同年五月，定北王艾能奇在征讨东川的战斗中牺牲，其部属被孙可望收编。八月，李定国与刘文秀攻破沙寨，活捉沙定洲，滇东地区全部平定。当大军凯旋返回时，沐天波向他们表示感谢，而沙定洲则受到了当地民众的唾弃。
大西军在云南实施了一系列有利于民生的政策，吸引了彝、白、壮、傣等多个民族的人们加入，使得大西军的规模扩大到二十多万人，并新增了象队作为军事力量的一部分。李定国的部队人数达到五万多人。在大西军的治理下，当地的农业生产得到了显着改善，当年就实现了大丰收，军民关系和谐。
三、南下西天
张献忠在辽西抗击清军的经历影响了他的军事组织结构，他模仿明朝的五军都督府制度，任命孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇为大西军的四大将军。然而，在张献忠于凤凰山之战中被清军射杀后，大西军的指挥权主要落在了这四位养子手中。在这四位将军中，孙可望因其较高的军事地位和个人能力，被推举为首领。然而，孙可望、李定国之间的关系并非始终和睦，尤其是在艾能奇牺牲之后，大西军内部的权力平衡发生了变化。
艾能奇在一次战斗中中毒身亡，这对孙可望来说是一个巨大的损失，因为艾能奇是孙可望的重要盟友。艾能奇的部将冯双礼虽然继续效忠孙可望，但由于其地位较低，无法参与到四王的重大决策中。这样一来，孙可望在四王会议中的影响力减弱，特别是在与李定国的对立中，孙可望不再拥有压倒性的优势。
为了削弱李定国的影响力并树立自己的权威，孙可望策划了一次针对李定国的行动。他与艾能奇（已牺牲）和刘文秀商量在校场寻机对李定国进行惩罚，试图通过这种方式巩固自己的地位。然而，这次事件并未达到预期的效果，反而加剧了孙可望和李定国之间的矛盾。
为了解决这一问题，孙可望决定派遣李定国南下征讨小西天，以此远离云南的政治中心。为了确保李定国南征的顺利进行，云南方面开始筹备粮草等物资。这样一来，李定国在长江战役之前未能参与大西军与南明高层的会晤，但这也给了他一个机会，即在南征胜利后迅速折返，以期参与到云南北伐的计划中。
四、联明抗清
公元1646年（清顺治三年、明隆武二年）十一月，明广西巡抚瞿式耜拥立桂王朱由榔在肇庆称帝，建立了南明政权的最后一个朝代，年号永历。孙可望原本有着割据云南、独霸一方的想法，但李定国坚决反对这一想法，认为应当联合南明共同抵抗清军。李定国直言不讳地批评孙可望，指出肇庆已有永历帝在位，孙可望不应妄自尊大。虽然孙可望暂时放弃了割据云南的想法，但他心中对此一直耿耿于怀。
孙可望的同乡、明云南副使杨畏知看透了孙可望的野心，怂恿孙可望成为一方之主。孙可望则提出“挟天子以令诸侯”的想法，希望通过控制永历帝来达到自己的目的。公元1649年（清顺治六年、明永历三年）四月，孙可望派遣杨畏知作为正使与永历帝谈判联合抗清事宜，并要求封为秦王。李定国虽然深知孙可望的真实意图，但为了实现“联明抗清”的目标，选择暂时保持沉默。
然而，永历帝及其臣属拒绝了孙可望的要求。在杨畏知的进一步煽动下，孙可望于公元1650年（清顺治七年、明永历四年）八月自称为“秦王”，改云南为云兴省，并私自铸造钱币。这些举动引起了李定国的强烈不满。
同年九月，孙可望率军进入贵州，并分兵占领川南地区以扩大根据地。李定国被派遣进攻安顺。明威清道黄应运趁机游说李定国，指出如果借助大明天子的名义加上李定国的军事实力，足以清除奸逆。李定国与黄应运歃血为盟，承诺辅助明室，绝不背叛。孙可望得知此事后，将黄应运处死，这让李定国对孙可望愈发不满，两人的矛盾进一步加深。
随着贵州被平定，孙可望前往贵州，留下李定国驻守云南。李定国加紧练兵，准备东进，而刘文秀则平定了川南地区，大西军在此基础上建立了以云贵为中心的新基地。
然而，永历政权的处境日渐艰难。公元1649年（清顺治六年、明永历三年），清军攻占湖南，攻占桂林，瞿式耜被杀，朱由榔逃到梧州，又逃到南宁，不得不依赖大西军这一唯一的力量。
公元1651年（清顺治八年、明永历五年）初，朱由榔派遣使臣前往贵州，封孙可望为冀王，但孙可望并未接受。在李定国等人的劝说下，孙可望再次派遣杨畏知与南明朝廷谈判。虽然表面上答应谈判，孙可望暗地里却派出精兵前往南宁，杀害了五大臣，并迫使朱由榔改封他为秦王。同年年底，南宁陷落，朱由榔逃往濑湍。
公元1652年（清顺治九年、明永历六年）正月，孙可望派人将永历帝接到贵州安龙所，改名为安龙府，并承诺每年向永历帝提供钱粮以供皇室开支。作为交换，永历帝同意孙可望在未来的战事中可以先斩后奏。这样，大西军与永历政权的联合抗清阵线正式建立。
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