元明清初时期，到清代中期开始恢复和进一步发展。
元代时，四川经历长时间战乱，经济和文化受到严重摧残，直到明代才有所恢复。
明末清初，再遭空前浩劫，人口锐减，经济萧条，川菜发展陷入低谷。
《清圣祖实录》卷六言，川省初定，士满人稀。
清朝统治者为重振四川经济，采取了包括移民入川在内的一系列措施，其中最具影响力的便是湖广填四川。
湖广和其他东南地区、西北地区十余个省的移民带来了先进的生产技术与农作物新品种，使四川经济得以迅速恢复，并丰富了四川烹饪原料和调味料。
如番薯、辣椒、番茄、土豆、玉米等是移民带入的新品种。
其中，辣椒的引入契合了四川人因气候、地理条件和口味习惯而早已形成的好辛香传统，使得辣椒在川菜制作中被广泛运用，促进了川菜最终形成独具一格的风味特色。
可以说，辣椒的引入和广泛运用对川菜的发展起到了具有划时代意义的重要作用。
同时，移民与四川原住民共同生产、生活，促进了包括菜肴制作及饮食习俗在内的各方面相互交融，使川人原本崇尚饮食的习俗得以发扬光大，对饮食的需求不断变化和增长。
频繁的人员流动也为四川引入了外省菜点的制作技法和手艺精湛的厨师。
清乾隆时期，宦游浙江的四川罗江人李化楠在做官的多年期间，注意在闲暇时间收集家厨、主妇的烹饪经验。
后来，他的儿子李调元将他收集的厨艺经验整理出来，刻版为食经书《醒园录》。
《醒园录》是一部清代重要的食书，不同于同时和以前清朝类似书的概略，它详细记载了烹调的原料选择和烹饪操作程序，对于后来家厨和主妇中馈技艺的提高帮助极大。
这个时候的四川经济还处于腾飞前夕，烹饪技艺简单、粗糙。
它受到来自湖广、江西和陕西移民带进川的下层饮食风格的影响，实际上是各地中馈风味的混合，其精致者以肉八碗、九大碗为代表。
所谓肉八碗、九大碗，是指：大杂烩、红烧肉、姜汁鸡、烩酥肉、烧明笋、粉蒸肉、咸烧白、夹沙肉、蒸肘子。
这九样菜里，我们看到的主要还是受鲁菜影响下的风格。
而古典川菜的特色大约只在姜汁鸡和夹沙肉里还保持着，前者充分利用了川姜的辛香，后者突出了甜腻，古典川菜里的麻味至少已经不突出了。
这就是历史学家蒙文通认为的，现代川菜的初期受鲁菜影响很大的理由。
《醒园录》中系统地搜集了，江浙家厨和中馈菜的三十八种烹调方法。
如炒、滑、爆、煸、溜、炝、炸、煮、烫、糁、煎、蒙、贴、酿、卷、蒸、烧、焖、炖、摊、煨、烩、淖、烤、烘、粘、氽、糟、醉、冲等。
以及冷菜类的拌、卤、熏、腌、腊、冻、酱等。因为这些名目繁多的烹调方法密切地同中下层烹调紧密相联系，显然对后来崛起的现代川菜起到极大的促进作用。
《醒园录》使现代川菜在中下层上，受到来自于江浙菜系的影响。
近代川菜，时间段为清道光二十年至鸦片战争，这一时期，川菜不断兼收并，川菜菜系在清代后期最终形成，成为华夏主要的四大地方风味菜系之一，并在民国时期稳步发展。
鸦片战争后，西方文化伴随着坚船利炮逐渐进人中国。四川地处西部内陆，没有受到战乱的直接侵扰，社会经济和百姓生活相对稳定。
使得川菜持续发展，出现了大量的特色菜点和名店名师，筵宴不断兴盛，饮食市场日益发达。
出现了普遍的繁荣景象，曾经引起了在中国访问的德国地理学家李希霍芬的注意，李希霍芬在他的通信集里写道。
在正常情况下，四川显得处处存在着对生活物资充裕的满足和幸福，这在中国其他省份是不常见的。
这一时期，起初是因为东南战事，下江农业残败，四川第一次取代两湖，成为清政府最大的粮赋省，因此清政府开始重视四川。
向四川派出了有影响的官员，如丁宝桢、张之洞、芩春煊、锡良等人，他们在四川开始了初期洋务运动和新政、兴学。
使这一时期四川的学术文化活动出现了自从南宋末以来，沉寂了七百年以后第一次飞跃，无论经济，还是文化都开始在全国崭露头角。
正是由于清末来川的北方和江浙官员的提倡和南在成渝两地的开设而使现代上层川菜演进得到强化。
清宣统元年傅崇榘在《成都通览》一书巾中不仅详细记载了成都之包席馆、南馆、炒菜馆及饭馆、食品店等各类饮食店铺的特色、众多知名者。
还记载了当时成都各类传食店铺和百姓家常的一千三百二十八种风味菜点及部分菜点的制法，该书的“成都之筵宴所“中载有当时成都城内外的着名筵席场所二十一处。
清末徐珂《清稗类钞·饮食类》说:肴馔之有特色者，为京师、山东、四川、广东、福建、江宁、苏州、镇江、扬州、淮安。
民国时期，特别是抗日战争时期，四川成为抗战大后方，重庆更成为国民政府的陪都，大批外地官员、富商和各界人士内迁入四川的重庆、成都等地。
全国几乎各大菜系的厨师、餐馆特色菜点及其烹饪制法甚至西餐等都随之入川。
据民国32年重庆的中西餐业同业公会会员名册统计，重庆市区已有中西餐馆二百六十家。
在成都也有许多经营外地风味乃至西餐的着名餐馆，这一时期，四川境内名厨云集、名店荟萃，为川菜与其他菜系的交融创造了条件。
不仅涌现了许多川菜名店和名厨，如荣乐园的蓝光鉴、颐之时的罗国荣等一批近现代川菜的宗师，出现了分工相对固定的行业帮派。
如饭食帮、燕蒸帮、面食帮、甜食帮等，而且众多的川菜制作者还创制由一大批名菜名点，营造了近现代川菜兴旺局面。
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