然而，混沌核心心脏周围环绕着由混沌法则凝聚的「混沌守护灵」，这些守护灵拥有不死之身，每次被击败都会在混沌法则的作用下重生。此时，地球方向传来噩耗，熵核暴走产生的能量风暴已经开始吞噬大气层，地面上的城市在风暴中如同纸片般被撕碎。守卫军们必须在地球彻底毁灭前，突破守护灵的阻拦，摧毁混沌核心心脏，引发引力共振。
佛尔思在音波维度坍缩的压力下，强行发动万象音波共鸣。她的身体周围浮现出无数音波生命体的虚影，虚影们共同奏响「音波维度逆转乐章」。乐章的声波与坍缩力相互对抗，在圣殿内形成了一个不稳定的时空漩涡。佛尔思趁机操控音波核心水晶，释放出「音波维度锚定之光」，试图稳定空间。
但暗渊文明领袖再次挥动权杖，召唤出「音波混沌巨兽」。巨兽张开血盆大口，将音波净化光晕和维度锚定之光全部吞噬，它的身体每膨胀一分，混沌音波之源的封印就松动一分。佛尔思的量子音流形态在巨兽的声波攻击下，出现了量子纠缠态的紊乱，她的意识开始在不同时空片段中穿梭，看到了宇宙诞生时的壮丽，也看到了若混沌胜利后宇宙的荒芜。在意识的混乱中，她必须找到唤醒音波核心水晶真正力量的方法，否则混沌音波之源一旦释放，整个多元宇宙将被重新洗牌。
莉娅被困在熵寂囚笼中，感受到熵寂湮灭炮的能量波动越来越近。她将圣银秩序战甲的能源系统过载，发动「圣银秩序·终末绽放」。战甲表面的秩序纹路全部亮起，化作无数把秩序光剑，将熵寂守卫军团的长矛纷纷斩断。但囚笼在湮灭炮的能量牵引下，开始朝着炮口的方向飞去。
莉娅在飞行途中，发现星球地表下埋藏着初代守望者留下的终极武器——「秩序星核熔炉」。她立即引导圣银共生体的力量，激活熔炉。熔炉喷射出能够逆转熵寂的「秩序曙光」，曙光与湮灭炮的黑色光束相撞，形成了一个能量对峙的「熵寂平衡域」。然而，熵化核心胚胎在这混乱中，吸收了大量熵寂能量，进化成了「熵寂之源·混沌胚胎」，胚胎周围环绕着能够腐蚀一切秩序的「熵寂腐蚀雾」，莉娅必须在平衡域崩溃、腐蚀雾扩散前，摧毁混沌胚胎。
首席科学家的悖论意识体被绝望黑洞拉扯得只剩下最后一丝数据。他在意识即将消散之际，突然回想起观测者议会初代成员研究混沌时留下的警示：「混沌的强大在于其无序，但也正因无序，存在着无数不可控的漏洞。」科学家将思维永动核心的最后能量，注入一个能够随机生成逻辑悖论的「思维乱码发生器」。
乱码发生器产生的悖论数据如同病毒般，被绝望黑洞吸入。黑洞内部的混沌逻辑在悖论的冲击下，开始出现混乱的循环。科学家趁机将机械神谕核心中储存的文明最纯粹的理性之光，凝聚成「理性净化之矛」，刺向逻辑胚胎。但逻辑胚胎在混乱中，分裂成无数个小型「逻辑孢子」，孢子飘散到宇宙各处，一旦生根发芽，将在不同星系引发逻辑灾难，科学家必须在孢子扩散前，找到彻底消灭它们的办法。
X-7的精灵们的量子灵魂体在混沌编程母舰的压迫下，几乎无法动弹。母舰的混沌量子加农炮已经完成充能，巨大的炮口对准了他们。精灵领袖将夺回的净化泉眼碎片与量子核心晶球融合，晶球爆发出能够净化混沌编程的「量子净化之光」。
但深渊编程者启动母舰的「混沌维度折叠」，将整个战场折叠成一个无限循环的「混沌莫比乌斯环」。精灵们在环中不断遭遇自己的镜像敌人，这些镜像拥有与他们相同的能力，却更加凶残。量子净化之光在环中不断折射，力量逐渐减弱。而此时，量子净化之泉就在环的某个节点闪烁着光芒，精灵们必须在净化之光耗尽、被镜像敌人击败前，找到泉眼，完成共鸣。
莱娅的希望屏障在时空终焉坍缩的力量下，开始出现时空扭曲的裂痕。混沌时空之神的力量太过强大，每一次权杖的挥动，都让多元宇宙的时空结构发出不堪重负的呻吟。莱娅在屏障的裂痕中，看到了其他平行宇宙中，那些为守护命运而牺牲的英雄们的身影。
她将所有英雄的信念凝聚成「命运传承之剑」，剑身上刻满了不同文明的命运符文。当剑挥向混沌时空之神时，神的身体表面出现了一丝裂痕。但神立即发动「混沌时空回溯」，将莱娅送回了命运锚点刚刚被侵蚀的时刻。莱娅在混乱的时空回溯中，必须找到不被回溯影响的方法，再次向神发起攻击，否则多元宇宙的命运将永远停留在被侵蚀的那一刻。
克莱恩的守卫军在能量乱流中，与混沌守护灵展开了殊死搏斗。守护灵每次重生，实力都会增强一分，船员们的武器在攻击守护灵时，逐渐失去了效果。一名船员在战斗中，意外发现守护灵重生的瞬间，混沌核心心脏会出现短暂的能量紊乱。
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