正如之前说过的那样，《群星归位之时》的漫画剧情结构较为简单，主角为驾驶着红色敞篷车的年老牛仔或者牧师（外形为粉色皮肤的类人生物），
以及一条小丑鱼。
第一卷至十一卷的内容中，
牧师开车带着小丑鱼，驾驶在核战争废土般的末世公路上，画外音神神叨叨地讲述着火焰对于文明的意义。
两人驾车来到一座《辐射》系列游戏风格的偏远小镇，本来是要用淡水资源，换取汽油，
不料小镇遭遇摩托帮派的袭击，一群人鱼暴徒攻破了城门，大肆杀戮。
穿着风衣、戴着帽子、嘴里叼着雪茄的牧师，一边念着神圣典籍的经文，一边用两把左轮手枪、匕首飞刀以及自己的拳头，爆锤了所有的人鱼暴徒，
牧师谢绝了小镇镇长免费提供的珍贵汽油，坚持用淡水进行交换，带着小丑鱼继续踏上旅途。
这个世界原本也很繁华发达，然而能源的匮乏引发了战争，核武器之下，文明灰飞烟灭，少量居民在零星定居点中艰难求生，野外到处都是基因变异的怪物与变种人类、奴隶贩卖集团。
牧师一直在找寻传说中能够提供无限能量、恢复末日秩序的“星辰”，
两“人”在旅程中，遭遇了种种危险，见到了人性的善良与丑恶，对于彼此也越发了解，
在第八卷中，牧师终于找到了星辰的线索，来到朋友家中，将亦子亦友的小丑鱼托付给了朋友的机器电脑亡妻，得到武器装备后，独自踏上寻找星辰的征程。
他来到了一处建立于核战争之前的、倒金字塔形状的地下军事基地，迎战里面奇形怪状的变异怪物，终于在研究中心发现了星辰的资料。
原来，压根就没有什么能提供无限能量的星辰，“星辰”只是上个时代，军事强国的一个科研项目——探索生物在一颗异星陨石辐射下的变异潜力。
地下基地的那些可憎生物，以及地表附近的变异怪物，全都是异星陨石辐射的结果。
深受重伤的牧师遭受严重打击，被畸变怪物围在封闭实验室中，丧失了斗争的希望，
然而小丑鱼带着武器装备，率领旅途中接受过牧师帮助的地表居民，赶到了这里，救出了牧师。
众人在畸变怪物围追堵截下，且战且退，最终来到了军事基地的最下层，见到了所谓的“异星陨石”，一块放置在深坑当中、刻有未知文字的巨型石碑。
第十二卷的结局中，
众人被畸变怪物困在地下，
本来要摧毁石碑的牧师，按照上个时代的实验记录，手动激活石碑，
在与小丑鱼进行最后的道别之后，牧师走进了石碑辐射的笼罩范围，产生了不可逆转的变异，变为某种难以名状的巨型生命体，
杀死地下基地畸变怪物的同时，也将众人带出了地表。
“琥珀状能源，并非矿产资源，而是生物能源。”
虫巢领主朝荒狮低声说道：“你所连接着的，也并非原生神只，
而是一头基因极度变异、能够产出无限能源、在千万年间接受失落世界原住民信仰崇拜、自发产生神力的普通海星。”
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