等到西突厥听闻侯君集到了，欲谷设害怕向西逃走千余里，麹智盛失去援助，无计可施，开城投降。侯君集于是分兵平定高昌各地，高昌国灭亡。侯君集俘虏麹智盛及其百官，刻石纪功班师回朝。
侯君集灭高昌后，在未奏请李世民的情况将一些没有罪的人发配，又私自将高昌国宝物据为己有。手下将士们知道后也开始盗取金银珠宝，侯君集害怕自己做的丑事被揭发，于是不敢治将士们的罪。班师回朝后，司法官将侯君集下狱，但中书郎岑文本以为侯君集是功臣大将，不能轻加屈辱，于是上书李世民请求将侯君集释放。而侯君集自以为立下大功却因为贪财而被囚禁，感到非常不快。
贞观十七年，张亮被派往洛阳都督，侯君集问张亮：“怎么会遭到排挤？”张亮说：“如果因为公务在外做官就是遭到排挤，那么谁才是最冤枉的？”侯君集又说：“我平定一个国家，回朝后惹得皇上大怒，怎么不是排挤？”侯君集说着还挽起袖子说道：“这样子活不下去，你能造反吗，要是可以，我和你一起造反。”张亮将侯君集的话告诉给了李世民，李世民对张亮说：“你和侯君集都是功臣。这些话侯君集只告诉给了你一个人，到时候他死不认账，你也拿他没办法。”于是李世民将这件暂且放下，对待侯君集还是和以前一样。而后李世民命阎立本画侯君集等二十四人的画像置于凌烟阁，侯君集位列第十七名。
贞观十七年，太子李承乾担心自己被废，得知侯君集常有怨恨，而侯君集的女婿贺兰楚石又在东宫任职，于是多次派他引侯君集入东宫。侯君集觉得李承乾无能，担心重演李建成的悲剧，于是劝李承乾谋反。侯君集与李承乾谋划好之后，担心计划泄漏，心中不安，常常晚上睡不着，妻子非常奇怪，对侯君集说：“你是国家大臣，每天晚上这样，一定是有什么事。如果你做了什么对不起国家的事，应该自己到皇上面前去领罪，这样才能保全自己。”但侯君集没有听妻子的话。
而后李承乾谋反的事情败露，坐罪被废，贺兰楚石又将侯君集与李承乾一起谋划的事告诉李世民。李世民觉得侯君集有安定国家的大功，不想治侯君集的死罪，但群臣进谏说侯君集的罪天地难容。李世民非常难过，将侯君集处死。临死前，侯君集请求赦免自己的妻子和儿子，好为自己守丧。李世民同意后，将其妻儿流放岭南。
魏元忠：“李靖破突厥，侯君集灭高昌，苏定方开西域，李积平辽东，虽奉国威灵，亦其才力所致。”
刘昫：“侯君集摧凶克敌，效用居多；恃宠矜功，粗率无检，弃前功而罹后患，贪愚之将明矣。张亮听公颖之妖言，恃弓长之邪谶，义儿斯畜，恶迹遂彰，虽道裕云反状未形，而诡诈之性，于斯验矣。万彻筹深行阵，勇冠戎夷，不能保其首领，以至诛戮。夫二三子，非慎始而保终也。”赞曰：“君子立功，守以谦冲。小人得位，足为身害。侯、张凶险，望窥圣代。雄若韩彭，难逃菹醢。”
宋祁：“侯君集位将相，私谒太子，张亮养子五百人，薛万彻与狂竖谋，皆死有余辜，又何咎哉？”
苏洵：“汉之卫霍、赵充国，唐之李靖、李积，贤将也。汉之韩信、黥布、彭越，唐之薛万彻、侯君集、盛彦师，才将也。贤将既不多有，得才者而任之可也。”
朱元璋：“侯君集有功于唐，犯法当诛。唐太宗欲宥之，而执法者不可，卒以见诛。非唐高祖、太宗忘功臣之劳也，由其恃功骄恣，自冒于法耳。”
唐太宗曾让李靖教侯君集兵法。后来，侯君集上奏唐太宗，预告李靖谋反，因为每到精微之处，李靖则不教授。唐太宗听后，责备李靖。李靖回答说：“这是侯君集想要谋反。如今中原安定，我所教他的兵法，足以安制四夷。如今侯君集求学尽臣的兵法，是他将有异志啊。”此时，侯君集尚未有任何反迹，唐太宗似不相信。一次，朝后回尚书省，侯君集骑马越过省门数步尚未发觉。李靖见到这种情况，便对人说：“侯君集意不在人，必将谋反。”
李靖，字药师，雍州三原人。隋末至初唐时期杰出的军事家。
李靖出身陇西李氏丹杨房。初仕隋朝，拜马邑郡丞。后转仕唐朝，随秦王李世民进击王世充。武德三年，辅佐赵郡王李孝恭南平萧铣和辅公祏，并招抚岭南诸部。武德八年起在北疆抵御东突厥入侵，贞观三年以定襄道行军总管总统诸将北征，以精骑三千夜袭定襄，使颉利可汗部惊溃，又奔袭阴山，一举灭亡东突厥，使唐朝疆域自阴山北直斥大漠。因功拜尚书右仆射，封代国公。贞观九年，以足疾告退，同年再获起用，统军西破吐谷浑。后改封卫国公，世称“李卫公”。晚年多病，阖门自守，不预政事。贞观十七年，列名“凌烟阁二十四功臣”。贞观二十三年，李靖病逝，终年七十九岁。册赠司徒、并州都督，谥号“景武”，陪葬昭陵。唐肃宗时配享武成王庙，位列十哲。晚唐以后逐渐被神化。后晋时追封“灵显王”，到南宋时累封为“辅世灵佑忠烈王”。
李靖一生征战数十年，为唐王朝的建立及发展立下赫赫战功。史家赞道：“近代称为名将者，英、卫二公，诚烟阁之最。”他的治军作战经验，进一步丰富了华夏古代的军事思想和兵法理论。着有《六军镜》《卫公兵法》等多部兵书，原书多已散佚。世传其与唐太宗论谈兵事的《唐太宗李卫公问对》析理透辟，特别是对孙武兵法思想的析论，对后世影响甚大。
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