—Coulson的死亡使得众人放下了矛盾与争执，联手对抗洛基。随后双方在纽约大战，Chitauri大军入侵地球，复仇者联盟集体应敌。
－复仇者联盟战况不利，安全理事会最终下令发射核弹，托尼拼死将核弹送出地球。黑寡妇用心灵权杖关闭了Chitauri进入地球的通道。（Malick家族的内容会在之后补充）
—Thor将宇宙魔方和洛基一起带回Asgard。
—纽约大战后的托尼精神始终处于高度紧张的状态，几乎无法离开战甲生活。
—2013年，研究大有所成的Killian带领他的团队开始资助十戒帮并伪造出超级恐怖分子满大人，利用他制造了大量恐怖事件与恐怖袭击。
—连续不断的恐怖袭击后，托尼公布了自己的住址并向满大人宣战，基连的团队将托尼住宅夷为平地。小辣椒依靠战甲保护玛雅汉森离开，托尼依靠Mark42死战逃脱。
—汉森把小辣椒交给了Killian，后者开始并对她进行绝境改造。
—美国总统忍无可忍派出钢铁爱国者（战争机器）抓捕满大人，结果被Killian设计将他抓获。
—潜入满大人所在地的托尼发现了满大人的真相，但被Killian的手下囚禁。汉森良心发现希望释放托尼，被Killian杀害。
—Killian手下利用战甲欺骗了美国总统，并将其绑架。
—Mark42前来营救托尼，并顺利将罗德一并救出。
—托尼与罗德潜入Killian基地营救小辣椒与美国总统（Killian正打算全美直播杀害总统）。托尼召唤出全体钢铁侠战甲抗敌。
—罗德顺利救下美国总统，重新获得战甲并带总统离开。
—托尼与钢铁侠军团力战Killian，最后在小辣椒的帮助下消灭Killian。同时，托尼引爆了所有的战甲，为小辣椒庆祝圣诞节。
—托尼用手术去除了小辣椒体内的绝境病毒，同时也对自己进行了手术。之后的托尼不再需要反应堆维持自己的生命。
—托尼将这一段经历讲述给了班纳博士。
—2013年，在Fury的授意下，梅与希尔帮助复活的科尔森组建了一只特别队伍，其中包括了新晋七级特工沃德，五级特工西蒙斯与菲兹。梅按照Fury的指示，定期通过加密线路想她汇报科尔森的情况。
—被加勒特以当年绝境病毒为蓝本开发出来的Deathlok战士（蜈蚣病毒）Peterson现身。此后Deathlok被加勒特的手下持续改造（但在儿子被安全救出后，Peterson攻击了加勒特并开始为神盾局效力）。
－Coulson招募Skye加入队伍。
—罪孽深重的洛基被Odin囚禁。
—在Thor，Sif以及WarriorsThree的征战下，九大宇宙在彩虹桥被破坏之后第一次恢复和平。
－2013年，以太粒子进入简的体内。同时，唤醒了沉睡中的黑暗精灵。Malekith意图夺回以太粒子，重新将宇宙带回黑暗世界的时代。
—索尔将简带回Asgard寻求治疗，以求除去她体内的以太粒子。
—在强力战士阿格姆的卧底配合下，黑暗精灵大举进攻Asgard，意图抢夺简体内的以太粒子。Odin的皇后Frigga为了保护简而牺牲。Odin丧失理智要与黑暗精灵死战。
—为了替母亲报仇，同时拯救简，雷神与洛基一起带着简前往黑暗世界。二人成功上演苦肉计，以太粒子离开了简的体内，但并未被摧毁。洛基被杀。
—雷神和简回到地球，在塞尔维格博士的帮助下找到了“九大国度”成一线的中心点，黑暗精灵也已经达到。在重力空间转换仪器的作用下，雷神与黑暗精灵大战，最终取胜。
—雷神回到Asgard接受惩罚，表示愿意放弃皇位去地球陪伴简。得到了Odin的许可。但其实Odin是洛基幻化而成。
—以太粒子被交给收藏家蒂万处保管。仙宫选择保存下宇宙魔方。
—神盾局特工前往格林威治整理索尔战斗后的残骸，并接到一起报案。
—狂暴战士（兰道夫教授）留下的手杖（一部分）被狂热宗教分子找到，他们企图找到完整的武器。被神盾局及时阻止。
—Sif为了抓捕Lorelei来到地球，在神盾局的帮助下Sif顺利完成任务。
—神盾局在不停调查千里眼以及蜈蚣计划。神盾局总部汉德，Sitwell以及布莱克前往支援并了解科尔森的情况。
—在追捕千里眼过程中，布莱克受重伤被救回。Sitwell接到总部的通知让他前往雷姆利亚星执行任务（其实是收到命令去研究之行Zola博士的算法）
—2014年，美国队长在跑步时结识了猎鹰。
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