战斗过后二号机和零号机都受到了重创，要很长时间回复。
超级计算机建议大家一起转移到过去的据点。
此时初号机停止了行动，碇真嗣还在初号机里面排除新号被拒绝。
这个时候场来了内部影响，里面居然是空的。
赤木说碇真嗣被吞噬了，她说EVA不是单纯的复制品其中有着人类的十香。
美里让赤木想办法拯救碇真嗣。
赤木告诉美里碇真嗣失去自我意识，以量子状态漂流在里面。
变成了肉眼无法砍价你的昨天，而这里也将变成这个其中包括灵魂。
鹰就机会变成促成了肉体字啊恒。
赤木拿出几乎书，这是十年前的原件。原来EVA制造都是会后就有这样的事情。
鹰就计划开始，但是很快就失败。
紧跟着门打开，碇真嗣的作战服有了，美过去抱着作战服哭了起来。
父亲在担心碇真嗣是否还可以活下去。
母亲说只要活下去就可获得幸福。
据点的冬月被绑架了，阿亮被认为是主谋。
由于阿亮和美里的特殊关系，情报科找到了美里带走了她。
东月被带到另外一个势力那里，老人们以为石碑形式和他见面。
黑暗中，冬月听到有了喊他老师于是回忆起以前发生的的事情。
当年冬月是一名教授，当时他所在的学校有一个名字叫阿维的学生。
要毕业了冬月询问阿维以后的算是就职还是继续做研究。
阿维说若果有合适的人，自已会考虑但一名家庭主妇。
而后东月受委托保释了一个名字叫阿渡的人。
冬月似乎不是很喜欢他，但是没想到他居然是阿维的男友。
东月觉得阿渡的目的不承担，也许就是为了接近背后的势力。
第二次冲击后，冬月又一次见到阿渡，他告诉冬月自已和阿外户结婚了。
美里面被囚禁起来，冬月响起当年第二冲击是陨落石冲击导致的。
但是真相不是这样，但是他开始调查问起了阿渡这件事情，来到地下看到了新世界。
但是看到茨木的母亲，参观了EVA的存在。
之后阿渡邀请冬月加入自已的研究。
茨木回忆起了自已大学的时候和美里在一起的时光。
那个时候美里经常翘课，原来美里在和男朋友校外同居，男朋友就是阿亮。
小时候的碇真嗣被母亲带到基地。冬月说孩子不应该来这里。
母亲说应该让孩子看一看光明的未来。
没想到这是母亲在世的最后一句话
在随后，发生率意外，母亲离开了这个世界。
母亲去世以后，阿渡发起了补完计划。
而一只喜欢阿渡的直子博士似乎找到了机会。
长大以后的赤木，加入了据点成为E计划的参加者。
阿渡将绫波丽带到了禁断in。
一只和阿渡有暧昧关系发现凌波和阿外很想。
超级计算机研究成功，赤木告诉母清美里也加入了据点。
而阿亮分到了别的地方俩人分手了。
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