接到圣旨：“朝廷信任楚军，因曾国藩忠诚勇敢出于至诚，故推心置腹，倚重其挽救东南大局。自各路军进逼金陵以来，逆匪老巢已成困兽之势。然值此艰难时刻，确实不易速胜，多次降旨告诫，总以不求速效为要，当先立于不败之地，静待可乘之机。”
如今军中疫病盛行，各军将士在病痛缠身之际，岂忍心再加苛责！曾大臣更应坚定忠诚，加倍体恤将士，使军心更加稳固，疫气自然消退！对各营染病将士，要逐一传达圣旨，予以优抚慰问！本应公开下旨慰劳，但因事关军务机密，恐引起人心惶惶，反使奸人有机可乘，助长贼寇嚣张气焰。
我朝施行仁政、广布恩泽已二百余年，值此艰难危急之时，又遭遇疫病肆虐。将士接连折损，深恐军心涣散而助长敌寇气焰！此乃无可奈何之事，并非曾大臣一人之过！想来是朝廷政事多有缺失，以致触怒天意。
我们唯有诚心祈祷，以求消除灾祸！君臣应当深刻反省，尽心竭力寻求消灾解难之法，为百姓请命，以期感动上苍，使局势转危为安。天灾流行，必不会只降于一方，我军将士既遭此厄运，贼寇军中岂能独免于疫病？
曾大人心中郁愤，却未及细问详情。眼下在京城，确实没有合适的人选可以派遣，纵观朝野内外，像曾国藩这样才德兼备、气度恢宏的大臣，一时也难以找到替代之人。曾大人向来学识渊博，值此时局艰难之际，更应当以坚毅之心担起重任，时刻保持谨慎，一刻也不能松懈。钦此。曾公接到这道圣旨，读罢不禁潸然泪下！
十七日，派遣专人上奏三份折子：一是关于增加皖南地区科举录取名额的奏章，二是为徽州捐纳功名的士子请命的奏章，三是淮北盐税收支的报销奏章。
二十日，苏州太平军派出大批部队增援金陵，围攻官军营地。敌军构筑二百多座营垒，日夜轮番进攻。曾公之弟曾国荃率军奋力抵抗。
鲍超的军队在新河庄遭遇挫败。太平军进犯宁国府，鲍超率部退入城中坚守。二十三日，李续宜启程返回原籍，唐训方到任接替其职。
二十四日，呈递恭贺皇帝万寿圣节的奏折。
二十七日，紧急上奏陈述皖北一带楚军兵力薄弱，无法分兵支援。李续宜部下五位将领才能地位相当，难以统一指挥。同时奏明苗沛霖狡诈多变，难以轻易招抚，唯有赦免其罪过而不给予兵权，尚可算作中策。另附奏片报告金陵、宁国两处军营正遭太平军大举进犯，将士深受疾病困扰，防守形势难以预料。此皆因臣德行浅薄而位居高位，无力扭转厄运所致，内心忧惧不已。又附片奏报此前调遣的黑龙江马队二百余人随军征战屡立战功，但因水土不服多染疾病，应遣返原籍休养。
本月，蒋益澧率军抵达浙江，收复寿昌县城。
九月初一，安徽布政使马新贻奉旨暂时统领临淮地区的官军。
初六，宁国县城被太平军攻陷。
十二日，曾国藩紧急上奏汇报各路军情：雨花台营垒遭太平军大举围攻，此乃金陵战局之隐患；宁国敌军企图从小路进犯江西，此乃宁国方面之忧患；小丹阳敌军从东坝拖运战船，意图进入长江切断粮道，此乃长江水师之威胁；河南捻军窜扰湖北，传闻欲取道皖北回援金陵，而皖北各城防守空虚，恐敌军乘虚而入，此乃皖北之危机。现正调遣各军，从次要战场抽调兵力驰援危急之处，竭力挽救战局。
只是皖北地域广阔而兵力薄弱，现已调派提督成大吉率军从三河尖急赴英山、霍山一带，视情况布防围剿。仍恳请皇上降旨命多隆阿迅速东返，驻军舒城、桐城，兼顾安徽、湖北两省防务，如此方能保全大局！另附奏片报告宁国县城失守后，徽州、旌德两城首当其冲。现由唐义训防守徽州，朱品隆防守旌德，两地兵力均显单薄，不知能否坚守。
另附奏片陈述江西省厘金税收事务：数月以来，上缴数额寥寥。布政使李桓总办粮台兼管厘局，因管理不善，现已增派甘肃按察使刘于浔访查商情，并委任署理盐法道孙长绂专责月度奏报，以整顿积弊。臣统领军队过多，拖欠军饷日久，空负把持江西财权之名，却无实际接济苏皖缺饷军队之实，不得不竭力寻求弥补之策。
另附奏片请求查明巢湖水师营官黄国尧于咸丰八年在庐州府阵亡的详细情况，建议从优抚恤。
当时太平军战船突破东坝后，分散在固城湖、南漪湖等水域，企图冲出长江。杨岳斌（杨载福）虽身患疾病仍竭力扼守金柱关。曾国藩调派数营陆军前往增援防守。
金陵的太平军包围雨花台官军营垒，日夜猛烈进攻，使用西洋开花炮从空中轰击，喊杀声震动天地。曾国藩的弟弟曾国荃督率军队顽强坚守不退，面部被子弹击中，血流满面，仍包扎伤口巡视军营以稳定军心。其弟曾贞干驻军江岸，奋力作战保障粮道畅通。大营军火物资得以接济，与敌军相持二十余日。初五日击退敌军进攻，十二日再次击退，敌军攻势稍减。都兴阿派兵一千八百人渡江增援防守。曾国藩忧虑湘军在瘟疫之后又遭大股敌军进逼，恐战局崩溃，日夜焦虑，连续多日寝食难安。而江西协饷屡遭拖延，更令他深感忧患。
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