由于在长寨的成功，雍正帝对鄂尔泰的能力更加信任，随即破格提拔他为云南、贵州、广西三省总督。鄂尔泰深知这三省“改土归流”的任务繁重，因此他立即着手深入了解三省的特点及土司的情况，并制定了详细的改流和用兵计划。他的策略是既有坚定的决心，也有灵活的手段，对于不同的土司，根据其态度采取不同的应对措施。
例如，在镇沅地区，土司刀瀚和沾益土司安于蕃利用朝廷命官的身份招募军队，扩张势力，破坏了官府的形象。鄂尔泰指挥军队，迅速活捉了这两名土司，并在当地设置了新的行政单位——镇沅州和沾益州，以流官取代了原来的土司，确保了中央政府的权威。
在乌蒙、镇雄二地，土知府禄万钟和陇庆侯拒绝投降，并联合起来对抗官兵。鄂尔泰命令游击哈元生率兵征讨，并请求四川的军队协同作战，最终击败了联合的土司军队。在这之后，鄂尔泰继续推进“改土归流”，设立了乌蒙府（后改名为昭通府）和镇雄州。
广西泗城土知府岑映宸拥有一支四千多人的精良部队，鄂尔泰决定采取招抚策略。经过多次劝说，岑映宸最终解甲投降，鄂尔泰给予了他优待条件，并在该地设立了泗城府制。这一举动得到了当地民众的支持，梧州、柳州、庆远等地的兄弟民族积极响应“改土归流”的号召，主动向鄂尔泰提供物资支持，并自发组织自卫力量，配合官军打击那些不愿意服从中央管理的土司。
四、苗疆改土
黔东苗岭山、清江、都江地区，是贵州省内的一个重要区域，被称为“苗疆”，这一带地势险要，周围三千余里，共有1600余处土塞。该地区左临清江，可以通往楚地（今湖南一带），右侧的都江则连接广东，地理位置十分重要。古州位于这片区域的中心，被众多土塞环绕，是一个战略要地。鄂尔泰深知，要在这里推行“改土归流”，面临的困难比其他地方更为复杂。
雍正四年（1726年），鄂尔泰意识到单凭自己的力量难以完全掌控苗疆的局势，于是邀请了熟悉当地地形和民情的贵州按察使张广泗共同商讨对策。张广泗是一位富有经验的将领，他在鄂尔泰的支持下率领军队进攻苗司军队，成功攻入了古州城。然而，尽管取得了初步胜利，苗疆的土司们仍然不断反抗，使得“改土归流”的进程异常艰难。
为了进一步平息叛乱，雍正帝采取了多种措施，除了派遣军队镇压外，还派出官员前往苗疆进行宣谕，希望以和平的方式说服苗民接受改革。然而，这些措施并未取得预期效果，被赶走的土司及其武装力量仍然不断地煽动土着居民发动叛乱，导致局势反复无常。
叛乱的苗民占领了已经归流的古州、台拱、黄平等地，并包围了都匀府的丹江、凯里等地。面对这一严峻形势，雍正帝不得不调动广东和四川的军队，配合鄂尔泰镇压叛军，并派遣了“抚苗大臣”张照从京城赶来协助“会剿”。然而，张照在前线的表现并不理想，他不仅未能有效平息叛乱，反而向雍正帝秘密报告，指责鄂尔泰的“改土归流”策略存在根本性的错误，认为这种做法不仅未能安抚民心，反而引发了更多的内部冲突。
面对张照的批评，鄂尔泰并未动摇，他在上疏中坦承自己在执行过程中存在不足，但坚决不认为“改土归流”的基本方针是错误的。鄂尔泰坚信只有通过改革才能实现长久的稳定和发展。最终，在罢免了张照之后，雍正帝重新任命张广泗负责镇压叛乱，经过一系列艰苦的斗争，终于使苗疆地区的流官制度得以确立，实现了对这一区域的有效管理和控制。
五、安定湖川
在云贵地区“改土归流”工作取得显着进展的同时，鄂尔泰的目光也转向了两湖（湖南、湖北）地区。与云贵不同的是，两湖地区的土司与汉族居民混居，土司们对流官制度已有一定的了解和接触，因此“改土归流”的推进相对顺利。许多土司看到大势所趋，主动要求归附中央政府，接受流官制度。
然而，也有一些土司选择了抵抗。例如，湖北容美的土司田如就拒绝改流，这迫使雍正帝下令鄂尔泰采取军事行动。鄂尔泰派遣军队进剿，田如在内外交困之下，失去了支持，最终自缢身亡。田如的死亡不仅标志着其势力的终结，也促使容美地区顺利过渡到流官治理的新体制下。
与此同时，在四川的宁远、峨边、马边、雷波等地，土司制度同样给当地的彝民带来了深重的苦难。这些地区山峦连绵，彝族人民世世代代在这里生活劳作，但由于土司的压迫，他们的生活极其悲惨。四川的军政长官在面对彝民区的“改土归流”时表现出畏难情绪，迟迟没有采取行动。然而，随着云贵地区“改土归流”的成功案例逐渐显现，四川的官员们受到了鼓舞，开始效仿云贵的经验，派兵进入彝区，逐步在沙马、雷波、吞都、黄螂、建昌等地实施了“改土归流”。
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