1856年9月1日，韦昌辉赶回天京，并与秦日纲在当夜包围东王府，次日凌晨，韦昌辉突袭东王府，与秦日纲一起杀死杨秀清本人及其家属、部下；随后，又扩大事态，以清除“东党”为名，在两个月的时间里，先后杀害杨秀清部属男女2万余人，天京事变爆发。9月中旬，石达开赶回天京后，斥责韦昌辉杀人太多，韦昌辉又准备杀石达开。于是，石达开连夜逃离天京，韦昌辉则将其留京家属尽数杀害。石达开逃到安庆后，调集大军准备讨伐韦昌辉。太平天国经天京事变，力量大为削弱，清军乘机反攻，湖广首府武昌深陷湘军围困。捻军被胜保、袁甲三击败，丢了老巢雉河集，太平天国为团结捻军，封张乐行为北征主将，英桂丢了河南，咸丰震怒，把英桂免职交刑部议罪，以袁甲三代理河南巡抚，接替英桂督豫、皖、苏三省军务，主办剿捻和复豫事务。1856年10月，英、法向中国发动了第二次鸦片战争，胜保部被调回京师防御，袁甲三兵力不足，对捻军采取攻势，对魏宣武采取守势，由河南布政使瑛棨率领一部兵力集结于安徽颍川府阜阳、蒙城，毫州一线，与归德、陈州一线关保部对峙，袁甲三本人则率大队兵马剿捻。
魏宣武攻取河南全境后，以秦汉部分驻安阳、沁阳防备山西、山东清军，以关保部驻归德、陈州一线防备安徽、江苏清军，以曾顺为水军旅帅，领水军驻陕州操练，自率师部与古大力部驻洛阳、南阳、信阳，防备陕西、湖北清军。魏宣武重新任命了八府五州行政长官，省称刺史，顾嘉蘅出任首任河南刺史，副省级官员为别驾，省级管刑事治安的为提刑、管民政道路的为长史、管税务屯垦的为计税使、管钱谷器械等省库的称库大使、管人口土地的为丁地使、管稽核的为计核使、管文书的称书记使，省级称总教，管怀南出任首任河南省总教，有刺史所兼副总教一人、专职副总教一人，下设教务长、宣教长、教记长、督教长，省级三班捕快衙役一百人，其余各政教从事一百一十人；府称太守，副职称典史，府级对应省级官员为通判、通政、通税、通库、通丁地、通计、通书，府级称教士，有太守所兼副教士一人、有专职副教士一人，下设教内部门与省同，府级捕快衙役一百三十人，其余各政教从事一百五十人，州称知州，其余设置称谓与府同；县称县长，副职称县丞，县级对应府级官员为押司、押政、押税、押库、押丁地、押计、押书，县级称传教，有县长所兼副传教一人、有专职副传教一人，下设教内部门与府同，县级捕快衙役一百五十人，其余各政教从事二百人；乡称乡长，副职称乡丞，乡级官员为缉盗、仓禀、主计、理税、理屯，乡级称布教，有乡长所兼副布教一人、有专职副布教一人，下设乡教记长和乡督教长，乡级捕快十人左右，其余各政教从事一十八人；村称村长，副职称副村长，村级官员为治安、计目、管仓、屯垦、农牧，村级称行教，有村长兼副行教一人、专职副行教一人，下设村教记长，村级捕快二人，其余各政教从事十二人。
魏宣武通过长老院规定每村推代表一人、每乡从中选代表一人、每县从中选代表二人、每府从中选代表二人、每省从中选代表五人，组成立法院，专门研究制定颁布各类法律。立法院首次颁行法律为贪墨、通敌、偷盗抢劫、奸淫、杀人、掳掠、贩卖人口与鸦片均为死刑，均判秋后处斩，其余法律陆续制定颁行，都是根据罪行危害程度判处相应期限的苦役或杖责、鞭刑、游街、没收财物等，并规定实行一夫一妻制，以前已有的妻妾不问，法令颁布施行之后纳妾就是违法处五年苦役之刑。
魏宣武将省级地方部队设为制，有统制一人（兼副总教），总教一人（省总教兼），佐制一人，军刑令、军需令、粮台令、教习、参军长、教务长各一人，参军八人、教从事五人、营务帮办三人，统制、总教、佐制、参军长、教务长各配护卫一人、勤务一人，直属辎重卫一个、炮兵卫一个（洋庄炮屯一个、城防炮屯一个、劈山炮屯一个）、骑兵屯一个、护卫屯一个、火器屯一个、探子垦一个、工兵垦一个、传令什一个、仓兵什一个、骡马什一个、伙夫什一个、勤务什一个、医务什一个、兽医伍一个，下有三个辖，一制共二万二千六百五十人；府级地方部队设为辖，有提辖一人（兼副教士），教士一人（府教士兼），佐辖一人，除无营务帮办外、其余设置称谓同省制，直属骑兵屯一个、辎重屯一个、炮兵屯一个（劈山炮垦一个、城防炮垦二个），火器屯一个、护卫垦一个、传令什一个、探子什一个、骡马什一个、伙夫什一个、仓兵什一个、工兵什一个、勤务伍一个、医务二个、兽医一个，下有三个卫（州只有二个卫），一辖共六千一百人；县级地方部队设为卫，有统领一人（兼副传教），传教一人（县传教兼），佐领一人，设参军长、教务长各一人，统领以下、教务长以上各配护卫、勤务各一人，参军五人，教从事三人，直属骑兵垦一个、炮兵垦一个（配城防炮）、火器垦一个、辎重垦一个、传令什一个、探子什一个、其余直属设置同府，下有三个屯，一卫共一千五百人；乡级地方部队设屯，有屯长一人（兼副布教），布教一人（乡布教兼），佐屯一人，设参军长、教务长各一人，其余设置称谓同县卫，直属伙夫伍一个、仓兵伍一个、护卫什一个、辎重什一个、骡马伍一个、医务一人、兽医一人、传令伍一个、探子伍一个，下有二个步兵垦，一个劈山炮垦（配3门劈山炮），一屯共三百五十人；村级地方部队设垦，有垦长一人（兼副行教），行教一人（村行教兼），佐垦一人，设参军、教从事、文书、司务、医务各一人，垦长和行教各配护卫一人，垦属伙夫什一个，辎重什一个，传令伍一个，探子伍一个，长矛什两个，刀牌什两个，弩箭什一个，火器什一个，每什长均兼伍长一个，一垦共一百人。地方部队均要在驻地划地屯垦，屯垦事务由同级行政屯垦官吏管理，屯垦收成向上级仓库交四成，所留皆入同级仓库存放，仓库由行政仓官管理，地方部队保护。
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