毛渊明回到南京之后，从官员中招募到了浙江嘉兴府秀水县人李陈常、李维钧兄弟作为殖民星洲的人选，授予李陈常星洲宣慰使，李维钧为副使，率领李氏家族数百人并招募的农民、渔民千余人，作为第一批殖民团前往星架坡。
沈福宗与柏应理自定永十八年离开欧洲，在海上航行了一年，柏应理因为年老体衰，在船上逝世。沈福宗于宣统元年冬天到达南京，被许纬辰急招进京会面。沈福宗向许纬辰讲述了在欧洲的见闻，以及与教廷关于“利玛窦规矩”交涉的成果。许纬辰拨款将柏应理葬于阜成门外滕公栅栏的传教士公墓，并且要求沈福宗准备带领大型的访问团出访欧洲。
宣统二年（1694年），项绍宽侦知策妄阿拉布坦因为内部不稳，又失去了罗刹国的支援，准备孤注一掷进攻肃州，于是调用金胤礽和一部分绿旗兵到前线。策妄阿拉布坦于五月间进攻肃州，与明军大战，明军利用既设工事抵挡准噶尔军队，最终击败准军，金胤礽率领绿旗兵在追击中射死策妄阿拉布坦本人。
策妄阿拉布坦一死，准噶尔汗国群龙无首，项绍宽趁机进军哈密，利用塞卜腾巴尔珠尔的号召力招降准军残部，留在伊犁的策妄阿拉布坦侄子大策凌敦多布被迫向明军献降，明军收复西域，塞卜腾巴尔珠尔出任准噶尔大汗，同时设立伊犁将军，在西域实行羁縻统治。
项绍宽回到京城之后，金胤礽因为战功被朝廷下旨继承延恩侯爵位，功德林寺中的金玄烨被勒令正式剃发出家。
郑克臧身体逐渐虚弱，可能不久于人世，军机处召郑克塽进京，以备不测。曾养性趁机拉拢郑克塽，试图发动政变，在郑克臧死后摆脱军机处的控制，幸而曾桦担心朱和?受到牵连，悄悄把事情告诉了朱和?，连忙报告给军机处。邹树人因此采取紧急措施，控制了曾养性、郑克塽和有份参与的金胤禔，将一场惊天动地的灾变消弭于无形。为了不扩大影响，朝廷没有公布政变真相，只是以年老为由削去曾养性一切职位，软禁于南苑，隋国公爵位由曾桦继承。郑克塽被送回杭州，软禁于府中。金胤禔不是主谋，被训诫之后仍处原职。
不久之后，郑克臧因病去世。因为大明形势已趋稳固，军机处决定直接由年幼的郑安明继承招讨大将军职位。
台湾大肚王国国王甘仔辖·马禄也去世，按照母系氏族的传统，应该由其外甥，也就是阿兰之子郑克圻继位。军机处代表大明皇帝宣旨，将大肚王国升格为伯爵国，斥巨资为郑克圻修建宫室，以彰显威仪，并且指定今后的大肚国王必须是阿兰的子孙。
宣统四年（1696年），沈福宗、白晋和陈梦球率领庞大的大明代表团，以向法国国王路易十四祝寿为名，出使欧洲。使团在欧洲各地巡访三年，与多个国家交换国书，并再次向教皇请愿，允许大明信众持守“利玛窦规矩”。在路易十四的协助施压下，教皇最终同意了代表团所请。代表团随行的数学家陈厚耀还先后拜访了牛顿、哈雷等多位科学家，获得牛顿赠送的若干手稿及大英皇家学会章程，并且重金邀请了莱布尼茨和雅各布·伯努利前往大明。
代表团回到大明已经是宣统七年（1699年），期间大明不断向东北、西北和南洋三个方向殖民屯垦，国势日盛。金和光按照牛顿提供的章程，主持设立了大明皇家学会，由莱布尼茨出任首席副会长，雅各布·伯努利出任皇家金陵大学校长。
宣统十一年（1703年），大越国王莫敬晭去世，没有子嗣，大明朝廷任命参从阮登道以相国摄政，并且继续推动大越国郡县化，最终于宣统十九年（1711）取消大越国号，将红河改为大明称谓“元江”，设立“元江”省，升龙改名为交州，作为省府。
至此，郑氏旧人多已故去，大明与西班牙之间也因为海上贸易的原因发生冲突，毛渊明主持向南争霸的计划继续开展，穿越者们重建的大明进入新的时代。
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