“12月1日……昨天，最乐观的汉妮大婶死了。真不敢相信。她去世后给我们留下了这么多回忆……我从来也想不到竟然会亲眼看到这么多的悲惨与不幸。好多帐篷都死得空无一人……今天我去医院，那里躺着一个九岁的孩子，正在与死神搏斗。我问孩子的母亲在哪里，他们说她一周前就死了。孩子的父亲在锡兰。这孩子十一的姐姐是今天凌晨死掉的。我看着这个孩子，怜悯之心油然而生……但是这么多悲惨的景象已经令我麻木，我发现我再也哭不出来了。我就这样站在孩子的旁边，直到被麻木和悲伤的感情所淹没……”
——艾莉－巴登霍斯特日记，1901年
在原德兰士瓦首都庆祝了战争的胜利结束之后，罗伯茨将军于1900年11月29日离开比勒陀利亚，回国接任英军总司令的职务。他将南非军队的指挥权交给基钦纳勋爵，伊安·汉密尔顿勋爵（LordIanHamilton）接任参谋长。罗伯茨离开南非前给本土发去的电报中，将布尔人说成是“小股盗匪”，并说“战争已经真正告一段落，我的任务已经完结。”在罗伯茨大人“南非战争已经真正告终”的保证下，维多利亚女王得以欣慰地在一个多月后的1901年1月22日溘然长逝。
罗伯茨本人作为远征军前敌司令的任务的确是“完结”了，但是，他在南非留下的多达25万人的军队却经年累月不能击溃布尔人的“小股盗匪”。退出城市的布尔军队，此时已经化整为零，组成多股游击队，发挥野战骑射之长，袭击英军交通线，掠取英军给养，歼灭小股英军。布尔人的游击队在德韦特、德拉瑞、博塔、扬·史末资（JanSmuts）和詹姆斯·赫尔佐格（JamesHertzog）等人的领导下，越打越顺手。他们熟悉地形，得到当地居民的支持，散布在广大地区的布尔人农场成为游击队的根据地。基钦纳勋爵在掌握南非英军的最高指挥权几个星期后，便致函新任陆军大臣布罗德里克，表示深恐大臣“对于最近战争的发展会感到失望”。他估计以民兵身份作战的布尔人仍有两万之众，而且他还补充说：“……这些人并不是经常以民兵的身份出现的。在他们未奉号召出动之前，往往在他们的田地上，象最安分守己的居民一样地过活，或许还以粮秣、牛奶和鸡蛋接济最临近的英国驻防军。……目前他们显然已经全部出动，因而他们忽然之间显得人数众多，并且一有机会就勇气百倍地进行活动。由于地域广袤，所以布尔人可以来去自如，更由于非常机动，所以能够乘隙袭取没有充分警惕的任何哨站。每一个农庄都是他们的一个情报机关和供应站，因而几乎无法包围他们或擒获他们。”
英军象这样疲于奔命的情形历经数月。为了剿灭游击队，增援部队不断地开往南非，包括炮兵、骑兵、骑马步枪兵、工兵部队，以及大批的重炮、马匹、野战炮和机枪。但是，以无与伦比的技巧进行游击战的德韦特、博塔和德拉瑞所使用的战术，是在英国任何军事学校里都没有教授过的。布尔人的卓越战术使得基钦纳无所施其计。
1900年12月至1901年4月，布尔游击队在博塔和德韦特的指挥下，深入开普殖民地作战。1901年4月到9月的冬季战役中，布军游击队对德兰士瓦和奥兰治的英军发动多次偷袭，并屡屡得手，俘获大量军火、给养和大炮。1901年9月至1902年5月，史末资和赫尔佐格再次进入开普殖民地。他们率领5000名骑兵，分成若干小股游击队，奔袭千里，深入英军大后方，一直推进到大西洋沿岸和开普敦近郊，迫使英国在开普地区宣布戒严。
1902年3月，梅休因中将在离比勒陀利亚300公里的利希腾堡附近遭到德拉瑞指挥的游击队的包围，梅休因将军重伤被俘，其手下缴械投降。此役再一次震动了英国。英军打得越来越艰苦，25万大军疲于奔命。
为了早日结束战争，从1901年3月开始，基钦纳采取碉堡战术、焦土政策和设置集中营来对付布尔人的游击队。在布尔游击队活动的地区，英军架设铁丝网，将布尔共和国分割成若干绥靖区域，进行分区扫荡。铁丝网的总长度达6000公里。绥靖区内每隔1至2公里设一座木板碉堡，派士兵驻守，凡是有人走近碉堡射程，一律射杀。共设置了八千多座碉堡。整个防御体规模之大，令英国人大为赞叹。在这些绥靖地区内，凡发现布尔农场主帮助游击队，则周围10英里内的农场、房舍一律烧毁。
英国人建立的一座碉堡
纵火焚烧民用目标的活动从英、美战争时期起便成为英军的习俗，为广大官兵所喜爱，从白宫到乡间农舍无所不烧，后来这个传统又在中国的圆明园发扬光大，成为在大不列颠军队中代代相传的美德。为了在南非把这个美德继续发扬下去，英军决定不再仅仅限于焚烧那些支持过游击队的农舍，而是一鼓作气，烧毁了奥兰治和德兰士瓦乡间几乎所有的布尔农场、房舍、教堂、学校、畜圈（共计焚毁3万多座农舍），运走了所有的马，杀死了所有带不走的牛、羊、猪，炸毁了所有的水井，烧光了地里所有没来得及收割的庄稼，彻底破坏了40多座城镇。这一“三光政策”后来被日本陆军仿效，在中国的东北和华北如法炮制。此外，基钦纳还一改以往对战俘的宽大政策，投降、被俘的游击队成员，以及参加过游击队的成年男性公民，一律流放到遥远的印度、锡兰和百慕大战俘营。在开普殖民地和纳塔尔殖民地，凡有响应“拿起武器”的号召的荷裔英国公民，一旦被俘皆判处死刑。
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