面对如此严峻的形势，康熙帝果断采取了策略应对。他决定坚决打击吴三桂，不允许任何妥协，同时对其他叛变者采取招抚政策，以分化敌军力量，孤立吴三桂。根据这个方针，康熙帝将湖南作为军事进攻的重点，派遣勒尔锦等将领率领大军驻扎在荆州、武昌等地，正面抵挡吴三桂，并向湖南发起进攻。同时，安亲王岳乐从江西出发前往长沙，与荆州、武昌的清军形成夹击之势。此外，康熙帝还大胆启用汉将和汉兵参与战斗。
到了康熙十五年（1676年），陕西的王辅臣和福建的耿精忠在清军的持续压力下先后投降。紧接着，广东的尚之信也在次年（1677年）归降。随着这些省份的平定，吴三桂的力量被大大削弱，仅剩湖南一隅之地。清军已经从江西方向围困长沙，吴三桂的失败已成定局。
康熙十七年（1678年）三月，吴三桂在衡州自称大周皇帝，但很快因忧愤成疾，在同年八月病逝。吴三桂死后，其部将拥立其孙吴世璠继位，并退守云南和贵州。此后，清军逐步收复湖南、广西和四川等地。最终，在康熙二十年（1681年）冬季，清军攻克昆明，吴世璠自杀，三藩之乱得以平定。
四、统一台湾
平定三藩之乱后，将台湾纳入清朝版图成为了康熙帝的重要目标之一。早在三藩之乱期间，郑经曾试图与耿精忠联手，派遣军队在福建沿海地区登陆，但随着耿精忠很快归顺清朝，郑经失去了盟友的支持，被迫退回台湾。康熙十九年（1680年），清军收复了郑氏政权所坚守的金门和厦门，这标志着郑氏政权在大陆上的立足之地彻底丧失。
康熙二十年（1681年），郑经去世后，台湾内部发生了政变，年仅十二岁的郑克塽继承了延平王位，实权却落入了郑克塽的岳父冯锡范和将领刘国轩手中。郑氏政权内部的动荡为清朝提供了统一台湾的良机。此时，福建总督姚启圣认为应当抓住时机，向康熙帝推荐了施琅作为进攻台湾的最佳人选。
然而，对于征台灭郑，朝廷内部存在分歧。一些大臣担心刚刚平息三藩之乱后的清朝不宜再开战端，而一些福建的地方官员则特别反对武力统一台湾，他们认为海洋作战风险太大。但是，以内阁大学士李光地、福建总督姚启圣、巡抚吴兴祚为代表的主战派则力主趁机攻取台湾，以免后患无穷。他们认为施琅是合适的人选，因为他与郑氏有世仇，熟悉海上作战，并且具有出色的军事才能。
经过深思熟虑，康熙帝采纳了主战派的意见，任命施琅为福建水师提督，并授予他全权指挥攻打台湾的任务。康熙二十二年（1683年），施琅率领水师出兵，与郑氏海军在澎湖海域展开了激战。在这场战役中，施琅大败郑氏海军，迫使郑氏政权最终选择投降。同年八月，郑克塽正式纳土归降，台湾正式成为清朝的一部分。
为了加强对台湾的管理，康熙二十三年（1684年），清朝在台湾设置了台湾府，并下辖台湾县（今台南）、凤山县（今高雄）、诸罗县（今嘉义）三个县，隶属于福建省。此外，清朝还在台湾设置了巡道、总兵官、副将等职位，并配置了相应的兵力，以确保中央政府对台湾的有效管辖。这些举措不仅加强了台湾与大陆的政治联系，也促进了台湾地区的经济发展和社会进步。
五、驱逐沙俄
清军入关后，沙俄远征军不断侵犯中国东北边境，尤其是在黑龙江流域频繁活动，建立据点，烧杀抢掠，严重威胁了清朝的边疆安全。面对沙俄的侵扰，康熙帝决心采取行动，维护国家主权。
康熙二十二年（1683年）九月，清廷向盘踞在雅克萨等地的沙俄侵略军发出命令，要求他们撤离中国领土。然而，沙俄侵略军并未遵从，反而率军窜至爱珲进行劫掠。清将萨布素率军击败沙俄军队，并焚毁了沙俄在黑龙江下游建立的所有据点，使得雅克萨成为一座孤城。尽管如此，沙俄军队依然负隅顽抗。
康熙二十四年（1685年）正月二十三日，康熙帝命令都统彭春率领清军前往爱珲，经过数日激战，清军攻克了雅克萨城。清军随即撤回，并留下部分兵力驻守爱珲，同时在爱珲、墨尔根等地屯田，以加强黑龙江一带的防务。
然而，沙俄并未放弃，他们在同年秋季卷土重来，重新占领了雅克萨城。面对沙俄的再度入侵，康熙帝命令清军予以反击。康熙二十五年（1686年）七月二十四日，清军2000多人抵达雅克萨城下，将城市包围，并勒令沙俄侵略军投降。沙俄指挥官阿列克谢·托尔布津拒绝投降。八月，清军开始攻城，托尔布津在战斗中被击毙，俄军由杯敦接替指挥，继续顽抗。清军考虑到沙俄军队可能会等待援军到来，遂采取长期围困的策略。在雅克萨城的南、北、东三面挖掘壕沟进行围困，并在城西河上派战舰巡逻，彻底切断了沙俄军队的外援。在长时间的围困之下，沙俄军队伤亡惨重，最初826名俄军士兵最终只剩下66人。
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