布尔人农民正在被驱逐出家园
为了彻底消灭游击队的活动基础，基钦纳又下令先后将十三万六千名布尔人妇女，儿童和老人以及八万多黑人仆役统统从被焚毁的农场上抓走，用敞蓬货车或牛车运到一起，关进由他首创的集中营。南非的集中营首创于1900年9月，起初是收容那些家园被焚毁的布尔军人家属的难民营，基钦纳在1901年将其改造为关押所有布尔平民的集中营。
南非境内的集中营有五十多座，分布在开普、德兰士瓦、奥兰治和纳塔尔的铁路线两侧，以及约翰内斯堡、布隆方丹、德班等大城市近郊。集中营内实行严格而苛刻的配给制度。每人每天四分之三磅玉米面、大米或土豆，一盎司咖啡，两盎司糖，半盎司盐，每周一磅肉（有亲属参加游击队的妇女和儿童得不到肉）。婴儿和六岁以下的儿童每天可以领到四分之一夸脱的牛奶。黑人集中营的情况更糟，但是他们可以得到黑人亲友的接济，也可以在宣誓效忠英国后被释放。集中营的四周环绕铁丝网，凡有试图翻越逃跑者一律射杀。
集中营内人口密度极高，帐篷、毯子、衣服和药物奇缺，瘟疫流行，营养不良，1901年10月死亡率曾高达40.1%。集中营的高死亡率严重动摇了布尔军人的士气，同时也使英国人的形象在全世界面前一落千丈，本来英军高举的旗帜是替外侨伸张正义、征讨无道暴虐的德兰士瓦政府，但是现在全世界都在谴责英军野蛮的集中营政策。一个年青的英国妇女埃米莉·霍布豪斯为集中营的状况所震惊，向国内提交了一份长达15页的报告，描述了集中营内的惨状。按照战时的通常作法，霍布豪斯小姐被宣布为祖国的敌人，立即逮捕并驱逐出境。但是她回欧洲后坚持斗争，得到了广泛的支持。在野的自由党以年青的威尔士民族主义者劳合·乔治为首，猛烈抨击保守党和陆军的野蛮政策，瑞士、德国、荷兰、法国、美国派出了视察人员，欧美各国向集中营内的平民捐赠了大量物资。在国际和国内舆论的强大压力下，英国国会不得不派出调查团前往南非。在对基钦纳和集中营官员进行了严厉的批评后，集中营的配给和医疗条件方得以改善，死亡率迅速跌落到2%。整个布尔战争期间，死在集中营内的布尔平民共有27,927人，其中包括1,676名老人，4,177名妇女和22,074名儿童。
因饥饿和伤寒死于布隆方丹集中营的莉齐·范·泽尔（7岁）
除了集中营和焦土政策造成的打击之外，在南非122万平方公里的广袤土地上，除了开普殖民地有几万南非荷兰人同情、支持布尔游击队以外，顽固坚持种族主义立场的布尔人自己并不要黑人的支援，也要求英国人在战场上不使用非洲人为助手。布尔民团如果在战斗中逮到手持武器的黑人，立即枪决。好几个布尔民团的头目因此被英国宣布为战犯而枪毙。所以，南非的四百万黑人绝大部分对布尔人抱敌视态度，当地的非洲人利用英、布交战的机会不断袭击布尔人的民团和农场，令布尔人深感孤立。
南非的布尔人居民人数甚少，德兰士瓦和奥兰治两个共和国总共只有四十四万左右的荷兰裔白人公民，除了仍然坚持战斗的两万多人外，战争已吞噬了将近七分之一的人口（包括流放到印度、锡兰、百慕大等地的战俘），臭名昭着的集中营又关押了十多万人，南非的布尔人面临着种族灭绝的危险。
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