皇极殿内那场雷霆清洗的余波，如同初春的寒风，吹得京城官场一片肃杀。
李应升、张忻等七人被革职下狱，家产抄没；
数十名参与联名的官员遭降黜罚俸；
致仕阁老钱士升被革去荣衔，田产被严查。
这一切都以无可辩驳的罪证和铁腕手段完成，彻底粉碎了南方士绅集团试图通过朝堂舆论阻挠新政的企图。
朝堂之上，以往对新政的异议之声几乎绝迹，各部衙门的办事效率竟因此莫名提升了几分。
然而，朱由检深知，这仅仅是斩断了伸向中枢的触手。
江南那片膏腴之地，水下的暗礁依旧林立。
他召来陆青岩，吩咐道：“江南之事，不可松懈。钱士升等人虽受挫，其党羽、门生、利益关联者遍布南直隶、浙江。
令我们在江南的人，盯紧那些仍在暗中串联、散布流言者，尤其是与地方胥吏、豪强勾结，阻挠清丈田亩的，搜集证据，暂不动作，以待时机。”
“臣明白。”
陆青岩领命，又道，“陛下，科尔沁部传来消息，奥巴洪台吉次子察罕台吉，在得到我方商队持续支持后，势力有所增长，与吴克善的明争暗斗更为明显。奥巴洪台吉似乎乐见其成，意在平衡。”
“嗯，让他们兄弟相争，总好过铁板一块投向皇太极。”
朱由检点头，“保持与察罕的联系，贸易照常，但要更隐秘。”
“是。”
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辽东的局势，则是朱由检眼下关注的重中之重。
圣旨抵达宁远的那一刻，关宁军内部可谓震动。
袁崇焕被革职查办的消息，让诸多将领心情复杂。
尤其是袁崇焕的一干旧部，如祖大寿、何可纲等人，心中更是五味杂陈。
他们与袁崇焕共事多年，颇有情谊，对其落得如此下场不免感到惋惜；
但另一方面，皇帝并未赶尽杀绝，且将辽东总兵官的重任交给了祖大寿，这又让他们感受到天威难测之余，也有一丝受到信重的振奋。
祖大寿跪接圣旨时，心中便是这般翻腾。
他为袁崇焕感到可惜，毕竟袁督师曾带领他们取得宁远大捷，威望素着；
但与此同时，一股难以抑制的兴奋与责任感也油然而生——陛下将如此重任托付于他，他祖大寿，终于得以独当一面，施展抱负！
孙承宗以七旬高龄，再度持王命旗牌，总揽辽东、蓟镇军务。
他的资历与威望，足以服众。到任之后，他并未急于大刀阔斧改革，而是首先召集关宁军主要将领及东江镇代表陈继盛、刘兴祚，进行了一次长时间的军议。
军议上，孙承宗先是肯定了关宁军过往守土之功，安抚了因袁崇焕去职而浮动的人心。
随后，他话锋一转，严肃指出了当前防务隐患：各部协同不力，与东江镇摩擦不断，军纪有待整肃，防御体系尚有漏洞。
“陛下对辽东寄予厚望，粮饷、新械皆优先供给。”
孙承宗环视众将，声音沉稳有力，“以往种种，譬如昨日死。自今日起，望诸君能与老朽同心同德，摒弃门户之见，以国事为重！
凡有勇于任事、恪尽职守者，陛下不吝封赏！若有阳奉阴违、贻误军机者，”他目光扫过祖大寿等人，“军法无情！”
被擢升为辽东总兵官的祖大寿，率先表态，声音洪亮：“末将等谨遵老帅钧令！必竭尽全力，整军备战，巩固边防，绝不负陛下与老帅信重！”
他知道，这是他的机遇，更是考验。能否坐稳这个位置，不仅要看皇帝的信任，更要看接下来的表现。
何可纲等人见祖大寿如此，也纷纷起身表态服从。
孙承宗满意地点点头，随即部署：令祖大寿主要负责宁远、锦州一线防务，整训兵马，修缮城防；
令何可纲协防，并负责协调与蒙古部落的边境巡逻；
对于东江镇，孙承宗给予了充分肯定，承诺粮饷军械会加大力度通过海路补给，要求陈继盛、刘兴祚稳固皮岛、旅顺等据点，加强对后金侧翼的牵制。
“东江与关宁，犹如车之两轮，鸟之双翼，缺一不可！”
孙承宗特意强调，“往昔龃龉，既往不咎。若再有无端内耗者，无论关宁东江，老夫必以军法严惩不贷！”
陈继盛、刘兴祚见这位老帅处事公允，且带来了实实在在的支持，心中稍安，也表示愿听从调遣。
孙承宗这一套组合拳，稳住了辽东的领导班子，初步弥合了内部裂痕。
虽然他年事已高，精力不如从前，但凭借其丰富的经验和崇高的威望，加上祖大寿等将领的配合，辽东的防御体系开始朝着更协调、更稳固的方向调整。
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至于袁崇焕，朱由检最终的处置旨意是：“袁崇焕擅杀大将，激起大变；推诿军务，错失战机。二罪并罚，本应重处。
然念其昔年宁远之功，免其刑狱，革去所有官职，追夺滥赏，查抄其任内非法所得，
遣返广东老家，闭门思过，无诏不得离籍，不得与官场中人交通。望其深自反省，或有将来戴罪立功之时。”
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