同时，为了进一步贯彻‘政教分离’的原则，宁祖毅还向皇帝请旨，将达赖和班禅都请到了南京进行讲佛，然后便开始对当地的宗教进行清理，所有的违规寺庙一应都被查封，而后强令大量的违规僧人还俗。
在做完前面初步工作之后，宁祖毅很快便敏锐地察觉到了藏地的寺院教育问题，他基于当前农奴多不识藏文又不识汉字的现状，提出了兴学计划，准备在藏地各府各县广设汉文学堂，并且推行了奖励政策，使得当地的藏民能够通读汉文，实现文化同一。
“西藏内属二百余年，语言不相通，办事致形隔膜，汉番时相仇视，如今欲求救亡之法，唯有兴学通智，凡藏地幼童均皆许就学，延用邻省教习，语言易通，选用浅近课本，教其识字谈话之音，造句成章之法，期渐归同化。”
在回复皇帝的奏折中，宁祖毅特意写了这么一段文字，“士农工商，各有学问，藏地百姓当致学务本，亟图自强。凡天文、地理、机器、工艺、商业、农业、算学、兵刑、钱谷、水利、矿务、一切经典史书，皆要学习.......”
时值冬月，一摞摞记载着宁祖毅心血的奏折从拉萨发出，而到了这个时候，宁祖毅抵达藏地却不过两月，便以初收成效，而这一功绩也正好坚定了宁渝的一个想法，即他要重新再走一遍始皇帝之路。
“书同文，车同轨，度同制，行同伦，地同域。”
“春秋所以大一统者，六合同风，九州共贯也。”
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