他回到长安后，先将傀儡皇帝李继玄身边的宦官都换了一通，继续任命徐宾为中书令、岑参为侍中，并且命令二人着手开始进行秋闱科考，选拔天下人才为用。
科举开始的同时武举也在紧锣密鼓的准备中，自武后开设武举以来，武举考试为大唐社稷选拔了许多优秀将领，其中最为出名的便是郭子仪。李嗣业决定在此基础上开设长安军事学院，与国子监地政治地位想等。他将选拔合格的武举投入学院之中，进行为期限为五年的军事学习，为军中培养能征善战的干才。
军事学院的山长，他决定请李光弼出山担任，学员们学习排兵布阵和军事理论，三年齐满后可在军中实习，等实习期满后可获得官职，一般为校尉和中郎将，之后再根据战功和表现擢升。
为了解决节度使权柄过大的问题，李嗣业开始着手进行军队的改制，改变二一制为三三制，军中基本单位为什、队、旅、团、营、都、军，一什的人数为十五，三什为一队，如此类推一军的人数为一万两千多人。节度使不再直接掌管军队，而开始负责地方管理，军使由朝中直接任命。
他将朝廷自上而下设立参谋体系，在中书省和门下省之外设立了参谋台，任命李光弼为参谋侍中，下属的参谋成员总共六七人。各边镇设立参谋部，治下的军使调动和地方军队将领提拔由参谋部决定，节度使不再参与军中的事务。
他把所有的规划通过皇帝的圣旨下达到地方各边镇，消息传出舆论一片哗然，雍王终于要对边镇下手了。河西北庭安西是他的旧有势力，对于雍王的决议自然是大力支持。河东节度使本来由河东内部将领控制，但经过一系列的运作之后，河东节度使已由阿史那·啜律担任，河东内部的高层将领也换了一批，对于这件事情也没有异议。
幽燕节度使如今是李崇豹，由于李嗣业对河北等地的军队进行了分化安置，幽燕的所有权力都集中在李崇豹手上，只要儿子没意见，别的人也不必有什么怨言。
北都幽州留守薛嵩主动找到李崇豹问他：“二公子，主公要削去节度使的兵权，不知你怎么看？”
“我能怎么看？”李崇豹笑道：“削节度使兵权是迟早要做的事情，父亲年纪也不小了，他提前这么做，无非是给继任者扫清障碍，我身为儿子，自然要举双手赞成。”
薛嵩嘴角溢出微笑叉手道：“公子能想到主公的心里确实是仁孝，不过，公子刚刚也说了，主公年事已高，还能够维持多长时间？从现在的形势来看，继承他位置的必然是李旭。您半辈子跟着主公南征北战，到头来无法继承大业，难道连兵权也要拱手让给弟弟吗？”
李崇豹陷入了思索，薛嵩说得没错，先前他还抱着期望认为父亲会将大位传给他，但是经过这么长时间，他只能看着弟弟李旭身处长安坐拥御林军，能够留在父亲身边得到谆谆教诲，这让他的心底产生了强烈的不平衡感。
他心中有些不情愿了，但不知该不该违逆父亲，只能求问身边的薛嵩：“但这是父亲的旨意，我如何能够违背？”
薛嵩给他出主意道：“主公对公子你爱护有加，他削弱节度使兵权，是针对那些外姓将领。你是他的儿子，削弱你也只是向外人表示他一视同仁而已。公子可以向主公进言，表示幽燕可以特殊对待，不必接受军队内部的编制改变，也不要派什么参谋部过来。”
李崇豹也许是对眼前的事情看不清楚，竟然听信了薛嵩的忽悠，给父亲李嗣业写了一封信，表明出自己对削去藩镇兵权一些不切实际的想法。
收到信的李嗣业十分生气，他没想到削去节度使兵权最大的阻力竟然来自自己的儿子，他立刻派人去信，把李崇豹大骂了一通说他不知大体。
李崇豹自然诚惶诚恐，连忙向父亲认错，将乱出馊主意的薛嵩给骂了几句，又把麾下的兵力经过重组成为了十三个军，并且将军队移交给了长安派来的参谋部。
整个北方如陇右，朔方等镇都对削去节度使兵权表示接受，李嗣业从长安派去的参谋很好地接收了兵权，只有蜀中的剑南节度使发生了些许意外。
剑南节度使崔宁、崔密兄弟掌控着成都城和城内的团结营，按照李嗣业的规定，团结营会被一分为二，崔密只能担任其中一军的军使，剑南节度使也不再管理蜀中的各军，只管各州刺史。军官的选拔任命军队调动都由长安派来的参谋部说了算。
派往蜀中的参谋部一共五人，房琯在其中担任参谋长，崔宁不愿意手中的权力被剥夺，命心腹将路途中的参谋部五人全部扣留在剑门以北的栈道驿站，但他不敢将事情做绝，害怕李嗣业怒火发作率大军来攻，只将进入剑阁的沿途栈道给烧毁，继续自我封闭，妄图在蜀中一家独大。
崔宁敢这么做是经过深思熟虑的，他也非常了解如今的形势，李嗣业的主要力量都放在长江沿岸和襄阳地区，无法兼顾蜀中，对于蜀中的消息也不会太关注。他把这些所谓的参谋全部扣留在蜀道上，加紧力量准备完全控制蜀中，等清除掉郭英义兄弟等反对派之后，就可以一家独大形成国中之国，甚至可以和李豫的南唐政权相互联合共同抗衡李嗣业。
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