后来董卓还想寻找机会杀害卢植，但被蔡邕、彭伯（或作：彭伯群）劝阻，卢植则弃官逃亡。
九月一日，在崇德前殿，尚书丁宫主持废立仪式，太傅袁隗将刘辩扶下皇座，解除玉玺印绶转交给刘协，然后扶刘协正式登基，是为“献帝”。
紧接着，董卓让尚书宣读策文，并弹劾何太后害死董太皇太后的罪责，将其罢免，迁入永安宫。
九月三日，何太后被毒杀身亡。董卓不允许朝廷为何太后举办丧礼，而是让刘协到雒阳城内奉常亭表示哀悼，公卿大臣们穿白衣上朝三天。
九月十二日，朝廷遥封远在幽州的幽州牧兼太尉刘虞为大司马（上公之位），董卓由司空改任太尉，兼领前将军，加节，赐斧钺、虎贲[bì]，更封郿。
九月末，董卓联合司徒黄琬、司空杨彪一同携带鈇锧到朝堂上书，要求为建宁元年（168年）九月政变时被政治定性（诬陷）为叛贼的陈蕃、窦武以及次年（169年）在“第二次党锢”中被捕遇害的众多党人平反。
刘协（袁隗）准奏，恢复陈蕃等人的爵位，并提拔他们的子孙为官。
董卓亲近周毖（周慎之子），伍琼，原大将军府官员何颙、郑泰也成为其幕僚。
董卓在幕僚们的建议下，亲近士人，征召名士（如：荀爽、韩融、陈纪）入朝为官，其中，蔡邕成为董卓最信任的幕僚。
同时，董卓又选拔大量名士（如：韩馥、刘岱、孔伷、张咨、孔融、应劭、张邈）担任地方太守等要职，甚至不计前嫌，对厌恶自己而弃官而走的袁绍、王匡、鲍信等人授以太守，以示和解。
十月三日，董卓趁着何太后遗体下葬的时候，开启文陵（汉灵帝陵墓）时，使人偷取其中珍宝。
董卓仗着军权的威势，放纵士兵在雒阳城内劫掠富户，搜刮财物，奸**女。
十一月一日，董卓自拜相国，封郿侯，有“入朝不趋，剑履上殿”的特权，自此董卓在朝廷中的权势已经如日中天。
董卓又封自己的母亲为“池阳君”，设置令、丞。
董卓性格残忍，好用刑法立威。侍御史扰龙宗拜见董卓时忘了解除佩剑，董卓借题发挥，下令将其活活打死；又指使人将何太后的母亲舞阳君杀害，甚至将何苗的遗体从坟墓中挖出来肢解扔在园林之中。
大司农周忠的儿子周晖听说雒阳变故，故至雒阳，董卓非常厌恶他，派兵将其劫杀。
张扬、曹操、卫兹等人都在地方招兵买马，试图对抗董卓执政，东郡太守桥瑁甚至伪造三公文书散发到各地州郡政府，陈述董卓罪恶，呼吁各地起兵反董，恢复刘辩的帝位。
初平元年（190年）正月十二日，董卓使弘农王郎中令李儒毒杀刘辩，以断绝桥瑁等反董联军的政治企图。
广陵郡功曹臧洪说服太守张超，联合其兄陈留太守张邈一同举兵，兖州刺史刘岱亦加入，在酸枣举兵，自此关东反董之势如野火燎原。
董卓如此强势如果不是天命所归，如果董卓不残暴，那么天下可能就是他的了……
但是没有如果，董卓终将有一天会败战而亡……至于是谁结束他的生命，那只有等将来才知道。
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