他再次给朱由校上疏：
……前哨已置连山大凌河，速畀臣饷二十四万，则功可立奏。
这个折子到了京城，在京城的相关官员也很快就知道了。在这些京官当中，有一个叫郭兴治的正准备弹劾孙承宗，这下有由头了，竟然在朝中讨论起孙承宗的去留的问题来。
这位郭兴治官职是兵部给事中，其职责是稽察兵部百司之事，辅助皇上处理政务，并监察兵部，纠弹官吏。
郭兴治了解到，在辽东，竟然有许多领兵的经略、总督、总兵等武将，与朝廷派去监军的巡按御史等文臣，狼狈为奸，合谋冒领、侵吞、克扣、贪污巨额兵饷，致使前线官兵怨声载道。
他认为，辽东防务根本就用不到二十四万之巨，孙承宗狮子大开口，就是为了侵吞和贪污。
东林党人原本指望孙承宗能够站在他们这边，以助东林党打压魏忠贤，没成想他却与魏忠贤苟合在一起，所以，当郭兴治请求朝中大臣讨论孙承宗的去留问题时，东林党人兴风作浪，一窝蜂地弹劾起孙承宗来。
文官方面只有吏部尚书崔景荣在支持孙承宗，魏忠贤投桃报李地在朱由校面前全力支持孙承宗，这才使孙承宗能够继续督师辽东。
虽然朱由校没有罢免孙承宗，却让他精兵简将，减少军饷。
孙承宗不得不将驻守在锦州、大小凌河、松山、杏山、石屯等地的军队裁剪一万七千余，并罢免了尤世禄、王世钦、李秉诚、孙谏诸将，为朝廷开源节流六十八万两白银。
这个所谓的开源节流，其实就是以削弱明军实力为代价的。郭兴治做了这件祸国殃民的“大事”后，他还没算完，又开始弹劾袁方贪污公款。
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