宗教裁判所（TheInquistion）并非西班牙首创，其初始用意也不是施行宗教与社会恐怖。“inquisition“这个词的意思很简单，即“官方、司法审讯”，在此语境下，宗教裁判所意指罗马天主教会对可能的异端行为进行审讯。
不过此时宗教裁判所并无意，事实上也的确没有权力对受审嫌疑人进行肉体残害。对异端的标准惩罚是侮辱性的苦行，比如被迫去某一圣地朝圣，或在长袍上缝上一个“十”字。只要受罚之人矫正了罪愆，且做了适当的自我惩罚，耻辱便得到了洗刷，他们会重新被教会接纳。只有在极少数情况下，即异端者拒绝承认他们的错误，或继续坚持传播异端邪说时，才会将他们交由世俗政府进行司法审判和惩罚。
纪伯纳（BernardoGui）是一名多明我会修士、宗教审判官。1307~1324年，经他判定的异端分子多达1000人，他还把自己的工作方法和经验详细记录下来，集结成一本394页的煌煌巨着《审判异端指南》（TheConductofInquiryConcerningHereticalDepravity）。该书总共5章，前3章讨论程序问题，比如审讯疑犯的程序以及怎样组织法庭。第4章是对有关罗马教皇告谕如何界定宗教裁判所权力的老调重弹。最后一章详细阐述哪些行为构成异端罪——至少在他看来是这样。这本早期教会的畅销书最有意思之处，在于教导宗教审判官如何向可疑的异端问讯。正如现代社会的知名律师所惯用的伎俩一样，永远不要让证人掌握主动权。提出的问题应该尽可能地刁钻古怪且布满陷阱，回答时稍有疏忽就可以给无辜的人贴上异端的标签。
在此过程中关键是让证人思维混乱、失去判断，诸如“西班牙椅子”只是一种辅助，由此奠定了宗教审判所的基调。
到了1401年，也就是圣殿骑士团解散后70年，国际性的宗教审判所开始成型，刑讯和神判裁决也被广泛应用了。
为提高镇压效力，他们鼓励民众与当局合作，检举、揭发邻居、友人、家庭成员中的可疑分子。一旦被告发，程序是一成不变的，无论证据看起来多么荒诞不经，都会被宗教审判官仔细审查，以决定该证据是否充分到可以进行逮捕。为了保证告密者不受公众谴责，他们的名字和裁判所其他程序一样，总是秘而不宣的。
当逮捕令发出后，一群宗教审判官、牧师和全副武装的士兵冲到疑犯家里——通常是在深夜。若疑犯拒捕，那么他们会把他结结实实地捆起来，当疑犯被关在宗教裁判所的地牢里时，他们的财产会被没收，对此，官方的说法是财产用来支付他们在监禁和审讯期间产生的费用。
因惧怕酷刑折磨，被告发的人当然情愿招供，但是大多数情况下他们并不清楚自己因何被指控，因而不可能坦白或者进行自我辩护。在初审结束后，疑犯被拖进用黑色布幔围得严严实实的地下室，在房间另一头的桌子后端坐着一名宗教审判官、一名监察员、一位秘书。还有通身一袭黑袍、只露出两只眼睛的施刑人，肃然立于其旁的是众多可怕的刑具。这些人都知道一个事实，而受刑人却丝毫不知，即接下来的酷刑折磨将分为5个不同的阶段，首先，对疑犯进行口头恫吓，告知他将被施以酷刑。其次，向他展示刑具。第三，蒙上嫌犯的眼睛。第四，施行酷刑。最后再给他一次坦白的机会。如果此时他仍然坚持自己是清白的，那么就对他无限制地反复施行第4步和第5步，直到他或她认罪，或死掉。这一程序不分年龄、性别、社会地位，通用于所有人。施刑的种类与方式的选择完全是随机的，唯一的决定因素是审判官和监察员的情绪，以及手头上可以利用的酷刑设施。在缺少精巧的刑具时，审判官非常乐于使用备用的古老刑具——鞭子和长绳。一个葡萄牙书记员的文字记录了鞭笞在宗教裁判所是多么普遍。
在1535年之前，西班牙在欧洲人眼中都是穷乡僻壤，尽管哥伦布发现了新大陆的消息传遍了“世界”，而且还带回了大量安第斯文明的金银，产生的收益依旧不能平衡航海的支出。
西科斯特斯四世教皇虽同意了西班牙建立宗教审判所，但他一直忙于教廷内斗，无暇去管西班牙宗教审判所内发生了什么。
但距离再远，一些消息还是不可避免地传入教皇的耳朵里，于是教皇去信给斐迪南，让他对宗教审判所进行整顿，“许多真诚虔敬的基督徒，由于受到敌人、对手、奴隶和其他劣等人的不正当指证，在缺乏任何调查的情况下，被囚禁在世俗监狱里，像一个顽固的异教徒那样备受酷刑折磨和谴责，他们被剥夺财产，交到世俗当局手里处死，这毒害了他们的灵魂，也为公众树立了一个有害的恶例，招致多数人的反感愤慨”。
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