主持者下令切断动力系统，信号被拒绝接受。
JA开始变的无法控制它踩碎了指挥中心的屋顶一路朝着前方走去。
美里向NERV放松冷清秋紧急地将碇真嗣和初号机运送到现场。
同时美里本人也换上作战服，他准备前往JA内部手动将其停止。
主持者告诉美里，停止持续的密码就是希望。
初号机抓住美里，和追上了行进的JA并且顺利将美里送入JA内部。
之后初号机来到JA面前拦住她。
但是在输入密码程序以后却提示错误，美里面意识到程序已经被人改动过了。
动力堆距离临界点还差一点，美里决定放手一搏手动使用了控制棒。
最后危机解除。
碇真嗣说她创造奇迹。
但是美里说奇迹是早就准备好的。
美里带着碇真嗣和阿东等人来到上面，之后他们遇到了EVA二号机的驾驶员明日香。
美里早就认识她，并介绍给了碇真嗣。
这次任务就是护送EVA回到D市，舰长有些琼爱不起EVA称为人偶偶并且拒绝蓝卡请求。
这个时候一个叫阿良的人走了进来。
原来阿良是美里的前男友，他的任务是陪伴明日香一起回去。
明日香找到碇真嗣，带他穿了红色的二号机。
她成零号机和出号只是原型机和实验机体，二号机才是为石渣能制造但
这个时候又有试图来袭，舰长组织反击，但是常规武器无效。
明日香带着碇真嗣换上了自已的作战服。
要求他陪伴自已一起进入，试图从水下攻击过来，而此时二号机只可以支持一分钟。
明日香跳到外面接通电源然后掏出离子刀，使徒将二号机拖入水中。
二号机失去了目标。
拖入使徒又出现了，二号机的装备在水下行动受到限制。
美里请求战舰沉入孩璃，如同宫钓鱼意义昂，链接在EVA身上的缆绳开始回收。
战列舰和使徒越来越近，明日香和碇真嗣合作，总算消灭了使徒。
大家回到了D市，明日香转到了碇真嗣所在的班级。
和他成为了同班同学，她迅速的成为了焦点，每天都受到大量的情书。
碇真嗣带着她找到绫波丽。
明日香告诉绫波丽为了以后行动方便要和她好好相处。
而绫波丽回答，如果是命令的话就照做。
明日香有点尴尬。
这时候在海边又初夏那俩使徒，碇真嗣和明日香来到海边准备作战，使徒从海底冲浪出来。
明日香让碇真嗣做掩护自已冲向了使徒，将骑皮城来帮结果使徒击败了俩名EVA。
N2地雷融合了使徒的一部分位置。
美里说要俩天合作一起进行攻击，来人开始协调训练，只剩下聊天训练。
最后发现碇真嗣和绫波丽配合很好。
明日香明白了什么某天美里外出屋里只剩下碇真嗣和明日香。
但是迷糊的他意外睡到了明日香房间。
结果却听到这样。
碇真嗣一边睡到了地步上，随着时间推移俩人的配合很好。
很快使徒修复成功，卷土重来。
这个时候初号机和二号机已经和之前大不相同。
碇真嗣和明日香伴随着练习的隐约对使徒展开进攻，最后在默契的配合中击败了这个。
同学们开始了良心，而明日香和碇真嗣要留下备战。
美里建议啦IG人趁着这个机会补下平时落下的功课。
三个适合这来永远吃有用，碇真嗣却在做物理体能木。
明日香觉得碇真嗣很无趣。
此时尚未成型的使徒在地下发现。
赤木告诉碇真嗣，这次计划是捕捉使徒，一旦捕捉失败就要立即歼灭。
作战这是明日香的二号机，随后他们投入了容颜中。
随着深入不断，她发现了这个，但是在上升一般以后使徒立刻成长使徒充了过来，但是二号机没有武器。
增时候明日香将所有的东西跑在上面，明日香抓胡机会消灭了了塔
但是二号机向着下面陈过去，明日香感觉自已要死了，黄昏中碇真嗣的初号机蜡烛了明日香救出了他。
在据点有三台超级电脑是由三个系统构成，而最终决意的来自三个电脑的民族决定。
零号机开始了第二次运转延长实验，这个时候突然停电备用电源都不行。
美里和阿亮被困在电梯。
美里告诉阿亮，在据点有三个备用的电力系统。
同时断电不可能除非是被人为切断。
碇真嗣一行人来到总部发现刷卡并咩有效果。
有线点阿虎也无法使用而这个时候使徒从海上登录，碇真嗣一行人顺着通风管道朝着地下爬去。
此时碇真嗣命令手下手动做到这个。
明日香责怪碇真嗣偷看自已，随后来人从上面摔下来，正好落在了EVA的准备室。
而后来人遭到了使徒攻击，使徒开始直接入侵。
EVA只有三分钟了，明日香给大家分工以后明日香自告奋勇担当风语者。
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