公元前41年春季二月，冯奉世返回京师，随后就被任命为左将军，并赐予了关内侯的爵位。
秋季七月，朝廷任命平恩侯许嘉担任大司马、车骑将军，朝中有人就是好，啥功不立，就能被封侯。
十一月份，国家在发生地震的同时还下起了瓢泼大雨，这天灾真是不断呀。为了解决因为国家财政不足以及百姓赋税减免过多引起的无法承担朝廷内外徭役的问题，朝廷决定恢复盐铁官制度，并设立博士弟子一千人。
公元前40年的春季二月，元帝又下令大赦天下。
过了几天，天空又出现了日食现象。元帝就召见此前预言日食的周堪、张猛等人，并对他们进行了一番责备，他们只能连忙叩头谢罪。骂完了之后，元帝又下诏称赞周堪的品德，还将他征召到自己临时驻跸之处，并任命他为光禄大夫，俸禄为中二千石，同时让他掌管尚书事务；张猛则被任命为太中大夫、给事中。然而，当时的中书令石显实际上是在掌控尚书事务，尚书部门的五名官员都是他的党羽。这就使得周堪就很难直接见到元帝，汇报事情还的通过石显，这就使得石显掌握了事情的决策权。后来，周堪就因为生病，说不出来话了，没多久就去世了。周堪死了之后，石显就开始诬陷张猛，最终逼得他在公车官署自杀身亡。
秋季七月，朝廷就废除了昭灵后、武哀王、昭哀后、卫思后、戾太子、戾后的陵园祭祀活动，只留下了几个官吏和士卒负责看守。
冬季十月，朝廷又下诏废除各郡国的祖宗庙。各陵园归属三辅（治理京畿地区的三位官员及其管辖地区）管理。此外，元帝还将渭城寿陵亭部原上选为了自己的陵墓所在地，同时下诏陵墓所在地不再设置县邑，也不迁徙郡国的百姓到此处居住。
公元前39年十二月，朝廷根据韦玄成等人的建议，直接毁掉了太上皇以及孝惠皇帝的寝庙园。
元帝非常喜爱儒术和文学辞章，又对宣帝时期的很多政策都做了改动。这样一来，给朝廷提建议的人大多能得到皇上的召见，大家都以为自己得到了皇上的赏识。元帝很宠爱傅昭仪和她的儿子济阳王刘康，宠爱程度甚至超过了皇后和太子。看到这情况，太子少傅匡衡就上奏疏说：我听说，国家治乱安危的关键就在于君王会谨慎的处理朝中事务。接受天命登基的君王，一定要开创基业，让江山世代传承；继位的君王，则应当继承和发扬先王的德行，将他们的功业发扬光大。过去周成王继位后，就开始思考如何继承文王和武王的道统，把伟大的功业归功于文王和武王，却不敢独自居功，所以上天对他是欣然庇佑，就连鬼神也护佑他。如今陛下的圣德如同上天爱护百姓一样，让人赞不绝口，但现在却出现了阴阳失调，奸邪之人祸乱朝政的事情，这或许是因为议论政事的人没有弘扬先帝的伟大功业，反而争先恐后的批评现有制度的弊端，一心想要变更。结果变更后却发现无法施行，只能再次恢复旧制度，这就导致群臣之间相互指责，官吏百姓也不知该如何是好。我私下里为国家放弃已经成熟的制度感到可惜，希望陛下能够仔细考虑治国大业，留意遵循合理的制度、弘扬先帝的功业，以此来安定群臣百姓的心。《大雅》中说：不要忘记你的祖先，修习他们的德行，这是最高尚品德的根本。《传》中说：要是能审慎的对待自己的喜好和厌恶，同时理顺自己的情性，这样王道就能完备了。修养性情的方法，就是要审视自己的长处，弥补自己的不足之处。聪明通达的人要警惕自己的行为是否过于苛察，见识少的人要警惕自己的思路是否闭塞，勇猛刚强的人要警惕自己的脾气是否过于暴躁，仁爱温良的人要警惕自己的性格是否优柔寡断，沉静安舒的人要警惕自己做事是否拖延，心胸宽广的人要警惕自己是否健忘。作为人必须要清楚自己需要警惕的地方，并用‘义’来规范自己的行为，这样才能实现中和的教化，而那些投机取巧的人就不敢结党营私来谋求晋升了。希望陛下对臣说的这些提高警惕，以弘扬圣德！
我还听说，如果家庭的伦理道德修养好了，那天下的治理自然就合乎道理了。所以《诗经》以《国风》为开始，《礼记》则以冠礼、婚礼为根本。《诗经》以《国风》为开篇，是为了探究人的情性从而明确社会秩序中的人伦关系；《礼记》以冠礼、婚礼为根本，是为了奠定良好的社会基础，防范不好的事情发生。因此圣明的君王一定要慎重的处理自己与妃嫔、皇后之间的关系，明确嫡长子的地位，这说明礼制在后宫同样重要。地位低的不能超越地位高的，新进门的不能排在旧人的前面，这是为了顺应人情、理顺阴气；尊崇嫡子、轻视庶子，嫡子在阼阶行冠礼，用醴酒庆贺，其他的儿子就不能参与，这是为了彰显嫡子的尊贵地位、消除兄弟之间的嫌疑。这不仅是表面上的礼仪形式，更应该是根植于内心的教化，所以礼仪是探究人的内心真情后在外部的体现。圣人的行动、休息、游乐，所亲近的人都有恰到好处的顺序，那么天下自然会变得秩序井然，百姓自然会顺从国家的教化。如果该亲近的人被疏远，该尊贵的人被贬低，那么那些奸佞取巧之徒就会趁机兴风作浪，扰乱国家的秩序。所以圣人会非常谨慎防范事情的开端，在不好的事情发生之前就加以禁止，不会因为个人私情就损害公共大义。《传》中说：如果能把家庭治理好，那么天下就能安定了！
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