但是伊犁离哈密太远了，为了吞并哈密，东察合台的大汗阿黑麻将首都从伊犁迁到了吐鲁番。
所以明朝的史书上又把东察合台汗国的名字给改了，改叫土鲁番汗国。
哈密国在抵挡一阵后，向明朝求援。
当时的明朝皇帝是嘉靖，这皇上整天忙于炼丹，对哈密这个附属国懒得搭理。
最后哈密王开城向吐鲁番投降，嘉峪关以西的所有羁縻卫所全部被吐鲁番汗国吞并。
在东察合台汗国回光返照之际，吐鲁番大汗有个弟弟叫赛依德，他因为跟他的大汗哥哥有仇，然后就向西逃到了帖木儿后裔，也就是他表哥巴布尔那里避难。
可是没想的是，他刚逃到那里，结果巴布尔统治的国家也朝不保夕了。
当时在中亚兴起了一个叫布哈拉的突厥王朝，这个布哈拉汗国四处扩张，打的周边汗国哭爹喊娘，巴布尔就是哭爹喊娘的其中一份子。
这里的布哈拉人就是现在的乌兹别克人。
在布哈拉汗国的大军压境之下，巴布尔抵挡不住，便跟赛依德说，干脆我们兵分两路跑路算了，我率一路南下，去印度找出路。
你率一路向东，去找你哥，诚心诚意的多磕几个头，让他宽恕你。
赛依德的心里再有十万匹草泥马奔腾也没办法，实在是打不过布哈拉。
最后这俩表兄弟就在极其悲壮的情况下分头找出路去了。
巴布尔南下之后，发现印度阿三真的是一帮垃圾，轻轻松松吊打，于是他也不客气，指挥他的几千残兵败将，直接就把印度当地的土着政权给灭了，建立了印度历史上的莫卧儿王朝。
赛依德向东出发，一开始是抱着乞求他亲哥饶他一命的心态。
结果没想到，赛依德刚刚进入吐鲁番汗国的境内，吐鲁番汗国的喀什地区就叛『乱』了。
于是赛德对着巴依尔送他的几千残兵败将讲，你们都已经是丧家之犬了，难道还怕死么
跟我来，眼前就有一座喀什城，里面有大把的美酒美食和美女，只要你们听我的，拿下喀什，城里面的宝物就都是你们的，因为我是吐鲁番前任大汗的儿子，这座城我是有权继承的
于是在赛依德的刺激下，他带的几千哀兵很快就占领了喀什，并以喀什为基地不断向亲哥进攻。
屡战屡胜，最后居然还建立了叶尔羌汗国。
与他哥哥的吐鲁番汗国分据新疆的东西两部，新疆也进入了叶尔羌和吐鲁番对峙时期。
差不多到了嘉靖中期，赛依德乘吐鲁番与瓦剌开战之机，率兵突袭吐鲁番，结果居然一举灭了吐鲁番汗国，于是新疆进入了叶尔羌汗国独霸时期。
但是叶尔羌汗国的实力很弱，它名义上统治新疆，实际上很多地方都管不到。
中亚的哈萨克汗国瞅准了机会，乘机进入了新疆。漠北草原瓦剌也看准了叶尔羌汗国很弱，有几个部落便进入了新疆的北部地区。
于是新疆西北的哈萨克汗国、新疆北部的瓦剌和硕特部、新疆南部的叶尔羌汗国形成了三足鼎立之势，一直到了明朝灭亡都没有结束这个对峙局面。
在这个时期，新疆没有一天是统一的。
先是察合台汗国分裂，接着帖木儿帝国下克上，反克了东、西察合台汗国。
帖木儿死后，察合台汗国短暂统一了新疆，然后再次分裂，从之中分裂出来叶尔羌汗国再次下克上，灭了吐鲁番汗国。
在叶尔羌和吐鲁番内战期间，瓦剌的和硕特部和哈萨克汗国的势力也进入了西域，双方形成了三足鼎立之势，一直持续到了清朝康熙时期。
最后强调一下，为了避免本书被宗教人士抗议，出动河蟹大神封书，本书不会涉及现今社会还在流传的几大宗教，只会有白莲教这种已经完全消弭的宗教，及草原上的原始信仰。
其实前面的历史背景介绍，也应该是有宗教因素的，我刻意略去了，见谅。
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