面对清军的严密围困和沉重打击，俄国摄政王索菲亚请求清廷解除对雅克萨的围困，并提议派遣使节谈判边界问题。康熙帝同意了这一请求，允许沙俄军队残部撤往尼布楚。
雅克萨之战结束后，双方于康熙二十八年（1689年）七月二十四日在尼布楚签署了《尼布楚条约》。根据该条约，额尔古纳河-格尔必齐河-外兴安岭一线被划定为中俄两国东段边界，明确了黑龙江以北、外兴安岭以南和乌苏里江以东地区为中国领土。这一条约的签订不仅解决了中俄之间的领土争端，也为两国间的和平交往奠定了基础。
六、北征塞外
清初，蒙古部落大致分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。其中，漠北喀尔喀蒙古分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部，而漠西厄鲁特蒙古则分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。在清朝入关之前，漠南蒙古就已经归附清朝，而喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部与清朝保持着密切的关系。
康熙年间，准噶尔部在领袖噶尔丹的领导下，势力迅速壮大。康熙二十六年（1687年），沙俄参加了中俄边界谈判，其代表戈洛文在伊尔库茨克接见了噶尔丹的代表，并策动噶尔丹进攻喀尔喀蒙古。噶尔丹本就与喀尔喀三部中的土谢图汗部存在矛盾，因此决定进攻喀尔喀蒙古。
康熙二十七年（1688年），噶尔丹亲自率领三万骑兵从伊犁东进，越过杭爱山，迅速占领了整个喀尔喀地区。土谢图汗察珲多尔济与哲布尊丹巴一世决定投靠清朝，于是喀尔喀三部的数十万人分路南逃，逃往漠南乌珠穆沁一带，向清廷告急，请求保护。面对噶尔丹的进攻，康熙帝一方面将喀尔喀难民安置在科尔沁放牧，另一方面命令噶尔丹罢兵西归。然而，噶尔丹并未理会，反而率兵南下，深入乌珠穆沁境内。
面对噶尔丹的猖獗南侵，康熙帝采取了坚决的应对措施。他下令就地征集兵马，严加防堵，并调兵遣将，准备北上迎击。在随后的战斗中，清军先后在乌兰布通和昭莫多两次大败准噶尔军。康熙三十六年（1698年），康熙帝鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。在内外交困的情况下，噶尔丹最终在众叛亲离的状态下死去，这场讨伐噶尔丹的战争随之结束，漠北喀尔喀地区也被纳入清朝的版图。
噶尔丹死后，策妄阿拉布坦成为准噶尔部的新领袖。在他的统治下，准噶尔部的势力得到进一步巩固，并开始向东扩张。策妄阿拉布坦在沙俄的支持下，不断袭击清军据守的科布多、巴里坤、哈密等军事重镇，并派遣军队侵入西藏。康熙帝及时派遣军队进入西藏，协同藏军围剿准噶尔势力，最终将他们赶出西藏。
七、朝中倾轧
康熙帝在位期间，围绕皇位继承问题爆发了一场激烈的宫廷斗争。早在康熙十四年（1675年），康熙帝立年仅两岁的二阿哥胤礽为皇太子。胤礽的母亲是皇后赫舍里氏，她的叔父索额图以皇亲的身份担任要职，专权贪贿。康熙四十二年（1703年），康熙帝处决了索额图，父子关系因此变得紧张。
康熙四十七年（1708年），在木兰围场的布尔哈苏行宫，皇十八子病重，康熙帝以胤礽“不法祖德，不遵朕训，惟肆恶虐众，暴戾淫乱”的理由，宣布废黜胤礽的太子之位。太子被废后，众多阿哥开始觊觎皇位。
皇长子胤禔是庶长子，自知无望继承大统，向康熙帝提议立八阿哥胤禩为皇太子，理由是术士张明德曾预言胤禩将会成为天子。胤禔还提出要替父皇杀掉胤礽，这让康熙帝极为不满。与此同时，三阿哥胤祉揭发了大阿哥胤禔使用巫术伤害胤礽的事情，康熙帝将胤禔囚禁，并对胤禩严加提防。
康熙四十八年（1709年）三月，康熙帝恢复了胤礽的太子地位。然而，到了康熙五十一年（1712年），胤礽再次因与刑部尚书齐世武、步军统领托合齐、兵部尚书耿额结党营私而被废黜。胤礽被废黜后一直被圈禁直至去世。
在胤礽第二次被废后，三阿哥胤祉见状主动退出了皇位争夺。八阿哥胤禩转而支持十四阿哥胤祯（后改名允禵，与四阿哥胤禛同母）。九阿哥胤禟、十阿哥胤?支持胤禩，而十三阿哥胤祥则支持四阿哥胤禛。胤禛在胤礽第一次被废后，敢于为胤礽说好话，被视为太子党的成员。但在胤礽二度被废后，胤禛也开始结党营私，觊觎储位。这时，朝中形成了以胤禛为首的四阿哥党和以胤禩为首的八阿哥党两大势力。
康熙五十二年（1713年），户部尚书赵申乔上疏请求再立太子，但康熙帝并未同意。之后几年，一些朝臣相继上疏请求复立胤礽，但都被康熙帝严词拒绝。其间，康熙帝还处理了涉及胤礽和胤禩的多个事件，包括拘禁中的胤礽试图通过密信联络宗室普奇，以及胤禩派遣太监向康熙帝请安等行为，均受到了康熙帝的严厉处置。
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