝四员正将为前队，引军直进清溪县界，方杰横戟出马，那杜微手仗七星宝剑背藏飞刀五把跟在后面。宋江阵上秦明首先出马，手舞狼牙大棍直取方杰。那方杰将方天画戟使得精熟，两人连斗三十余合不分胜败。杜微见方杰战秦明不下，从马后掣起飞刀，望秦明脸上砍来。秦明急躲飞刀时，却被方杰一戟耸下马去。可怜霹雳火，灭地竟无声。
宋军见折了秦明，尽皆失色。这方杰得胜夸能，又在阵前高叫道："宋兵再有好汉，快杀出来！"宋江急出阵前，只见方杰背后便是方腊，直来到军前摆开。但见：
金瓜密布，铁斧齐排。方天画戟成行，龙凤砅旗作队。左侍下一代文官，右侍下满排武将。虽是妄称天子位，也须伪列宰臣班。
那方腊骑着一匹银鬃白马亲自监战。看见宋江在马上，便遣方杰出战。方杰正要出阵，只听得飞马报道："贺从龙总督军马去救歙州，被宋兵活捉过去了，宋兵已杀到山后。"方腊听了大惊，急传圣旨收军，且保大内。当下方腊御驾先行，方杰、杜微随后保驾，都投帮源洞去了。
这时童枢密带着大将韩世忠前来助战。他两人自然目中无人耀武扬威。李逵上前骂道："你这两个官军值甚么鸟！若不是俺哥哥宋公明，你两个驴头早被方腊砍了！今日我等众弟兄成了功劳，你们倒来争功！朝廷不知备细，还道是你们协助成功的！"韩世忠一听大怒，拔刀要杀李逵，童贯急忙解劝。他倒不是大方，他想的是等把方腊消灭以后，再来收拾你们不迟！童贯怎么会与你们争功呢？他要你们的命！
宣和三年四月二十四日，宋军包围帮源洞。方腊在石洞中躲藏起来，由于石洞极为隐蔽，官军不知如何进入。这时起义军里出了奸细，带韩世忠找到路径，韩世忠率骁勇进入洞中，方腊及妻子邵氏、儿子方毫、皇侄方杰、宰相方肥等五十二人被俘，义军七万人被杀。
童贯乃班师回朝。方腊自反叛以来，破六州五十二县，杀平民二百余万。朝廷从出师讨方腊，至擒腊班师，凡四百五十日。
宣和四年（1122年）三月，方腊余部都被平灭。童贯因功迁为太师，改封楚国公。自此童贯入则为近侍，与群阉为伍；出则领枢密，与宰相同班。古今所未有。
梁山泊义军在平定方腊军的过程中损失惨重，方腊虽灭，梁山108将也只剩下27名头领。
此时蔡京、童贯、高求、杨戬用事，或明明献谗，或暗暗矫旨，或改赐药酒，或私下水银，将宋江、卢俊义两个大头目一时害死。宋江服毒后自知不免，却虑李逵闻信又要生事，以伤其归顺忠义之名。因而召至楚州，暗以药酒饮之，使其同死；继而吴用、花荣亲来探望，见宋江死于非命，不胜悲痛，想要再作风波，而蛇已无头，大势尽失，死灰不能复燃，于是也在宋江的坟墓旁边自缢。宿元景上书请求厚葬宋江等人，宋江被葬于蓼儿洼。
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