汉赵国君刘渊于永嘉五年（311年）攻占了西晋的首都洛阳，俘虏晋怀帝司马炽，建兴四年（316年）攻破长安，俘虏晋愍帝司马邺，刘聪俘虏晋朝二帝，不久双双遇害于平阳，西晋灭亡。
东晋时代
西晋末年，右丞相、琅邪王司马睿为晋朝宗室，镇守南方，在以王导为首的一批幕僚拥护下，于丹阳建康（今江苏南京）登基称帝，继承晋朝国祚，史称东晋，招抚大量中原士族躲避胡族政权，南渡效力于东晋，司马睿亦为琅邪王氏所拥立而不安，时人语“王与马，共天下”，东晋时代司马氏共有十位皇帝，政治多由门阀士族所专，君主垂衣拱手而已。时值五胡入侵后，纷纷在关内建立政权，与东晋相战。中国进入东晋十六国并立的时代。
东晋内政多家士族共同秉持，但因司马氏皇权旁落，东晋内部亦争斗不休，曾爆发王敦之乱、苏峻之乱、桓玄之乱等多次内战，司马氏皇族的声望和权位大受打击。
东晋大将祖逖、庾亮、桓温、谢安等人亦组织多次北伐，抵御五胡政权入侵，并取得一定战绩，其最着名战役莫过于太元八年（383年）谢玄于淝水之战率领北府兵大败前秦天王苻坚的大军，前秦政权因此迅速衰亡，但由于无法维持战果，终与十六国政权相持不下，中国因此进入长期分裂。
淝水之战后，晋孝武帝司马曜在谢安等人相继病逝后，主持朝政，又与其弟司马道子争权。太元二十一年（393年）司马曜被意外杀害，太子司马德宗继位。司马德宗天生不能自事，精神错乱，不能语言，经常深居简出，国政旁落司马道子父子，桓温之后桓玄趁机在荆州，凭借桓氏在荆州的势力，制造混乱，挑起内战，吞并了其他州部的领地 与司马道子、司马元显相攻，东晋再次陷入局势不稳。
元兴二年（403年）桓玄在击败司马元显、逼死北府将领刘牢之后，实际掌握了东晋政权，于同年废晋安帝为平固王，取代晋朝，自称楚帝。北府残党刘裕利用桓玄当时迫害北府将领的契机，纠合反对桓玄的将领，在京口城起兵，移檄州郡，宣布讨伐桓玄、恢复晋朝。桓玄轻视刘裕，与战不利，数月后在逃亡途中被杀，晋安帝司马德宗复辟，刘裕作为义军盟主，实际主持了东晋政权，司马氏仍为傀儡。
刘裕在南征北战中，连续消灭南燕、谯蜀、后秦等十六国政权，并排除异己，为取代司马氏铺平道路，期间有多名司马氏皇族成员受到刘裕迫害，出亡北朝，起事反抗刘裕。义熙十四年（418年）刘裕暗杀晋安帝司马德宗，拥立司马德文为帝，元熙二年（420年）司马德文将皇位禅让于宋王刘裕，晋朝终结，南朝宋建立。
南北朝以后
刘裕封司马德文为零陵王，食邑一郡，允许使用天子仪仗和旌旗，旗帜服色一依晋朝旧礼。但在永初二年（421年）刘裕又指使暗杀了司马德文，以帝王规格葬于冲平陵，此后南朝又立他支司马氏后裔为零陵王，以奉晋朝祭祀，至南朝梁，零陵国不复存在。
另外一支司马氏成员，因在南朝遭遇刘裕的清算，而流亡至北朝政权，而北朝政权因与南朝对立，也扶持司马氏对抗南朝刘宋政权，司马氏后裔司马楚之为北魏琅邪王，义熙年间躲避刘裕的迫害，亡入蛮中，又逃亡河南，募兵与刘裕相抗，又有司马子如为东魏“四贵”之一，其子司马消难为北齐国戚，因不满高氏统治而投降北周宇文氏，在杨坚取代北周的过程中，与尉迟迥共同起兵讨伐杨坚，被杨坚击败，流亡南陈，司马消难在南陈灭亡时病逝，司马氏从此门宗凋零，逐渐分徙到其他地方，在南北朝分裂结束，隋朝重新统一中国的同时，河内司马氏作为士族的历史也走向终结。
墓葬遗址
西晋-东晋诸帝陵
高祖宣皇帝司马懿：高原陵
世宗景皇帝司马师：峻平陵
太祖文皇帝司马昭：崇阳陵
世祖武皇帝司马炎：峻阳陵
惠帝司马衷：太阳陵
（以上为西晋君主陵号，集中位于今洛阳市北邙山，东晋政权北伐时别称洛阳西晋皇陵为“五陵”。晋怀帝司马炽与晋愍帝司马邺被前赵所俘，因此没有葬于皇陵。）
东晋
中宗元皇帝司马睿：建平陵
肃祖明皇帝司马绍：武平陵
显宗成皇帝司马衍：兴平陵
康皇帝司马岳：崇平陵
孝宗穆皇帝司马聃：永平陵
哀皇帝司马丕：安平陵
太宗简文皇帝司马昱：高平陵
烈宗孝武皇帝司马曜：隆平陵
安皇帝司马德宗：休平陵
恭皇帝司马德文：冲平陵
（以上为东晋君主陵号，集中位于今江苏省南京市地方，第七位皇帝司马奕因被桓温废为海西公，因此没有皇陵。）
南北朝时期
四司马墓，北魏司马昇、司马昞、司马景、司马绍四人墓志，出于河南省孟县。
北魏琅邪王、司空司马金龙墓，出于山西省大同县石家寨北。
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