在葬礼上焚烧了一年进口的乳香。
她的遗体并未按照严格的习俗进行火化，而是按照埃及的方式进行了防腐处理并下葬，墓地具体位置尚不明确。
在公元67年，尼禄与一名据说与波帕娅极为相似的少年斯波鲁斯（Sporus）结婚。
尼禄命人将斯波鲁斯阉割，并按照所有正式婚礼仪式与他结婚，包括给予嫁妆和戴上新娘面纱。
人们认为尼禄这样做是出于对杀害波帕娅的悔意。
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公元68年3月，卢格杜努高卢（Gallia Lugdunensis）总督盖乌斯·尤利乌斯·温德克斯（Gaius Julius Vindex）因不满尼禄（Nero）的税收政策而发动叛乱。
日耳曼尼亚上省（Germania Superior）总督卢修斯·维尔吉尼乌斯·鲁弗斯（Lucius Verginius Rufus）奉命镇压温德克斯的叛乱。
为了争取本省以外的支持，温德克斯呼吁西班牙塔拉科省（Hispania Tarraconensis）总督塞尔维乌斯·苏尔皮丘斯·加尔巴（Servius Sulpicius Galba）加入叛乱，并自立为皇帝，以对抗尼禄。
公元68年5月，在韦松提奥战役（Battle of Vesontio）中，维尔吉尼乌斯的军队轻松击败温德克斯的部队，温德克斯随后自杀。
然而，尽管击败了叛军，维尔吉尼乌斯的军团却试图拥立他为皇帝。
维尔吉尼乌斯拒绝对抗尼禄，但日耳曼尼亚军团的不满以及加尔巴在西班牙的持续反对使他的处境不容乐观。
虽然尼禄勉强控制住局势，但加尔巴的支持者仍在不断增加，尽管加尔巴已被正式宣布为“公敌”。
禁卫军（Praetorian Guard）长官盖乌斯·宁菲迪乌斯·萨比努斯（Gaius Nymphidius Sabinus）也放弃了对尼禄的忠诚，转而支持加尔巴。
作为应对，尼禄逃离罗马，计划前往奥斯提亚（Ostia）港口，从那里搭船前往仍效忠他的东方行省。
根据苏埃托尼乌斯（Suetonius）的记载，当一些军官公开拒绝服从他的命令时，尼禄放弃了这个想法，并引用维吉尔（Virgil）《埃涅阿斯纪》（Aeneid）中的一句话：“死亡竟如此可怕吗？”
随后，尼禄曾考虑逃往帕提亚（Parthia），向加尔巴求情，或者向人民恳求宽恕他的过错，“若无法打动他们的心，至少恳求他们允许他担任埃及总督”。
苏埃托尼乌斯记载，这份演讲稿后来在尼禄的书桌中被发现，但尼禄因害怕在抵达广场之前被撕成碎片，最终未敢发表。
尼禄返回罗马，晚上待在宫殿中。
睡到午夜时，他醒来发现宫殿的守卫已离开。
他派人给朋友们的宫殿寝室送信召唤他们，但没有人回应。
亲自前往他们的寝室时，发现那里已经空无一人。
他呼唤一名角斗士或任何懂得用剑杀人者前来，但无人出现。
他喊道：“难道我既无朋友，也无敌人吗？”
随后跑出去，似乎想跳入台伯河（Tiber）。
回来后，尼禄寻找一个藏身之地以整理思绪。
一位帝国解放奴隶法翁（Phaon）提供了他城外四英里（6.4公里）的一座别墅。
尼禄便乔装出行，带着四名忠诚的解放奴隶——埃帕夫洛狄图斯（Epaphroditus）、法翁、尼奥费图斯（Neophytus）和斯波鲁斯（Sporus）——前往别墅。
在那里，尼禄命令他们为他挖一座坟墓。
在此期间，尼禄得知元老院已宣布他为“公敌”。
尼禄准备自杀，在别墅中踱步并喃喃自语：“多么伟大的艺术家正在逝去！（Qualis artifex pereo）”
他失去了勇气，恳求随行者中的一人先以身作则自杀。
最后，听到接近的马蹄声，尼禄才鼓起勇气面对结局。
然而，他仍无法亲手了结自己，而是强迫他的私人秘书埃帕夫洛狄图斯完成了这一任务。
当一名骑兵进入别墅，看到尼禄濒死时，他试图止血，但救治无效。
尼禄的遗言是：“太迟了！这才是忠诚！”
他于公元68年6月9日去世，巧合的是，这一天是他第一任妻子克劳迪娅·奥克塔维娅（Claudia Octavia）去世的周年日。
尼禄被安葬在多米提乌斯·阿赫诺巴比（Domitii Ahenobarbi）家族的陵墓中，这座陵墓位于如今的罗马博尔盖塞别墅（Villa Borghese，品奇亚纳山[Pincian Hill]）一带。
随着尼禄的死亡，儒略-克劳狄王朝（Julio-Claudian dynasty）宣告结束。
此后，罗马进入了四帝之年的混乱时期。
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