君山主寨虽破，但魔女方百花却在混战中，利用对地形的熟悉和些许残存幻术，悄然遁入君山深处错综复杂的洞穴之中，不知所踪。宋江立即下令彻底搜山，同时派遣精干小队，由熟悉江湖伎俩的原梁山头目带队，配合影卫高手，依据缴获的图纸和俘虏口供，对可能藏身的密道、洞穴进行拉网式搜查。数日后，方百花在一条隐秘的地下暗河出口处，被埋伏的影卫和宋江派出的高手联手擒获。这位曾以妖术蛊惑万千民众的魔女，最终也难逃覆灭下场。
洞庭湖之战，历时数月，终以官军的彻底胜利告终。宋江、卢俊义迅速安民，甄别叛军，首恶严惩，胁从经教育后大多遣散归农，并开仓放粮，赈济在战乱中饱受摧残的百姓，荆湖秩序逐渐恢复。
杨幺、钟会、方百花等一众叛军首脑被装入囚车，重兵押送至应天。经三法司会审，杨幺已死，戮尸传首；钟会被判斩立决；而罪大恶极、以妖术惑众、对抗朝廷的方百花，则被判处极刑——凌迟。行刑之日，应天菜市口人山人海，方百花在万千百姓的唾骂声中受刑三日而死，其下场极大地震慑了所有潜在的邪教分子和叛乱者。
秦王府内，蔡攸仔细聆听了张浚关于平定洞庭湖之乱的详细奏报。他首先对宋江、卢俊义、吴麟、扎西等将领的功绩给予了高度肯定，不吝赏赐，尤其是宋江、卢俊义，经此一役，其统兵之能和忠诚愈受倚重。然而，蔡攸的喜悦之下，是更深沉的思虑。他对张浚、秦桧等心腹重臣叹道：“杨幺虽平，然其所以能一呼百应，根源在于吏治不清，民生多艰。此次平乱，耗资巨万，本应用于北伐的粮饷器械，为此役所分润者甚众，若北疆战事因此有失，悔之何及？”他深刻认识到，仅靠武力镇压，犹如扬汤止沸，必须加速推行以“富民强兵”为核心的新政，整顿吏治，减轻民负，方能根除乱源。同时，此战也暴露了宋军在水战、特别是应对非常规手段（如妖术、复杂地形作战）上的不足，以及对后方维稳监控的巨大需求。洞庭湖的烽火熄灭了，但它留下的警示和教训，以及因此消耗的国力，都将深刻地影响着这个新生王朝未来的走向，尤其是那场关乎国运的北伐之战。
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