李元吉说：“秦王当初平定东都洛阳后，观望不前不愿返回长安，散发钱财布帛来树立个人恩德，又违抗陛下的敕命，这不是谋反是什么！只应该赶紧杀掉他，还担心没有理由吗！”
高祖没有回应。秦王府的下属官员都忧虑恐惧，不知道该怎么办。行台考功郎中房玄龄对比部郎中长孙无忌说：“如今嫌隙已经形成，一旦祸患突然爆发，不仅秦王府会被彻底摧毁，实在也是国家的忧患；不如劝说秦王效仿周公诛杀管叔、蔡叔的做法，来安定国家。生死存亡的关键，刻不容缓，就在今天！”长孙无忌说：“我心里早就有这个想法了，只是不敢说出口；现在你所说的，正合我意，我会立刻向秦王禀报。”于是长孙无忌入宫向李世民进言。李世民召见房玄龄商议此事，房玄龄说：“大王功劳盖过天地，理应继承大业；如今面临的忧患危难，正是上天的辅佐，希望大王不要迟疑！”于是房玄龄和府中属官杜如晦一起劝说李世民诛杀李建成、李元吉。
李建成、李元吉因为秦王府有很多勇猛的将领，想引诱他们为自己所用，就秘密用一车金银器物赠予左二副护军尉迟敬德，还写信招纳他说：“希望能得到长者的眷顾，来加深我们平民般的交情。”尉迟敬德推辞道：“我是出身贫寒的人，遭遇隋末战乱流离，长期沦陷在叛逆之地，罪该万死。秦王赐予我重生的恩德，如今我又在秦王府任职，只能以死来报答他的恩情；我对殿下没有功劳，不敢贸然接受这样厚重的赏赐。如果私下与殿下结交，就是怀有二心、见利忘义，殿下又怎么会任用这样的人呢！”李建成大怒，于是与他断绝了往来。
尉迟敬德把这件事告诉了李世民，李世民说：“你的忠心像山岳一样坚定，就算对方堆积的金子有斗那么大，我也知道你不会动摇。他送来的东西只管收下，有什么可顾虑的！而且还能借此摸清他们的阴谋，这难道不是好计策吗！不然的话，灾祸将会降临到你身上。”不久后，李元吉派壮士在夜里刺杀尉迟敬德，尉迟敬德得知后，敞开所有大门，安然卧床不动。刺客多次来到他的庭院，最终还是不敢进去。李元吉又在高祖面前诋毁尉迟敬德，皇帝下诏将他关进监狱审讯治罪，准备杀掉他。李世民坚决求情，尉迟敬德才得以幸免。
李元吉又诋毁左一马军总管程咬金，把他外调为康州刺史。程咬金对李世民说：“大王的得力助手和亲信羽翼都快被剪除光了，您自身又怎么能长久安全呢！我誓死不离开京城，希望大王早点下定决心。”李建成、李元吉还想用金银布帛引诱右二护军段志玄，段志玄也没有顺从。李建成对李元吉说：“秦王府有谋略的士人里，值得忌惮的只有房玄龄、杜如晦罢了。”于是两人都在高祖面前诋毁他们，把他们赶出了秦王府。
李世民的心腹只有长孙无忌还留在秦王府中，他和李世民的舅舅高士廉，左候车骑将军侯君集以及尉迟敬德等人，日夜劝说李世民诛杀李建成、李元吉。李世民犹豫不决，向灵州大都督李靖咨询，李靖推辞不答；又向行军总管李世积询问，李世积也推辞不表态；李世民因此更加敬重这两个人。
恰逢突厥郁射设率领数万骑兵屯驻在黄河以南，侵入边塞，包围了乌城。李建成推荐李元吉代替李世民统领各路军队北征；唐高祖采纳了这个建议，命令李元吉督率右武卫大将军李艺、天纪将军张瑾等人援救乌城。李元吉请求让尉迟敬德、程咬金、段志玄以及秦王府右三统军秦琼等人和自己一同前往，还挑选秦王帐下的精锐士兵来补充自己的军队。率更丞王晊秘密告诉李世民说：“太子对齐王说：‘如今你得到了秦王的勇猛将领和精锐士兵，手握数万大军，我会和秦王在昆明池为你饯行，让壮士在帐幕下将他拉杀，然后上奏说他突然去世，皇上应该不会不相信。我会派人进言劝说，让皇上把国家大事交给我。尉迟敬德等人既然落到你手里，就应该把他们全部活埋，谁敢不服！’”李世民把王晊的话告诉了长孙无忌等人，长孙无忌等人劝说李世民抢先下手谋划此事。
李世民叹息道：“兄弟骨肉互相残杀，是古往今来最大的恶行。我确实知道祸患近在眼前，想等他们先动手，然后再以道义之名讨伐，不也可以吗！”尉迟敬德说：“人之常情，谁不珍惜自己的性命！如今众人甘愿以死效忠大王，这是上天赐予的机会。祸患的苗头已经快要爆发，大王却还安然不动不感到忧虑，就算大王轻视自己的性命，宗庙和国家该怎么办！如果大王不听我的话，我就会逃到荒野之中，不能再留在大王身边，等着和你一起被杀！”长孙无忌说：“不听尉迟敬德的话，事情现在就要失败了。尉迟敬德等人肯定不会再为大王效力，我也会跟着离开，不能再辅佐大王了！”李世民说：“我所说的也不是完全没有道理，你们再想想别的办法。”尉迟敬德说：“大王现在处理事情犹豫不决，这不是明智之举；面临危难却不能决断，这不是勇敢之举。况且大王平时蓄养的八百多名勇士，在外的现在已经进入宫中，身披铠甲手持兵器，局势已经形成，大王还能停止吗！”
李世民向手下的官员们询问意见，大家都说：“齐王李元吉凶狠暴戾，终究不会侍奉兄长。近来听说护军薛实曾对他说：‘大王的名字，合起来是“唐”字，您最终会主持大唐的祭祀。’齐王高兴地说：‘只要除掉秦王，夺取东宫的位置易如反掌。’他和太子谋划叛乱还没成功，就已经有了夺取太子之位的心思。作乱的野心没有满足的时候，还有什么事做不出来！如果让他们两人得偿所愿，恐怕天下就不再是大唐的了。
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