孙思邈的承诺如同给李世民注入了一剂强心针。他深知，要将《赤脚医生手册》中的知识转化为切实可用的医疗力量，绝非孙思邈一人闭门研究所能完成，需要建立一个可靠且高效的团队，以及相应的技术支持。
李世民首先下了一道旨意，以“整理历代医典，精研养生之道，侍奉宫廷”为由，在太医院内特设了一个名为“尚药局典纂处”的新部门。这名称听起来像是负责文献整理的老学究部门，极不起眼，实则却是未来大唐医学革新的核心策源地。
孙思邈被授予了“尚药奉御”的虚衔，名义上统领此部门，享有调用太医院一切资源、查阅所有医案藏书的权力，并可自由出入宫禁，方便为帝后及皇子公主们诊视。此举既给予了孙思邈极高的地位和便利，又巧妙地将其活动掩盖在太医院的常规事务之下。
紧接着，李世民亲自圈定了数名进入“典纂处”的太医。入选标准极其严苛：首要便是绝对忠诚，家世清白，与世家大族无过深牵连；其次要求医术精湛，思想开明，不固守成规。其中，便包括了之前曾用针灸之术为林昊治疗眼疾的那位老太医。他因亲眼见过林昊的“不凡”（虽然不知其具体来历），且医术、医德俱佳，成为了孙思邈的重要副手。
与此同时，一道密令从两仪殿发出，直达将作监。几名手艺最精湛、背景最干净、且曾参与过诸如千里镜研磨等“特殊项目”的工匠被秘密抽调出来，他们的档案被加密，家人被暗中保护（实为监控），随后被引入了宫禁深处一处新划定的、守卫森严的工坊。这个工坊直接隶属于“典纂处”，不对将作监负责。
他们的首要任务，便是根据《赤脚医生手册》中的图文描述，尝试复原那些前所未见的医疗器械。其中重中之重，便是那被称为“注射器”的神奇器物。手册中描绘的，利用玻璃（或透明树脂）管身、金属针头，通过活塞推注药液直接进入人体的方式，彻底颠覆了传统口服、外敷的治疗途径，对于实现书中提到的某些疗法（如未来的牛痘接种、或者更远期的药物治疗）至关重要。
工匠们面对着“刻度精准”、“管壁光滑透明”、“针头中空而极细且锋利”、“与管身连接处需严格密封”等一系列极高难度的要求，开始了艰难的探索。他们尝试用最纯净的水晶打磨管身，用精金（高纯度黄金）或百炼钢拉制细针，用鱼胶、蜂蜡尝试密封……过程屡屡失败，但在孙思邈根据书中原理进行指导，以及李世民不惜工本的物资支持下，进展虽缓慢，却始终在向前推进。
而在“典纂处”的书斋内，则是另一番景象。孙思邈带领着几位精选出的太医，开始了对《赤脚医生手册》的系统性研读与整理。他们夜以继日，分工合作。
有人负责将书中与现代医学相通或可借鉴的部分，用当下的医学语言进行转译和注释。
有人负责根据书中描述的病症和药方，在大唐现有的药材库中寻找替代品或验证其疗效，尤其是针对黄花蒿治疗疟疾、以及可能找到的替代青霉素的原始霉菌（如某些陈年浆糊或瓜果霉菌）进行初步的、极其小心的培养和试验。
孙思邈则亲自负责核心部分，结合林昊的讲解，深入理解细菌、病毒、消毒、免疫等概念，并着手为长孙皇后的气疾、以及可能预防皇子公主们未来健康隐患，制定详细的、融合了新老知识的调理方案。
所有研究成果，都被以特殊的密码记录，单独呈报给李世民。整个“典纂处”及其附属工坊，如同一个在平静太医院表象下高速运转的秘密心脏，吸收着来自未来的医学养分，准备着在未来某个关键时刻，为大唐迸发出强大的生命力。
李世民偶尔会秘密前来视察，看着孙思邈与太医们激烈讨论，看着工匠们对着图纸和半成品冥思苦想，心中充满了期待。他知道，当这个秘密部门的研究成果逐渐成熟并推向世间的时刻，必将引发另一场不亚于军事和政治变革的巨震。
孙思邈入宫的消息，如同在平静的湖面投下了一颗石子，涟漪迅速扩散至长安城的每一个权力角落。对于普通百姓而言，这或许是皇帝尊贤重道的一桩美谈，或是对皇后凤体安康的祈愿。然而，在那些盘根错节、嗅觉灵敏的世家门阀眼中，这绝非一次简单的征召。
起初，是孙思邈被直接引入两仪殿偏殿，陛下与皇后亲自接见，屏退左右，密谈良久。这本身就不寻常。孙思邈虽名满天下，但终究是方外之人，何须帝后如此郑重其事？紧接着，太医院内悄无声息地多了一个名为“尚药局典纂处”的衙门，孙思邈挂名其中，地位超然。这看似是给了神医一个名分和落脚处，但有心人稍加打探便发现，这个“典纂处”权限大得惊人，可以调用太医院一切资源，查阅所有秘而不宣的医案，甚至其用度开销直接来自内帑，绕过了户部和太常寺的常规审核。
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