白刚刚登场时带着雾隐村暗部的面具，要多酷有多酷。后来我们得知卡卡西曾当过暗部队长，再后来我们得知鼬神也当过暗部，立马让人觉得暗部都是卡卡西级别的忍者。同时，白隶属暗部追杀部队，伊比喜隶属暗部拷问部队。如此多的精英忍者，如此复杂的组织架构，暗部本该在作品中有很大的发挥空间。作为执行特殊任务、秘密任务的部队，完全可以借助暗部的戏份来交代各国隐秘的政治和历史。但事实上呢？中忍考试之后暗部还有丁点的戏份吗？
2.从前的设定被推翻：查克拉量有限、五种遁术相辅相克等等第一部中的卡卡西是一个近乎完美的存在，忍、体、幻、贤都是出场人物中的翘楚，唯一的缺点就是查克拉量较少。但动不动就累趴下的缺点并没有降低他的人气，反而使卡卡西的形象更真实更合理。同样由于查克拉量有限，佐助、鹿丸的术都无法持续释放。这是一条最重要的设定，它使火影人物不会无限膨胀，掌握强大忍术的忍者并不会强到无解，一旦查克拉用尽弱小的一方就有翻盘的可能。为了在战斗中补充查克拉，岸本还设计了类似《龙珠》中仙豆作用的兵粮丸。虽然作用不大，但为当时只是下忍的主角团能持续作战提供了剧情合理性上的支撑。但是，自从疾风传开始，你见过主角或反派有谁查克拉不够用吗？鸣人体内有九尾从来只会暴走绝不会查克拉不够用，小樱学会百豪之术后查克拉也源源不断，晓组织人人变态，秽土出来的死人原本就查克拉无限，boss级的带土、斑、辉夜姬压根儿就没考虑过节约查克拉啥的。连一天只能用两次千鸟的卡卡西在忍界大战中都能随便出招，我都不想去数了。其他路人甲乙丙丁力量用完后只要鸣人一摸、小樱一治疗就满血复活。兵粮丸？谁还需要。
卡卡西带领鹿丸小组击杀不死二组一役中，岸本用平行叙事的方式通过大和之口第一次介绍了忍者世界五种遁术体系。这一设定的灵感明显受《猎人》中念力体系的启发，连试纸检测属性都直接照搬过来。之所以不算抄袭，盖因借鉴了中国阴阳五行理论，因此火影的这一体系更完整更有说服力。五大体系各有优劣、相辅相克的设定起到了平衡实力的作用。相克就意味着纵使某人能将一种体系锻炼到极致也未必就能打遍天下，卡卡西能击杀强自己好几倍的角都，佐助完克迪达拉，凭的均不是压倒性的实力而是纯粹的属性相克。而相辅则为团队配合提供各种可能性，自来也的油火组合技、大和队长与鸣人的水风组合技、鸣人佐助的风火组合技，使战斗变得更丰富更难预测。但是岸本却在后期莫名地引入阴阳遁和血继网罗的概念，而阴阳遁和血继网罗不仅不在系统内，而且还高于五大忍术体系，于是掌握了这两者的人几乎无视忍术的攻击。如此一来第四次忍界大战就再也看不到基于忍术相辅相克而制定的战术和配合。岸本直到634话才想起来让鸣人的风遁与佐助的火遁配合了一下，当然，面对由阴阳遁创造出来的十尾是毫无用处的。当查克拉用之不竭，当忍者不再结印发动忍术，《火影》便放弃了忍者的标签。这等同于星矢不再爆发小宇宙，孙悟空不再发动气，剑心扔掉了刀。评论区中知友风吟说的好：“自来也与佩恩的那场战斗是五行忍术最后的辉煌，而螺旋手里剑就是五行忍术的挽歌。”
3.设定不合理：秽土转生，白绝等等秽土转生是《火影》第一部最酷炫的大招。复活、召唤亡灵之类的技能在动漫中屡见不鲜。岸本崇拜的《龙珠》就是靠死了活、活了死来推动剧情，死了还能在阴间修炼等着被复活，地球龙珠不够cd一个瞬移去那美克星就成。当时的读者之所以不觉得这样反复复活很无赖，是因为悟空的对手每次都比他强太多太多。但《火影》中，首先只有顶尖高手才能掌握这招，其次值得用这招复活的基本都是比使用者更强的、传说级的高手。照此逻辑，需要用到这招的来对付的人应该是个使用者自身无法战胜，必须召唤强大亡灵来对战的人。以《龙珠》为例，除了纯粹的为了复活同伴，为了战斗而召唤逝者的情况有：占卜婆婆召唤孙悟饭对付小悟空，阎王特赦贝吉塔对战原始布欧，都属于对手太强大而召唤。反观《火影》，中忍考试时期的大蛇丸对战三代即使不用秽土转生也是五五开的局面；忍界大战期间带土的计划中原本就没有考虑秽土战力，他有自信凭白绝和尾兽坚持到十尾完成。在整个大战期间，秽土转生的作用就只有拖延剧情，除了召唤宇智波斑挽回倒向联军一边的战局外，其他的秽土人物对战局的深入毫无帮助。除了对剧情的作用不合理外，秽土转生之术本身也有很多用火影世界的理论说不通的地方。例如秽土出来的人的查克拉源自何处？既不可能是施术者（兜的精只有6，即使得了大蛇丸的力量也不可能给那么多死人提供查克拉），更不可能是祭品（初代、二代的祭品是两个音忍）。再例如秽土出来的鬼灯满月的通灵卷轴哪儿来的？再不斩被秽土出来后哪儿来的大刀？半藏肚子里的毒囊哪儿来的？再再例如秽土出来的忍者为何能使用生前的血迹界限？根据五种遁术体系的设定，血继界限是组合多种属性查克拉创造出新属性的能力，只能通过遗传获得，那么以祭品的肉体和死者的灵魂构成的秽土转生为何能发动血继呢？再再再例如由兜秽土出来的人柱力为何能被带土改造？插了黑棒后会不会自动修复？到底是兜在控制还是带土在控制？
第四次忍界大战中比秽土转生更不合理的设定就是白绝。作为初代细胞的复制品，疾风传里白绝的蜉蝣之术、吃尸体、记录战斗过程、孢子之术、复指查克拉，各种神秘各种牛逼，和黑绝一唱一和各种逗逼。到了忍界大战被量产之后不仅分不出哪个是本体，连招数也没了，只会打开肋骨吸查克拉、变个身杀龙套，拖拖剧情，太low。除以上外，死神、言灵等设定都是令人莫名的东西，不一一展开。
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