第二提倡求真务实、实学实用。
尽管东林书院和我国古代其他书院一样，讲学和学术研究的主要内容也是儒家经史着述，但其不论在内容上、形式上和方法上都针对性、实用性较强，强调从实际出发，注重讲实学，办实事，有实用，求实益。
这一点在东林书院的组织管理、规章制度、讲学和学术研究的内容、方法，以及关于东林讲学活动情况和顾宪成、高攀龙等东林领袖生平言行的记载中，都有比较清楚的反映。
诸如：《东林书院会约仪式》第一条强调，会讲属业余自愿性质，所以参加会讲的通知不必要求每个人都来参加。第三条规定，举行会讲时，主持会讲的会主由大小会公推产生，根据实际需要，由不同学者担任；第四条规定，每次会讲推举一人讲《大学》、《论语》、《中庸》、《孟子》即“四书”中的一段内容，然后大家“有问则问，有商量则商量”。第十一条强调要尽量简化来与会的学人之间的交拜手续，不搞繁琐的礼节和形式主义。
东林党的政治主张是开放言路，反对宦官干政，反对矿税，是东林党的三项具体主张。
明朝中期以后，江南地区的商品经济和工场手工业更加发展。在一些工商业发达的城市，商人、作坊主、手工匠以及其他城市平民，开始形成为一支新的社会力量，给当时的社会矛盾和斗争带来了新的影响。
东林党就有不少人是中小地主兼营工商的。他们有的人突破了传统的农为国本的经济思想，提出了工商皆本的新观点。
如赵南星说：“士农工商，生人之本业。”李应升反对关卡重重、商税繁多，要求执政者“爱商恤民，上不妨工而下利于途（指贩运）”。
由于东林党人开放言路指责朝政，触动熹宗时专权的大太监魏忠贤，魏忠贤开馆纂修《三朝要典》，在霍维华的基础上纂辑万历、泰昌、天启三朝有关梃击案、红丸案、移宫案三大案的档案资料，打击东林党，同时造编《东林点将录》等文件上报朝廷，1625年（天启五年），明熹宗下诏，烧毁全国书院。
次年，东林书院被拆毁。东林党人也遭到打击，杨涟、左光斗等许多着名的东林党人都遭到魏忠贤及其党羽的杀害。有“东林六君子”“东林七君子”之说。
1627年（天启七年），崇祯帝即位，魏忠贤被贬南直隶凤阳府看守皇陵，后魏忠贤畏罪自杀，阉党成员被革职下狱乃至处死，自此，阉党集团被彻底剿灭。正因如此，东林党人余人才免遭打击。
1629年（崇祯二年），崇祯皇帝下令为遭到迫害的东林党人恢复名誉，并下诏修复东林书院。
东林党人号称“清流”，影响着天下的舆论。上述皇位继承权之争和京察之争，都是统治阶级内部的权力之争。但是，这并不能掩没东林党人在这些斗争中力图革新朝政、反对统治集团中最反动腐朽势力的进步作用。
由于东林党人威胁到其他非东林党人的利益，许多非东林党的官员为自保也纷纷以地域为单位，以高官为领袖，结成帮派，一时朝中宣党、浙党、楚党、齐党林立，他们联合起来打击东林党人。
斗争由原来的阁部之争和门户之争逐渐演变为党派斗争，规模进一步升级，性质更加严重，影响也更加恶劣，明代政争急剧恶化，进入一个前所未有的新时代。
东林党人代表了当时江浙商人和地主豪强的利益，反对朝廷向工商业者收税，并借着崇祯帝清除魏忠贤势力的时机，取消或降低了海外贸易税、矿税、盐税、茶叶税等税种的税负，使得明末的财政收入来源更加单一，朝廷的税收来源更加依赖于普通的农民，再加上当时各种天灾不断，造成了大量农民破产，形成大量流民，直接导致了明末的农民大起义。
刘志琴《我敬仰东林党又痛其愚顽》：“东林党这一批人是道德理想主义的殉道者，他们身体力行，鞠躬尽瘁，为晚明王朝的整体利益献身亡命，蒙冤受屈。
然而他们又滞留在理想化的境界，在实践中表现为无能又无奈，软弱，退缩，麻木不仁，直至遭受灭顶之灾。”
邱以宁《风雨如晦，鸡鸣不已：从文化角度看晚明东林党人》认为：“东林党人在时局动荡之际，能够以道自任，致力于社会道德文化秩序和政治法律秩序的重建，知行合一”。
“其人格精神是永远值得人们赞扬，钦佩的；但是在现实的经验操作过程中，东林党壁垒森严的门户之见，以及……意气用事，挑起了晚明剧烈的党争，既给自身带来了毁灭性的打击，也给国家、民族造成巨大的负面影响。”
葛荃《论政治思维定势与东林党人的困境》认为：东林党人“‘党见'太深，壁垒过严，以致树敌过多”。
如果从文化心理的角度来分析其主观原因，那么，应该说，这是他们在承传先秦以来儒家文化的过程中积淀而成的“‘非此即彼'的认知模式”和“‘善恶两分'的绝对化政治思维定势”造成的。
但他们“代表了儒家文化传统的正宗，在政治行为上，他们是清官和忠臣的典型”，是“士大夫的正面形象”。
他在《立命与忠诚：士人政治精神的典型分析》一书中又说：“东林人士是君主政治的殉道者，他们是中国古代士大夫群体中最有品性与性格的杰出之士，故而青史留名”，“铸就民族的史诗总也离不开个体生命的壮烈，东林罹难诸公的‘曾经出席'，使得中华史诗的这一阕哀婉动人，荡气回肠，萦绕千古！”
其实吧，也就是说，东林党人虽然提出了正确的理念，但是却没有做到，同时在保护自己的利益的时候破坏了国家的利益。
这也就是东林党毁誉参半的原因，这也是为什么有人认为是东林党要对大明灭亡负责。
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