直到杨嗣昌剿张献忠失败自杀后，朝廷才赠卢象升太子少师、兵部尚书，赐祭葬，南明福王时，追谥忠烈，建祠奉祀。
不仅如此，杨嗣昌还和孙传庭有矛盾，崇祯十一年（1638年）八月，多尔衮、岳托率清兵分路从墙子岭（今密云东北）、青山口（今迁西东北）入长城，明京师戒严。
督各路入京勤王之兵的总督卢象升在巨鹿阵亡。明廷遂召孙传庭、洪承畴主持京师防守，升孙传庭为兵部右待郎兼右佥都御史，指挥各路援军。
孙传庭抵达京郊后，由于他和主和派的杨嗣昌及中官高起潜矛盾颇深，崇祯帝降旨不准他入京朝见，而洪承畴则在京郊受到慰劳，并奉旨进殿拜见崇祯帝。
孙传庭对此不平待遇自然大为不满。杨嗣昌任洪承畴为蓟辽总督，并主张将陕西军全部留下，用于守卫蓟辽。孙传庭对此极力反对，认为“秦军不可留也。留则贼势张，无益于边，是代贼撤兵也。”杨嗣昌对孙传庭的意见置之不理，孙传庭对此不胜忧郁重重，以致耳聋。
崇祯十二年（1639年），朝廷调孙传庭总督保定、山东、河南军务，孙传庭立即上疏请见皇帝，但因杨嗣昌的百般阻挠而未成。孙传庭心中愠怒，引病告休。
但杨嗣昌仍不放过，言孙传庭称病乃推托之举。崇祯帝大怒，将孙传庭贬为平民后，又将其禁囚，以待判决。
可以说杨嗣昌虽然有点才能，但是此人无德且软弱，破坏了明廷最后的希望，不仅坑死了卢象升，同时也害的孙传庭被关进监狱，导致大好的局面崩坏。
在洪承畴调任蓟辽总督，孙传庭下狱之后，被打的只剩下十八骑的李自成来年进入河南，拉起百万大军，开始了灭亡大明的征途。
如同历史一样，崇祯刚启用杨嗣昌，就得到了满清被灭的消息。
杨嗣昌当即就和崇祯说，秘密的与刘元昭议和。崇祯对此有些犹豫不决，事情就搁置下来了。
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