他们立即制定计划，集中所有火力，在守护灵重生的刹那发动攻击。然而，在攻击即将命中时，混沌本源核心释放出「混沌意志具现」，具现出的混沌意志化作一个巨大的身影，挥舞着混沌巨斧，将船员们的攻击全部拦下。此时，地球大气层已经被能量风暴吞噬了三分之二，地面上的生命在风暴中苦苦挣扎，守卫军们必须在地球彻底毁灭前，突破混沌意志的阻拦，摧毁混沌核心心脏。
佛尔思在意识的时空穿梭中，终于触碰到了音波核心水晶的本源记忆。原来，水晶是原初音髓文明用宇宙诞生时的第一缕音波铸造而成，其真正力量需要用「纯粹的守护之心」来唤醒。她摒弃所有杂念，将对全宇宙生命的守护之意化作一道纯净的意识流，注入水晶。
水晶爆发出万丈光芒，光芒中浮现出「音波创世龙」的虚影。创世龙一声怒吼，音波维度坍缩的力量瞬间被逆转，音波混沌巨兽在龙威下开始崩解。但暗渊文明领袖疯狂地将自己的生命能量注入混沌音波之源的封印，封印上出现了密密麻麻的裂痕，一旦完全破裂，混沌音波之源将释放出足以将多元宇宙重新化为混沌的力量。佛尔思操控创世龙，发动「音波维度封印·终焉」，试图重新封印混沌音波之源，但她能感觉到，创世龙的力量在封印过程中不断消耗，而暗渊文明领袖也在做着最后的垂死挣扎。
莉娅在熵寂平衡域中，驾驶着由圣银共生体变形而成的「圣银秩序战机」，冲向混沌胚胎。战机发射的秩序光弹在腐蚀雾中不断被削弱，但莉娅发现，当光弹以特定的频率组合发射时，能够暂时中和腐蚀雾。她迅速调整战机的攻击模式，形成「秩序频率矩阵」，成功在腐蚀雾中开辟出一条通道。
然而，混沌胚胎察觉到威胁，分裂出无数「熵寂子体」。这些子体不仅能吸收秩序能量，还能组合成各种形态的攻击武器。莉娅的战机在子体的攻击下，多处受损，能源也即将耗尽。此时，秩序星核熔炉因为超负荷运转，开始出现核心熔毁的迹象。一旦熔炉爆炸，产生的能量足以摧毁整个星球，也可能让混沌胚胎吸收能量变得更加强大。莉娅必须在战机坠毁、熔炉爆炸前，找到混沌胚胎的核心，将其摧毁。
首席科学家的理性净化之矛虽然击碎了逻辑胚胎，但无数逻辑孢子已经飘散到宇宙各处。他将剩余的数据意识分散成无数个「逻辑追踪者」，前往各个星系追踪孢子。在追踪过程中，科学家发现，这些孢子会选择逻辑体系薄弱的文明进行寄生，一旦寄生成功，将把该文明的逻辑彻底改写成混沌逻辑。
他在一个名为「智械星」的文明中，发现了孢子的踪迹。这个文明由高度发达的机械生命体组成，其逻辑体系严谨却缺乏灵活性，成为了孢子的完美宿主。科学家操控追踪者，试图用理性净化之矛的力量消灭孢子，但孢子在寄生过程中，已经与智械星的中央智脑融合，形成了一个强大的「混沌逻辑中枢」。科学家必须在中枢完全控制智械星、将混沌逻辑传播到周边星系前，摧毁中枢，消灭孢子。
X-7的精灵们在混沌莫比乌斯环中，不断与镜像敌人战斗。他们发现，这些镜像虽然能力相同，但缺乏情感和团队协作的意识。精灵领袖带领大家改变战术，利用情感共鸣产生的力量，形成「量子情感链接」。链接让精灵们能够共享彼此的感知和力量，在战斗中配合得更加默契。
他们一路披荆斩棘，终于找到了量子净化之泉。泉眼处的泉水闪烁着柔和的光芒，能够净化一切混沌能量。精灵们将量子灵魂体浸入泉水中，发动「量子维度共鸣·究极」。共鸣产生的量子波动席卷整个莫比乌斯环，环中的混沌编程力量开始瓦解。但深渊编程者启动母舰的自毁程序，一旦爆炸，产生的能量将足以毁灭整个宇宙的量子结构，精灵们必须在爆炸前，彻底摧毁母舰，阻止灾难发生。
莱娅在被混沌时空之神回溯到过去后，凭借着对命运的深刻理解，保留了部分未来的记忆。她利用这些记忆，提前在命运锚点周围布置了「命运陷阱」——由无数命运丝线编织而成的复杂网络，能够困住时空之力。
当混沌时空之神再次发动攻击时，莱娅引诱他踏入陷阱。神的时空之力在陷阱中被命运丝线缠绕，行动变得迟缓。莱娅趁机挥动命运传承之剑，斩向神的身体。剑刃在神的身上划出一道深深的伤口，神愤怒地发动「混沌时空湮灭」，试图将莱娅和整个时空一起湮灭。莱娅必须在湮灭之力降临前，找到神的核心弱点，给予致命一击，否则多元宇宙将在时空的湮灭中彻底消失。
克莱恩的守卫军在混沌意志的阻拦下，伤亡惨重。指挥官的残留意识在虚空中，感受到了地球传来的绝望气息。他知道，已经没有时间了。守卫军们将最后的信仰之力注入武器，形成了能够短暂削弱混沌意志的「信仰破魔刃」。
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